Class notes
College aantekeningen Genetica en Evolutie (5502GEET6Y)
- Course
- Institution
Samenvatting van alle colleges gegeven bij het vak Genetica en Evolutie. Van het eerste jaar Biomedische Wetenschappen aan de UvA
[Show more]
Seller
Follow
lucavaneick
Reviews received
Content preview
Hoorcollege 1-2 Genetica en evolutie H7, 10.1, 10.2, 10.3 Genetica gaat over interactie tussen genotype en omgeving fenotype
DNA is complementair aan elkaar
DNA kan zichzelf repliceren
o Drie mechanismen :
Semiconservative replication nieuwe moleculen allebei een oude en nieuwe
streng
Conservative replication een molecuul met twee oude strengen en een
molecuul met twee nieuwe strengen
Dispersive replication De nieuwe moleculen hebben strengen die gemengd
oud en nieuw zijn in een.
o Om te zien wat de oude en wat de nieuwe strand is werden ze met N gebonden
nieuw kreeg normale N (14N) en oud kreeg “heavy nitrogen” (15N). Na replicatie
geanalyseerd via centrifugeren van het mengsel onderaan komen de zwaardere
deeltjes
Replisome = highly complex machine at the replication fork.
Bacterial DNAs are circular
o Chromosoom
o Plasmide
Kleine ectrachromosomale DNAs
Beginplekken van replicatie
o In chromosoom: oriC
o Veel AT en DnaA bindingsplekken
Replicatie gaat twee kanten op
o Twee replication forks
o gaan in tegengestelde richting
o als ze elkaar weer tegenkomen is de replicatie klaar.
Helicase haalt de oude strengen uit elkaar
Alle polymerases synthetiseren altijd van 5’ naar 3’
o DNA polymerase, RNA polymerase, reverse transcriptase
DNA polymerases (dus ook reverse transcriptase)
o Kunnen niet op zichzelf starten. Kunen alleen beginnen aan een 3’ einde van een keten
primer gebruikt, gemaakt door primase (speciale RNA polymerase)
RNA primers hebben geen primers nodig
DNA polymerase heeft exonuclease activiteit. kan aan uiteinden stukjes er afhalen. Dus haalt de
primers eruit. En zijn polymerase activiteit vult de gaten weer in. DNA ligase plakt de stukjes DNA
aan elkaar.
Topoisomerase en helicase halen de helixen uit elkaar.
Singel-strand-DNA binding proteins zorgen ervoor dat het niet terig kan draaien tijdens de
replicatie.
DNA polymerase 3 bind en zorgt dan voor versnelde replicatie.
Tautomeric shifts
, o Mispairing van nucleotiden tijdens replicatie waardoor het verkeerde nucleotide in
wordt gebouwd.
o Exonuclease (“backspace”) corrigeert de errors. Wordt gezien door proofreading
DNA replicase is tijdens de s-fase
Replicatie start op meerde plekken veel punten tegelijk replicatie
Bij replicatie is er een probleem met de replicatie aan het 5’ einde. Er bind bijna nooit een primer
precies op het einde waardoor je dus nucleotiden verliest. Dus bij elke replicatie wordt de streng
een stukje korter.
Oplossing hiervoor is telomerase.
o Telomerase activiteit is een RNA-afhankelijke DNA polymerase.
o Telomerase is een RNA-protein complex
Protein : enzym functie
RNA : template
o Zorgt voor toevoeging van herhalingen.
Verlenging aan het 3 einde (waar het probleem was)
Complementaire streng gemaakt door normale machinerie.
Telomerase activiteit is kiemcellen maar vrijwel niet in somatische cellen
o Uitzondering: celtypes die heel veel delen
Kortere telomeren in verouderingsziekten
Normale cellen gaan dood
o Geen telomerase expressie meer
o Kunnen niet oneindig delen
Kanker cellen zijn onsterfelijk
o De meeste kankercellen hebben expressie van telomerase
o Hierdoor kunnen ze oneindig delen
Telomerase activiteit aangevallen bij anti-tumor medicijnen zal dan alleen kankercellen
aanvallen
Primer zijn de eerste nucleotiden die je wilt hebben van je stukje DNA dat je wilt. Dus moet op
uiteinde (3’) tegenovergestelde streng passen
PCR product geanalyseerd door gel-elektroforese
o Kleinere moleculen lopen sneller erdoorheen waardoor er dus een scheiding ontstaat
PCR ook gebruikt om DNA te sequensen
2
,Hoorcollege 3 genetica en evolutie H8 & 9
Small nuclear RNA (snRNA) -> processing van mRNA (spliceosoom)
Small interfering RNA (siRNA) en piwi-interacting RNA (piRNA) -> handhaven integriteit
DNA
Leesraam: een aaneenschakeling van in frame codons die een aminozuur specificeren,
startend met ATG en eindigend met stopcodon
Het pegroduceerde RNA bevat meer dan alleen het leesraam. Zitten ook voor en achter
stukken RNA die andere functies hebben.
Promotor gebiedje is onderdeel van het gen. Gen is alles wat nodig is om dat eiwit tot
expressie te brengen
Stukje na promotor maar voor coderende gedeelte is 5’ UTR. Ook 3’ UTR.
