Summary
Samenvatting practicum biochemie en biotechnologie - cursus + ppt + (berekeningen) verslagen + uitleg
- Course
- Institution
Samenvatting cursus + ppt + (berekeningen) verslagen + uitleg
[Show more]
1 review
By: majdaleid • 2 months ago
Seller
Follow
AnaisLingrong
Reviews received
Content preview
Practicum Biochemie en BiotechnologiePracticum biotechnologie en biochemie
1 PROTEINEBEPALING MET LOWRYMETHODE
A THEORIE
THEORIE
STRUCTUUR PROTEÏNEN / EIWITTEN: meest voorkomende organische moleculen in het menselijk lichaam
• Opgebouwd uit steeds weerkerende “motieven” van aminozuren (AZ)
- Structuur AZ:
° centraal C-stofatoom
° H-atoom
° aminogroep (-NH2)
° carbonzuurgroep (-COOH)
° variabele R-groep (of Rest-groep)
- AZ verbonden via peptidebindingen
-> N-terminus met C-terminus
• 4 verschillende niveaus in de structuur van eiwitten
1. Primaire structuur
= aminozuurvolgorde van het eiwit
2. Secundaire structuur
= plaatselijke ruimtelijke structuur die een bepaalde volgorde van aminozuren in een polypeptideketen
aanneemt (= α-helix en β-plaat)
3. Tertiaire structuur
= uiteindelijke driedimensionale vouwing van 1 polypeptideketen die ontstaat als verschillende delen van het
eiwit, elk met hun eigen secundaire structuur, bij elkaar komen
-> Hier vinden interacties plaats tussen zijketens AZ (H-bruggen, ionbindingen,..)
4. Quaternaire structuur
= manier waarop verschillende gevouwen polypeptideketens bij elkaar komen in de uiteindelijke eiwitstructuur
FUNCTIES VAN EIWITTEN
• Vorm en structuur van cellen en weefsels (bv. keratine,collageen)
• Beweging (bv. actine- en myosinefilamenten)
• Transport (bv. albumine, hemoglobine)
• Enzymen (bv. amylase, pepsidase)
• Hormonen (bv. insuline)
• Verdediging (bv. antilichamen)
=> Verlies van eiwitten kan leiden tot onherstelbareschade aan organen en orgaanstelsels
DENATURATIE
• Wat?
- verlies van de secundaire, tertiaire en quaternaire structuur
- primaire structuur blijft behouden
• Oorzaak? Tabel
• Gevolg? Functieverlies eiwit
,B PRAKTIJK
A VERDUNNINGSREEKS PROTEÏNE MAKEN: LOWRY-METHODE
Lowrymethode
= gevoelige colorimetrische assay => 2 kleurvormende reacties => verhoging van de gevoeligheid
1 Breng in verschillende proefbuizen de volumes (in ml) zoals weergegeven in onderstaande tabel:
• Oplossing A: NaOH (0,5 M),
CuSO4 (0,05%), Na2CO3 (10%),
NaK-C4H4O64H2O (Natrium
kaliumtartraat) (0,1%)
Opgelet! Cu++ is giftig!
• Oplossing B: waterigeoplossing van het
serumalbumine (200mg/l)
• Oplossing C: onbekende oplossing van
serumalbumine
2 Meng telkens, laat de oplossing 10 minuten bij kamertemperatuur staan.
=> Kleurreactie 1: Proteïne (oplossing B of C) + Cu2+ (oplossing A) => complexatie Cu2+ met peptidebindingen
-> in aanwezigheid van een base (NaOH) en natrium kaliumtartraat, met de peptidebindingen
-> diep blauwe kleur
3 Voeg aan elke proefbuis 4 ml Folin-Ciocalteureagens toe (oplossing D)
=> Kleurreactie 2: Proteïne + Folin- ciocalteureagens (oplossing D) => reductie fosfomolybdaat
