Prokaryoot
- Operon: reeks genen afgeschreven vanaf enkele promoter (polycistronisch)
- Transcriptie en translatie zijn gekoppeld
Eukaryoot
- Processing mRNA: introns, splicing, capping en transport vanuit de kern
Bdellovibrio is een predatorische bacterie.
Fototrofe bacteriën
- Cyanobacteriën (gram-negatief)
- Leggen CO2 vast
- Hebben fotosynthese
complexen
Cultuur-onafhankelijke technieken:
- Amplicon sequencing: isoleren
DNA; PCR universele primers
tegen 16S rRNA gen; sequencen
van de PCR producten
- Shot-gun metagenomics: isoleren DNA; fragmenteren; sequencen; genomen
assembleren
- Massaspectrometrie
Microbial dark matter: alle micro-organismen die onkweekbaar en slecht
gekarakteriseerd zijn.
- CPR en DPANN is tegenwoordig iets meer over bekend
- Kleine genomen
- Missende genen voor de citroenzuurcyclus, elektronentransport en andere
biosynthese routes
- Afwijkende ribosoom compositie en -assemblage
- Leven veelal symbiotisch/parasitair
Schimmels zijn zeer gerelateerd aan dieren, vaak hebben ze ook homologe genen.
Verschillende soort concepten:
- Morfologie: vorm van de voortplantingsstructuren
- Fenotype: maken pigment of groeien op een substraat
, - Ecologische niche: een stam die een andere gastheer/biche heeft, en dus
geïsoleerd leeft, is een andere soort
- Voortplanting: met elkaar kunnen kruisen waarbij fertiele nakomelingen ontstaan
(veel schimmels kunnen niet gekruist worden)
- Fylogenie
Modelsystemen worden gekozen omdat ze representatief zijn en er veel kennis van is.
Verder zijn ze:
- Eenvoudig te kweken
- Eenvoudig genoom
- Kruisbaar
- Genetisch te modificeren
- Protocollen beschikbaar
Gist als modelsysteem voor de eukaryote cel:
- Biologisch het meest onderzocht
- Sterk verwantschap met dieren
- Biochemisch: glycolyse
- Celdeling: Ras2
- Korte generatietijd
- Weinig complex
- Klein genoom
- Gecontroleerd te kweken
- Moleculaire technieken sterk ontwikkeld
Nadelen van modelsystemen:
- Splitsing van de phyla heeft al lang geleden plaatsgevonden (veel verschillen)
- Schimmels hebben verschillende verschijningsvormen (zelfs binnen het phylum)
- Schimmels vertonen zeer diverse levenscycli (zelfs binnen het phylum)
- Asexueel, sexueel, hermafrodiet, 2 - 23.000 geslachten
- Schimmels vertonen verschillende functies in de natuur
- Schimmels vertonen verschillende celopbouw
De algemene levenscyclus van bakkersgist:
1. Ascosporen (a of alpha) delen middels budding
a. Een cel kan niet meer dan één keer delen op dezelfde plek
2. Fusie van a met alpha
a. Na cytoplasmatische fusie is de cel dikaryoot, maar haploïd
, b. Na nucleaire fusie is de cel diploïd
3. De a/alpha cel kan delen middels budding
a. Meiose is afhankelijk van milieuomstandigheden
Algemene levenscyclus van paddenstoel vormende schimmels:
1. Kan oneindig groeien en vormt substraat- en luchthyfen (in de haploïde fase)
2. Kan oneindig groeien en vormt substraat- en luchthyfen, vorming van de
paddenstoelen begint (in de dikaryote fase)
a. Deze fase wordt ingezet zodra de schimmel boven de grond komt
3. Zeer korte diploïde fase, in sporenweefsel van de paddenstoel
Voeding van schimmels:
- Voorkeur voor glucose boven andere monomere suikers
- Voorkeur monomeren boven polymere suikers (lactose, fructose, galactose etc.)
- Polymeren komen meer voor in de natuur (glycogeen, cellulose)
- Polymeren worden afgebroken middels uitscheiding van enzymen in het
milieu (niet alle glucose wordt opgenomen)
- Resterende glucose wordt door bacteriën opgenomen, die
vervolgens weer worden opgegeten door de schimmels (door
antibiotica of lysozym).
- Bacteriën zetten de glucose om in componenten die de
schimmels zelf niet kunnen maken
- Het component wat (paddenstoel vormende)
schimmels wel kunnen afbreken en bacteriën niet is
lignine. Dit gebeurt d.m.v. oxiderende enzymen.
Het galactose (niet-voorkeur suiker) metabolisme in gist:
- Er zijn twee niveaus van regulatie:
- Repressie
- Bij een hoog glucose
niveau
- SNF complex
inactief
- Cyc8 en Tup1
binden aan Mig1,
waardoor er geen
transcriptie van
Gal4 plaats kan
vinden
- Mig1 bevindt zich in de kern
- Inductie
- Bij een laag glucose niveau (heft de repressie op)
- SNF complex actief en fosforyleert Mig1
- Mig1 beweegt zich uit de kern naar het cytoplasma en wordt
niet meer onderdrukt
- Aanwezigheid van van galactose ook nodig (inducer)
- Gal4 promoter komt vrij en Gal4 wordt gevormd
- Gal4 bindt aan de upstream (Gal4) promoter
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller mbleeker. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $10.74. You're not tied to anything after your purchase.
