100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
Previously searched by you
Previously searched by you
logo
Volledige samenvatting hoofdstuk 2 methoden in het biomedisch onderzoek 3 $5.61
Add to cart
Quickly navigate to
Preview
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen

Summary

Volledige samenvatting hoofdstuk 2 methoden in het biomedisch onderzoek 3

1 review
 1 purchase
  • Course
  • (E0F95A)
  • Institution
  • Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)

Volledige samenvatting hoofdstuk 2 van methoden in het biomedisch onderzoek 3. Hoge punten al bewezen na gebruik van deze samenvatting, 16+/20! alle sequencers op volledige en begrijpbare manier neer geschreven met alle uitleg vandien.

Preview 4 out of 37  pages

Document information

  • November 16, 2023
  • 37
  • 2022/2023
  • Summary

Subjects

  • methoden
  • methoden 3
  • bmw
  • biomedische wetenschappen
  • leuven
  • methoden in het biomedisch onderzoek 3
  • methoden in het biomedisch onderzoek
  • ku leuven

Written for

  • Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  • Biomedische Wetenschappen
  • (E0F95A)

1  review

review-writer-avatar

By: mayavounckx • 1 year ago

Seller

avatar-seller
lukanys11

Reviews received

Content preview

Methoden 3 – samenvatting
H1: inleiding

Methoden 3: van één (enkele) molecule(n) naar omics

- Next Generation sequencing = NGS

Multi-omics:




Bulk- vs single cell-omics




 Spatial
omics: ruimtelijke info behouden, cellen bekijken terwijl ze nog in het weefsel zitten
o Fruit bekijken terwijl het nog in de fruitschaal ligt en dus info blijft behouden van
waar in de fruitschaal het zich bevindt.

Interactomics  interacties bekijken

Fluxomics  meten hoe moleculen worden omgezet in een ander en de snelheden  Pathway
analyse.

Gen modulatie: biomedisch probleem bv. ziekte  adhv. omics identificatie gen, proteïne, lipide dat
veranderd is in ziekte  gen modulatie toepassen om functie van gen/lipide/proteïne in ziekte na te
gaan.

DOEL: Concrete vraagstellingen beantwoorden  integratie van methoden.

,H2. DNA
2.1 DNA sequentiebepaling


De novo genoom sequentiebepaling

- Ongekende genomen
- HGP
- Overlappen om zo te achterhalen hoe deze in elkaar passen, repeats zijn een uitdaging!

Resequencing

- Gekende genomen
- Referentiegenoom  achterhalen hoe alle fragmenten in elkaar passen door te mappen tov.
referentiegenoom
- Verschillen tussen individuen
o SNP’s
o Ziekten
- Diagnose, farmacogenetica, etc.

Sequentiebepaling als teller

- #DNA moleculen achterhalen

de novo seq. vs reseq.

,2.1.1. 1ste generatie sequentiebepaling
Maxam & Gilbert = chemische klievingsmethode

- Differentiële chemische klieving van nucleïnezuren in 4 verschillende reacties, gevolgd door
scheiding volgens grootte op gel en visualisatie via autoradiografie
- Strengen radioactief merken
 Relatief korte fragmenten
 Niet helemaal specifiek  sequentie niet altijd eenduidig



Fragmenten merken => knippen zodat maar 1 merker per
fragment is.

Dan verschillende klievingsreacties

- Knippen na een G
- Knippen na een G of A
- Knippen na een C of T
- Knippen na een C

Op gel zetten dan adhv. waar bandjes kan je afleiden
welke base zich op die plek bevindt.
ddNTP = ontbreken van 3’ OH,
deze vormt normaal
fosfodiesterverbindingen in een
DNA met
Sanger sequencing = nieuwsynthese keten
dideoxy-keten
terminatie

Template = gefragmenteerd genoom dat geamplificeerd wordt door cloneren of een specifiek
fragment dat geamplificeerd wordt met PCR.

Polymerase + primer + mengsel van 4 dNTPs + ddNTPs (elke ddNTP met verschillend fluorescent
label). Reactie gaat gwn door bij inbouw van dNTPs maar stopt bij inbouw van een ddNTP. Daar
fluorescente merker.  aflezen in capillaire gelektroforese = elektroferogram, kortse fragment eerst
en zo sequentie bepalen.

- Juiste verhouding dNTPs/ddNTPs
- Betrouwbaarheid verhogen door reactie in beide richtingen uit te voeren  FW en RV
primer
 Beperkt tot ~500nt, lastig met repeats
 €

Phred-Score van elektroferogram:

- 10 = 1/10 bp is fout
- 20 = 1/100 bp is fout
- 30 = 1/1000 bp is fout
 Liefst 20 of 30

,  Sequentie fout vs mutatie?  FW en RV primer ter bevestiging

Craig Venter
Sequentie v.e. individuele mens voor eerste keer. Gedaan adhv. whole genome shotgun
sequencing.

- Random clones, geen mapping
- Sanger

Heel moeilijke data-analyse om alles te assembleren  random korte sequenties zonder mapping
reassembleren

Enorme impact op:

- Technologische ontwikkeling van sequencing
- Bio-informatica
- Visie op delen van data  open science
- Biologische kennis  nagenoeg hele sequentie humane genoom gekend, nu kijkend naar
genetische verschillen en evolutie.
- Etc.

Nieuwe uitdagingen:

- Persoonlijke genoomsequenties van iedereen
 Personalized precision medicine
o Sequentie gekend met SNPs  diagnose, prognose, preventie, gebruik medicatie,
inzicht in aandoeningen
o THERAPIE OP MAAT

 Ethisch!



2.1.2. 2de generatie sequentiebepaling: short-read next-generation
sequencing
DOEL = veel hogere throughput aan veel lagere kost  massale DNA sequentiebepaling mogelijk

Parallelle detectie (Massive parallel sequencing)

- Korte sequenties massief parallel sequencen

Miniaturisatie van reacties

Integratie van het proces (pipeline)

- Directe detectie (<> scheiding fragmenten vie gelelectroforese)



4 basis stappen:
- Stap 1: aanmaak DNA library
- Stap 2: Klonale in vitro amplificaties
- Stap 3: Sequencing/sequentiebepaling
- Stap 4: Data analyse

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lukanys11. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $5.61. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

64670 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 15 years now

Start selling

Recently viewed by you

Package deal ·

(0)

Package deal for CERTIFICATION APEA 3P 2024 EXAM 3 WITH CORRECT ANSWERS

Exam (elaborations) ·

(0)

Contemporary Issues in Biology Final ~ TCU, Sawey Exam Questions and Answers

Exam (elaborations) ·

(0)

ati rn comprehensive predictor retakeComprehensive predictor retake

Exam (elaborations) ·

(0)

WGU C777 Practice Test C | 100% Correct Answers | Verified | Latest 2024 Version

Exam (elaborations) ·

(0)

Illustrator GMetrix Exam Study Guide questions with correct answers

Exam (elaborations) ·

(0)

COPE HEALTH SCHOLAR TEST | 100% Correct Answers | Verified | Latest 2024 Version

Exam (elaborations) ·

(0)

The Ultimate MCAT Flashcard Set Exam Questions with Correct Answers

Summary ·

(0)

Samenvatting Materieel strafrecht - Materieel Strafrecht (RS0702171814)

Summary ·

(0)

Samenvatting Aardrijskunde Examencommissie 2023 (Slagen gegarandeerd!)

$5.61  1x  sold
  • (1)
Add to cart
Added