-> reductie door reactie met tyrosine en tryptofaan in de proteïneketen
-> diep blauwe kleur
4 Meng goed door omzwenken (gebruik parafilm)
5 Laat de oplossing minimum 30 minuten bij kamertemperatuur staan.
B SPECTROFOTOMETRIE: LAMBERT-BEER
Lambert-Beer
= wanneer een lichtbundel met intensiteit valt door absorberend materiaal, zal het doorgelaten licht een lager
intensiteit hebben
• Transmissie:
• Absorbantie/Extinctie:
• Lineaire relatie tussen A en c van het absorberende staal:
ε = molaire absorptiecoëfficiënt ()
ð Handmatige berekening, in labo worden de exctinctiewaarden bekomen door de spectrophotometer
,1 Bepaal de extinctie bij 660 nm mbv spectrophotometer van de
- blanco (0)
- standaardoplossingen (1–7)
- onbekende oplossingen (8–10)
2 Trek de extinctiewaarde van de blanco (nr. 0) af van de extinctiewaarden van oplossingen 1-10
of
Stel de blanco als referentie (=0nm). Meet de waarden van oplossingen 1-10
2 Maak het gemiddelde van de extinctiewaarden van 8–10.
3 Zet de albumine-extinctiewaarden (1–7) uit in functie van de proteïneconcentraties (mg/l).
4 Bereken de proteïneconcentratie C van de onbekende oplossing (oplossing C) met behulp van deze ijkcurve
=> Vergelijking: y = ax + b, met y=extinctiewaarde en x=concentratie serumalbumine
-> door vergelijking om te vormen naar x met y=gemiddelde waarde onbekende oplossing serumalbumine, vind
je voor x de concentratie van de onbekende oplossing serumalbumine
ð Na de concentratie in het staal (c2) van de onbekende serumalbumineoplossing te berekenen, moet men de
concentratie berekenen van de onbekende serumalbumineoplossing in de STOCKoplossing (c1)
ð Mbv c1xV1 = c2 x V2
,2 PERIODAATOXIDATIE
A THEORIE
Doel: suikerbepaling adhv malaprade/periodaatoxidatie
SUIKERS OF KOOLHYDRATEN: belangrijkste energiebronnen voor zowel planten als dieren
• Algemene formule: (CH2O)n
• Enkelvoudig suiker of monosachariden: koolhydraat dat drie tot zeven koolstofatomen bevat
• 2 groepen:
Ketose: C=O in het midden
Aldose: C=O eindstandig
MALAPRADEREACTIE
In 1928 toonde Malaprade aan dat moleculen die vicinale hydroxylgroepen bezitten door periodaat geoxideerd
worden volgens reactieschema:
- Secundaire OH-groepen worden geoxideerd tot mierenzuur (HCOOH)
- Primaire OH-groepen (eindstandig) worden geoxideerd tot formaldehyde (CH2O)
Om de moleculen te oxideren zijn 5 splitsingen
nodig. Per splitsing wordt 1 molecule periodaat
verbruikt.
Men kan bepalen of een onbekende oplossing
een ketose of aldose is door deze oplossing te
laten reageren met een overmaat periodaat.
Door de verhoudign mierenzuur/periodaat te
bepalen kan men dit achterhalen.
B UITVOERING
VOORBEREIDING BLANCO EN ONBEKENDE (assistenten)
• Onbekende oplossing: 5 mL onbekende oplossing + 20mL periodaat
• Blanco oplossing: 5 mL H2O + 20mL periodaat
UITVOERING 2 TITRATIES
1 Na één week pipetteert men 1,00 ml van de onbekende in een erlenmeyer en voegt achtereenvolgens 5,0 ml
10% KI en ±3ml 1 M H2SO4 toe.
- KI zorgt voor vorming I2 1 mol IO4- = 1 mol I2
- H2SO4 dient als katalysator
,2 Titreer het vrijgestelde I2 met Na2S2O3 en enkele druppels zetmeeloplossing in het reactiemengsel. (Reactie 1)
Titreer tot de blauwe/bruinachtige kleur volledig verdwijnt.
