dit is een samenvatting van het van Microbiologie hoofdstuk 7 Taxonomie van bacterien
deze samenvatting bevat 8 pagina's
er zijn ook oefenvragen met antwoorden beschikbaar voor dit vak
Wetenschap die zich bezig houdt met classificatie, nomenclatuur en
identificatie van levende organisen
Bij eukaryoten soorten gedefinieerd als groep verwante organisemen die
onderling kruisen
Bij bactieren geen frequente sexuele voortplanting (conjugatie) ivm
asexuele celdeling + is niet soortgebonden
o Elke soort volledig gekarateriseerd (fenotype en genotype) zelfs
fenotypen fragmentarisch beschreven + genotypisch onvoledig
o Extreme eenvoed in structuur taxonomisch te weinig variatie
Dus mbv : biochemische, fysiologische en ecologische kenmerken
Tegenwoordig: evolutieve verwantschappen fylogenetische verwantschap =
systematiek
7.1.2 Soortnaam
Binomiale nomenclatuur
o 1e woord : genus = taxonomische groep of onmiddellijk hogere orde of
geslacht
o 2e woord : species = specifieke soort binnen geslacht
o Vb: Escherichia coli : E.coli altijd Cursief!
o Latijnse- of griekse afgeleiden van beschrijvende kenmerken van
soorten
o Soortnamen zeggen iets over morfologische en
fysiclogische/economische kenmerken
Nieuwe bacterie onderzoek bij voldoende verschil apart species of zelfs
genus
Beschrijving van isolaat + voorgestelde naam gepubliceerd reincultuur
bezorgd aan erkende cultuurcollectie : ATCC : American Type Culture
Collection
Biotypen / varieteiten = afwijken in belangrijke eigenschappen
o Serotypen / serovars = alleen verschillende antigenen ( aangetoond
met antiserum)
Faagtypering = nog fijnere verschillen waarnemen = bepaald
bacteriofaagtype zeer specifieke stammen binnen een soort aantasten
7.2 Classificatiesystemen
7.2.1 Biologische classificatie
In eerste instantie ingedeeld in hierarchisch systeem (Linneaus)
Soorten / species : kleinste hierarchische eenheid Geslacht / genus stam (
-eae) Familie ( -aceae) orde (-ales)
Hogere taxa (Orde, Familie) onderscheiden naar morfologische eigenschappen
( vorm, gramkleuring , aanwezigheid van Flagellen)
Geslachten en soorten onderscheiden op basis van metabole eigenschappen (
fermentaties, enzymreacties,…)
1
, Morfologie en fusiologie : zwakke indicatoren om fylogenetische verwantschap
op te baseren ookal is het anders om ingeburgerd
7.2.2 Numerische classificatie
Vereenvoudigde versie concentionele bacteriele taxonomie
(Adanson) nadelen vermijden
Alle eigenschappen evenveel van belang
Op basis van gelijkaardige (fenotypische) eigenschappen:
Aantal gemeenschappelijke eigenschappen tov aantal
onderzochte eigenschappen
Voor elk paar organismen gelijkenisindex bepalen + uitzetten in
dendogram
Objectieve en stabiele basis voor constructie van taxonomische
groepen + toelaten objectieve vergelijking toekomstige isolaten
Systeem bruikbaar voor classificatie en identificatie maar NIET
als fylogenetisch instrument
7.2.3 Macromoleculaire methoden
Groei moleculaire biologie nieuwe inzichten vooral over genotypische
eigenschappen Grote impact op bacteriele taxonomie
7.2.4 DNA-onderzoek
Groot voordeel : cellen rechtstreeks op DNA niveau detecteren niet
afhankelijk van milieuinvloeden op gen expressie
Verschillende technieken
7.2.4.1 G + C gehalte bepaling
Stijging T: dsDNA ssDNA (hogere absorbantie bij
260nm!)
smelttemperatuur (Tm): T waarbij de helft van dsDNA
ssDNA
Mag zeker niet als enige criterium gebruikt worden om
verwantschap aan te tonen!
Varieert van 24-76 %
Bepaald voor groot aantal bacterien :
o Sterk gelijkende fenotypen Gelijkende DNA samenstelling
o Organismen kunnen identieke DNA samenstelling en verder niet
verwant zijn
Enkel gebruikt om NIET VERWANDSCHAP aan te duiden
7.2.4.2 Restrictie-fragment-lengte polymorfisme (RFLP)
Probleem expressie-afhankelijke parameters oplossing rechtstreeks op DNA
karakteriseren
Maken van restrictiepatroon mbv endonucleasen = restrictie-enzymen DNA
knippen
2
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller saarvercammen. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.21. You're not tied to anything after your purchase.
