Samenvatting in puntjes (geen doorlopende tekst!) van het DERDE DEEL van het derde hoofdstuk van biochemie (cel 2): "Eiwitten, structuur en functie". De totale samenvatting van het vak biochemie bestaat bij mij uit 6 hoofdstukken in plaats van 4 (aangezien hoofdstuk 3 gigantisch lang is, heb ik dat...
Hoofdstuk 5: Functie van eiwitten
– Enzymen als biokatalisatoren
1. SNELHEID VAN CHEMISCHE REACTIES VERSUS
GEKATALYSEERDE REACTIES
tabel:
o voorbeelden van halfwaardetijden van chemische reacties bij 25°C en in
afwezigheid van katalysator
o voorwaartse reactiesnelheidsconstante (k)
o ter vergelijking: omzettingsgetal van een door een enzym gekatalyseerde
analoge reactie
k (s1) k (s1) halfwaardetijd reactie
enzymatisch chemisch
20 1,5 x 1020 1,1 x 1012 jaar fosfomonoester dianion hydrolyse
1,1 x 109 jaar glycinedecarboxylering
8 x 107 jaar orotidinemonofosfaatdecarboxylering
1,1 x 106 jaar α Oglycosidehydrolyse
8 x 102 2,3 x 1014 7 x 105 jaar Fumaraathydratatie
1,4 x 105 jaar fosfodiesterhydrolyse (CO)
9,8 x 104 jaar mandelateracemicatie
6000 jaar aminozuurracemizatie
450 jaar peptidehydrolyse
73 jaar cytidine deaminatie
4,3 x 103 2,9 x 106 2 dagen triosefosfaatisomerisatie
7 uur chorismaatmutase
23 seconden peptide cistransisomerisatie
6 x 105 0,1 5 seconden CO2hydratatie
chemische reacties: spontaan wanneer Gibbs vrije energie vermindert ( ∆ G < 0)
o dikwijls een of meerdere intermediairen reactie gaat zeer traag
o deze transitietoestanden: vaak hoge vrije energieinhoud
o vrije energie nodig om reactant in transitietoestand te brengen = activeringsenergie
activeringsenergie
o omgekeerd evenredig met reactiesnelheid
o vaak te hoog om te overbruggen met gemiddelde kinetische energie van moleculen
o enzymen nodig
67
, enzymen
o katalytisch vermogen bepaald door:
tijdelijke binding van substraten verlagen energieinhoud van
transitietoestand
brengen groepen die zullen reageren in optimale oriëntatie
o geen invloed op verschil in vrije energie tussen substraat en product
geen invloed op evenwicht
evenwicht wordt enkel sneller bereikt
o bij enzymatische reactie: zelden zijproducten
Figuur 5.1.
Energieverloop van een reactie. De activeringsenergie is
lager voor de reactie met enzym (volle lijn) dan voor de
nietgekatalyseerde reactie (stippellijn). Het verschil in vrije
energie: ∆ G (met ∆ G = ∆ G0 + RT ln K)
tussen het substraat en het product bepaalt het
reactieevenwicht. Het verschil tussen de energie
inhoud van het substraat en de transitietoestand is
de activeringsenergie. Deze laatste bepaalt de
reactiesnelheid.
2. ENZYMEN WORDEN
GECLASSIFICEERD VOLGENS DE REACTIES DIE ZE
UITVOEREN
68
, 3.
FUNCTIE
VAN AMINOZUREN IN DE DRIEDIMENSIONALE
STRUCTUUR VAN ENZYMEN
3.1. KATALYTISCHE HOLTE MET KATALYTISCHE AMINOZUREN
enzymen: vaak grote eiwitten, maar slechts enkele AZ betrokken bij enzymatische
reactie
o = katalytische aminozuren
o zitten in actief centrum of katalytische holte
functies katalytische holte
o substraten op correcte manier georiënteerd
o laat gemakkelijkere uitsluiting van water toe
INTERMEZZO: De katalytische holte van Chymotrypsine
chymotrypsine bestaat uit: twee domeinen met daartussen katalytische holte
katalytische aminozuren:
o uit eerste domein: H57, D102
o uit tweede domein: S195
oxanionholte
o functie: stabiliseren van transitietoestand
69
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller geneeskundeftpsychologie. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.23. You're not tied to anything after your purchase.