-> I2 wordt omgezet in kleurloos I−
-> zodra al het I2 is omgezet, verdwijnt de blauwe/bruinachtige kleur
Herhaal vorige stappen nog een extra 2x met de onbekende en 2x met de blanco oplossing
3 Pipetteer in een tweede erlenmeyer 5,00 ml van de onbekende, en 1,0 ml ethyleenglycol (oplosmiddel)
4 Titreer na ± 10 min met 0,0500 M NaOH met fenolftaleïne als indicator. (Reactie 2)
De blanco wordt niet met NaOH getitreerd, enkel met Na2S2O3.
BEREKEN
• Het aantal mmol IO- verbruikt in 25,00 ml reactiemengsel.
4
1 Bereken het aantal mol Na2SO3 verbruikt mbv
- gegeven concentratie NA2SO3
- gebruikt volume tijdens de concentratie
2 Volgens reactie 1 is 1 mol I2 = 2 mol Na2SO3
-> deel bekomen mol Na2SO3 door 2. Dit is het verbruikt aantal mol I2
3 Bereken ook het verbruikt aantal mol I2 met de blanco als titrans
4 Trek het aantal verbruikte mol I2 van de onbekende af van het aantal vebruikte mol I2 van de blanco
-> Bij titratie met onbekende wordt 1 mol I2 minder gevormd dan bij titratie met blanco
-> Aantal mol I2 minder gevormd met onbekende als titrans
= aantal mol periodaat gevormd in erlenmeyer
= aantal mol periodaat verbruikt na de reactie
= aantal mol I2 verbruikt blanco – aantal mol I2 verbruikt onbekende
5 Vermenigvuldig het aantal verbruikte mol periodaat met 25
-> berekeningen waren voor toegevoegde blanco/onbekende 1mL
• Het aantal mmol HCOOH gevormd in 25,00 ml reactiemengsel
- Als verhouding dichter is bij 1
=> onbekende is aldose
- Als verhouding dichter is bij 0,6
=> onbekende is ketose
, 3 OPZUIVERING EN IDENTIFICATIE VAN DNA
A THEORIE
DNA
• Alle erfelijke informatie van een organisme ligt opgeslagen in het DNA
• Structuur:
- twee lange ketens van nucleotiden in dubbele helix
- ketens met elkaar verbonden via waterstofbruggen.
- vier verschillende nucleotiden met de nucleobasen
°adenine (A)
°cytosine (C)
°guanine (G)
°thymine (T)
• Strengen zijn complementair
-> basen kunnen alleen als basenparen (bp) AT en GC voorkomen
• Volgorde van nucleotiden bepaalt welke eiwitten er in het lichaam worden aangemaakt
PLASMIDE DNA
= cirkelvormige dubbele streng DNA die zich buiten het chromosomaal DNA bevindt
• De grootte van een plasmide: 1.000 - 200.000 baseparen
• Hiermee wisselen bacteriëen onderling genetische informatie
• kunnen in verschillende aantallen in een individuele cel of bacterie aanwezig zijn, variërend van één – honderden
• Plasmiden dragen altijd ten minste één gen
• Genen in een plasmide zijn meestal gunstig voor de ontvangende bacterie
-> kunnen er voor zorgen dat de bacterie nieuwe voedselbronnen kan aanspreken, gifstoffen kan aanmaken in
bepaalde omstandigheden of resistentie krijgt tegen bepaalde antibiotica
• Kan zich onafhankelijk repliceren
-> hiervoor bevat het plasmide ook een stuk DNA dat fungeert als startpunt voor replicatie
-> "origin of replication"
• Plasmiden die in een laboratorium artificieel worden aangemaakt bevatten ook steeds een selectiemarker
-> gen dat resistentie verschaft tegen een bepaald antibioticum (bv. ampicilline)
KUNSTMATIGE PLASMIDEN
• Worden vaak in biotechnologische en biomedische laboratoria gebruikt
-> genetische modificaties uitvoeren
-> nieuwe genen wroden ingebracth mbv restrictie-enzymen
• Zijn samengesteld uit stukken DNA die
- gewenste eigenschappen aan een cel kunnen toevoegen
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller AnaisLingrong. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.56. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
56326 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now