Prokaryote cellen
o Holoenzym rna polymerase bestaat uit 5 subunits bepalen dat transcriptie kan
beginnen. Sigma factor zorgt dat het goed geposisioneerd is voordat synthese
begint.
o In transcriptie bubbel wordt DNA tijdelijk ontbonden
o Meerdere manieren om synthese te stoppen intrinsic mechanism (hairpin
loop), rho dependent machanism
o Intrinsic mechanism stukje Rna dat complementair is aan zichzelf en dus hair
loop gaat vormen RNA polymerase opgehouden, want door hair pin kan
polymerase niet stukje terug om te checken of alles wel goed is gegaan.
Verderop is aan einde RNA een aantal keer U gesynthetiseerd, de binding met A
is zo zwak dat die los laat want polymerase gaat ook niet verder.
o Rho dependent is sequentie in RNA waaraan eiwit Rho bind en dat loopt dan
over RNA naar polymerase toe. Door interactie stopt polymerase met synthese.
Essentieel verschil translatie en transcriptie in pro- en eukaryoten in prokaryoten
geen nucleus dus terwijl nog gesynthetiseerd wordt lezen de ribosomen RNA al af. In
eukaryoten kan dat niet.
Prokaryoten hebben een operon met meerdere genen in 1 mRNA transcript gemaakt. In
eukaryoten elk gen in aparte mRNA maakt.
Eukaryoten
o Heeft TATA box voor start van transcriptie. Daaraan bindt TATA binding protein.
En dan kunnen alle andere transcriptiefactoren de plaats herkennen en binden. 6
general transcription factors en ook nog veel gen specifieke transcrption factors.
Zijn nodig zodat polymerase kan werken. Vormt iniation complex. Als alles goed
zit kan transcriptie beginnen.
o Polymerase heeft c terminale domein dat dient voor meenemen factoren die
nodig zijn om RNA verder te behandelen. capping, splicing, poly-a-tail.
gebeurt tijdens synthese.
3
, Spliceosoom : bestaan uit small nuclear ribonucluotide proteins (snRNPs) U1, U2, U4,
U5, U6 ,met een eiwit.
Intron komt vrij al een lasso. 5’ einde intron bindt aan branch point. En dan worden de
twee exonen aan elkaar gebonden en intron laat los.
miRNAs reguleren (replessie) van gen expressie. RISC ontvouwd dubbelstrengs RNA
maakt er miRNA van. onderdrukt translatie van complementair mRNA of breekt
polyA straart af, waardoor mRNA afgebroken wordt
miRNA gecodeerd in ons genoom, siRNA wordt niet gecodeerd in ons genoom, is ofwel
van virusinfectie of van transposon. siRNA is onderdeel immuunsysteem handhaven
genoomintegriteit.
Er is redudantie op 3e plaats codon (triple) verschillende codons coderen voor zelfde
aminozuur. Maar code is wel ondubbelzinnig.
Sommige tRNAs met een en hetzelfde anticodon meerdere codons kunnen herkennen.
Vaak G en U ook binden. Soms eerste nucleotide anticodon ook wel inocine, dit kan
binden met U, C of A. deze eerste nucleotide anticodon (laatste van codon) is wobble
position. Regels zijn wat ruimer.
2 energierijke verbindingen verbroken om juiste aminozuur aan juiste tRNA te binden
o ATP AMP + PPi
o PPi 2 Pi
Ribosomen in eukaryoten en prokaryoten verschillen in het aantal rRNAs en het aantal
eiwitten
o S (eenheid sedimentatiesnelheid = Svedberg = maat voor molecuulgrootte.
o rRNA structuur bepaald door intramoleculaire baseparing.
3 sites op ribosoom
o A site (aminoacyl) binden inkoment aminoacyl-tRNA
o P ite (peptidyl) binden tRNA met peptide (initiation tRNA)
o E site (exit) ontkoppeld tRNA (zonder aminozuur)
o Groeiende aminozuurketen op P site
Initiatie
o Prokaryoot : Kleine subunit bindt met initiation tRNA, kan interne AUG binden
(bind daar in een keer). Grote subunit bind
o Eukaryoot : kleine subunit met initation tRNA bindt aan 5’ einde en gaat op zoek
naar AUG (eerst scannen). Grote subunit bindt.
o In prokaryoten kunnen meerdere ribosomen in binden met meerdere leesramen
(intern) , maar in eukaryoten bind ribosoom op 5’ cap dus kan maar 1 leesraam
gelezen worden.
In prokaryoten: Shine-dalgarno sequentie. Bovenstrooms startcodon een purine rijke
sequentie complementair aan kleine stukje 16 S RNA dat aan 3’ einde rRNA dat in
kleine subunit ribosoom zit. Dus subunit met tRNA bindt hieraan. geven aan dat de
AUG een initiatie translatie codon is en niet een gewoon AUG codon. Leesraam bepaalt
door waar AUG zit, want kan vanaf daar alleen maar tripletten lezen.
Bij stopcodon geen tRNA maar een releasefactor die bindt.
Alle interacties van eiwitten met elkaar en andere dingen interactoom
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lucavaneick. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.55. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
75323 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now