Exam (elaborations)
Moleculaire biologie I: Alle uitgewerkte examenvragen
- Course
- Institution
Examenvragen van alle vorige jaren uitgewerkt aan de hand van cursus en slides + oranje delen: samenvatting cursus
[Show more]
Seller
Follow
NVbiochem
Content preview
ExamenvragenMoleculaire Biologie I
Volledig uitgewerkt
Oranje 🡪 Potentiële examenvragen, cursus samengevat
Blauw 🡪 Reeds gestelde examenvragen
https://quizlet.com/be/661487762/molbi0-i-eiwitten-en-enzymen-en-andere-brol-flash-cards/
,Hoofdstuk 1
Werking van het lac operon
Het lac operon bevat 3 genen (3 cistronen)
- z-gen: β-galacotsidase (lactose splitsen)
- y-gen: permease (lactose opnemen)
- a-gen: transacetylase (niet nodig voor lactosefermentatie)
Ingewikkelde regulatie:
- Wel glucose, geen lactose 🡪 geen lacRNA synthese
- Geen glucose, wel lactose 🡪 actieve RNA synthese
- Wel glucose, wel lactose 🡪 Cel prefereert glucose, sterk verlaagde expressie
Hoofdstuk 2
Hoe worden ongewone nucleotiden ingebouwd?
1. Artificiële incorporatie van een base-analoog
vb. 5-bromouracil kan thymidine vervangen in DNA
vb. Uracil kan in DNA ingebouwd worden uit dUTP in competitie met dTTP
2. Incorporatie van enzymatisch gewijzigde moleculen
Vb. hydroxymethylcytosine bij T-evenfagen
Faaginfecties met T-evenfagen:
dCTP volledig vervangen door HMC (5-hydroxymethyl-dCTP)
Om alle cytosine in het faaggenoom te vervangen door HMC 🡪 dCTP in waardecel mag niet meer
gesynthetiseerd worden. Daarom synthetiseert de faag nieuwe enzymen:
- dCDPase-dCTPase
elimineert dCDP en dCTP 🡪 dCMP (substraat voor hydroxylmethylase)
- Hydroxymethylase
converteert dCMP 🡪 hydroxymethyl-dCMP
- Nucleoside monofosfaat kinase
fosforyleert hydroxymethyl-dCMP 🡪 hydroxymethyl-dCDP
- Glycosyltransferasen
Glycolyseert hydroxymethyl-dCTP
- dCMP deaminase
elimineert dCMP
genereert dUMP
- Nucleasen (vb. endo II en endo IV)
Zullen waardecel-DNA afbreken (zijn specifiek voor cytosine-bevattend DNA)
Metabolieten die vrijkomen 🡪 gebruikt voor DNA synthese vh virus
3. Modificatie van het DNA
Vb. Aanwezigheid 6-methyladenine & 5-methylcytosine in bacteriële DNA’s
Vb. Aanwezigheid 5-methylcytosine in eukaryoten
🡺 Kom door de werking van methyltransferasen op vooraf gesynthetiseerde DNAstrengen
2
,Wat is de functie van gemodificeerde nucleotiden bij fagen?
Bescherming tegen eigen nucleasen:
- HO-Me-C tegen bacteriofaag T nucleasen,
- Glc-Me-C tegen restrictie-enzymen,
- HO-Me-U bij B.subtilis tegen restrictie
Signalen voor transcriptie
HO-Me-U en Glc-HO-Me-C geven signalen voor transcriptie, van o.a late functies bij faagreplicatie
Invloed op ‘packaging’ van faag DNA
Assemblage van faag partikel
Wat is de functie van basemodificaties bij bacteriën?
Restrictie-modificatiesysteem
Bescherming tegen eigen restrictie-enzymen door methylatie van het DNA
(Restrictie enzymen = endonucleasen die beschermen tegen vreemd DNA van vb. fagen, plasmiden)
Dit systeem kan gebeuren door
- Dam (DNA adenine methylase)
🡪 zal de A in de sequentie GATC methyleren
- Dcm (DNA cytosine methylase)
🡪 Zal de C in sequentie CCAGG of CCTGG methyleren
- Specifieke methylasen
🡪 Zal bv. Enkel EcoRI restrictiesites methyleren
Bacteriofaag exclusiesysteem (BREX)
Geeft amper bescherming voor vreemde plasmiden
Bestaat uit 6 genen in het genoom die uit 2 operons bestaat
6 genen bevatten
- Methyltransferase
🡪 Methyleert een tweede A in de sequentie 5’-TAGGAG-3’
- Fosfatase
- RNA-bindend eiwit
- Protease
- Onbekende eiwitten
Deze methylatie beschermt tegen faagreplicatie
🡺 Door het blokkeren van lytische en lysogene faagcycli
3
, Belang bij initiatie van een nieuwe replicatieronde
Methylatietoestand van de ori zal bepalen of er replicatie zal plaatsvinden
DNA herstel
Nieuw gesynthetiseeerde streng is nog niet gemethyleerd
🡺 Herstelmechanisme an weten welke DNA streng hersteld moet worden
🡺 DNA mismatch repair
Dam methylatie thv GATC
Kan een effect hebben op transcriptie
🡺 Vb. Als GATC sequentie voorkomt in sequenties nodig voor het binden van RNA polymerase
DNA methylatie in bacteriën
Kan ook effect hebben op transpositie en conjugatie
Omschrijf de structuur van B-DNA
B-DNA komt voor onder hoge vochtigheidsgraad (>80%)
2 antiparallelle strengen, rechtsdraaiend, opgebouwd uit:
- Fosfaat: hydrofiel karakter
- Deoxyribose: goed wateroplosbaar
- Heterocyclische base: weinig wateroplosbaar
Afstand tussen fosfaatgroepen 6Å
Dikte van de vlakke kant van de base 3.3 Å
Grootte opening 2.7 Å
Opening tussen de treden kwijtraken:
Slide: Basenparen horizontaal verschuiven tov elkaar (om afstoting – ladingen te minimaliseren)
Aanwezige krachten in de helix
H-bruggen
A-T (2 H-bruggen)
G-C (3 H-bruggen)
Stapelingskrachten
= Van der Waalskrachten + hydrofobe interacties
Dimensies
Verschuiving/stap 3.3 Å
Twist 36° (10bp per omwenteling)
Diameter DNA-helix 20 Å
Pitch/spoed = lengte van 1 helicale winding 33 Å
Groeven
Groeven zijn het gevolg vd geometrie van de basenparen.
Hoek waarmee 2 suikers uitsteken:
- 120° voor kleine hoek
- 240° voor grote hoek
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller NVbiochem. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $11.21. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
56326 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now