In dit document staat alles van week 2 genoombiologie samengevat. Dit betekent dus dat de kennisclips hierin staan uitgewerkt inclusief ondersteunde afbeeldingen. Ook staan er andere aspecten in die belangrijk zijn voor het tentamen.
De chromosomen van eukaryoten zijn lineaire discrete
units van het genoom. Ieder soort heeft een specifiek
aantal chromosomen en soms is dat heel verschillend
tussen nauwverwante soorten, dit geeft dus aan dat het
chromosoom aantal niet heel veel zegt. Chromosomen zijn
alleen zichtbaar tijdens de mitose, want dan ontstaan er
mitotische chromosomen. Ze zitten dan alleen aan
elkaar vast op het niveau van centromeren en een
belangrijke term hierbij: zusterchromatiden
gedupliceerde chromosomen. Dit is een uitermate
compacte structuur van chromatiden, de organisatie van DNA en eiwitten in de kern, en
mitotische chromosomen zijn de dichtste condensatie die er maar bestaat. Dit komt natuurlijk
ook omdat tijdens de mitose de chromosomen uit elkaar getrokken moeten worden, dus ze
kunnen dan niet nog in elkaar zitten (terwijl dit nog wel het geval is tijdens de interfase is).
Chromosomen ondergaan condensatie voordat ze de mitotische deling beginnen zodat de
mitotische chromosomen te vormen. Tijdens de mitose kunnen chromosomen zichtbaar
gemaakt worden door middel van FISH (fluorescence in situ hybridization).
Om chromosomen zichtbaar te maken zijn er mitotische cellen nodig (delende cellen), in de
voorkeur in de metafase of net daarvoor zodat de chromosomen net iets minder
gecondenseerd zijn & iets groter zijn waardoor er meer detail aanwezig is. Deze mitotische
cellen kunnen uit verschillende weefsels gehaald worden zoals: bloed, huid, foetale cellen of
tumorweefsel. Het aantal mitotische chromosomen kan ook vergroot worden, door gebruik te
maken van twee methoden:
- Met het stofje colcemid: dit is een spindle-disrupting agent, waardoor de mitotische
scheiding van de chromosomen niet plaatsvindt & de chromosomen goed zichtbaar
zijn. Hierdoor blijft de mitose in de M-fase zitten;
- Delende cellen synchroniseren in de S-fase door heel veel thymidine toe te voegen.
Bij een overmaat aan thymidine wordt de synthese van cytosine geremd. Dit
betekent dat de cel de DNA synthese niet kan afmaken waardoor alle cellen blijven
hangen in de S-fase. Bij het verwijderen van de overmaat aan T, zullen alle cellen
verder gaan in de S-fase en is het gesynchroniseerd waardoor er meer
chromosomen aanwezig zullen zijn.
De karyogram geeft een generale overzicht van somatische
chromosomen inclusief grootte, nummer & vorm.
De fluorescentie detectie methoden zijn erg handig om
specifieke chromosomen of specifieke plaatsen op het
chromosoom te detecteren. Hierbij onderscheiden we een
standaard FISH kleuring, waarbij er naar één specifieke positie
op het chromosoom wordt gekeken en chromosome painting,
waarbij hele chromosomen worden gekleurd.
, Om te beginnen met de standaard FISH: er is een gen opgezuiverd dat gelabeld wordt met
een fluorescente probe. Deze kan gehybridiseerd worden op een chromosoom preparaat.
Hier zijn de chromosomen uitgespreid op een glasplaatje. Er moet denaturatie optreden,
zodat het DNA enkelstrengs wordt. Dit gebeurt ook met de probe. Want op het moment dat
deze twee onderdelen bij elkaar gebracht worden, vindt er hybridisatie plaats. De
enkelstrengs probe gaat opzoek naar complementaire sequenties en daar bindt het dan.
Uiteindelijk blijft de fluorescent gelabelde probe dan zitten op de plek waar het gen aanwezig
is op het chromosoom & dit kan dan bekeken worden onder de fluorescentie microscoop.
Dezelfde preparaten zouden ook gebruikt kunnen worden bij chromosome painting. Alleen
dan zorg je ervoor dat de ‘probe’ niet één type is, maar juist een sequentie of meerdere
sequenties is die allemaal
verspreidt liggen over het gehele
chromosoom. Dit kan een heel
complex mengsel zijn van
verschillende DNA moleculen die
ervoor zorgen dat alles bij elkaar
het hele chromosoom oplicht. Dit
is een heterogeen DNA probe,
omdat het dus allemaal
verschillende fragmenten zijn in
tegenstelling tot een homogeen
DNA probe waarbij het om één
gen gaat.
Men is ook in staat om op hele andere manieren de opbouw van de kern in kaart te brengen,
waarbij er vooral wordt gekeken naar het contact tussen chromosomen; welk stukje van het
DNA zit nu dicht bij een ander stuk DNA. Hierbij
kunnen chromosomen aan elkaar gekoppeld worden
hoe ze ook daadwerkelijk in een kern aanwezig
zouden zijn. Hier is geen microscopie bij betrokken,
maar puur gebaseerd op sequencing methode.
Hiermee zou dus van een enkele cel in kaart
brengen hoe de chromosomen relatief van elkaar
gelegen zijn. Als dit voor heel veel cellen gedaan
wordt, kan uiteindelijk bepaald worden wat de
voorkeurspositie is van de chromosomen.
Een andere methode waarbij chromosoom hybridisatie
gebruikt wordt om te kijken naar verschillen in kopienummer.
Het kan soms voorkomen dat een cel een chromosoom heeft
verdubbeld, of dat er een verkeerd aantal kopieën zijn
geproduceerd. Deze informatie kan bekeken worden met
behulp van hybridisatie. Een voorbeeld waarbij dit gebruikt
wordt is bij tumoren, er kan zo gekeken worden welke delen
van een chromosoom vaker of juist minder vaak voorkomen
genome painting.
Het DNA van controle weefsel wordt gelabeld met rhodamine.
Ook wordt er DNA uit de tumor gelabeld met FITC. Het
volledige DNA wordt gelabeld en gehybridiseerd op de
chromosomen. Nu is het belangrijk dat de signalen die
repeats geven (het genoom zit vol met repeats), voor geen
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller wannabedoctor. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.98. You're not tied to anything after your purchase.
