Summary
Samenvatting - Methoden in het biomedisch onderzoek 1: KUL
- Course
- Institution
Volledige samenvatting methoden in het biomedisch onderzoek fase 1, biomedische wetenschappen KUL, Koole Michel
[Show more]
Seller
Follow
ellaherroelen
Reviews received
Content preview
METHODEN IN HET BIOMEDISCH ONDERZOEK1. INLEIDING
BELANG V METHODEN IN BIOMEDISCH ONDERZOEK:
• Dry lab = met computer te werk gaan → goedkoper
• Wet lab = met stoffen en metingen → veel materiaal en minder toegankelijk
DOELSTELLINGEN:
• Overzicht ve aantal belangrijke methoden
→ ethische, wettelijke + veiligheidsaspecten
→ basistechnieken + nieuwe ontwikkelingen
• Chemische, biologische, fysische principes v methoden begrijpen
• Leren strategische keuze te maken voor welbepaalde methoden
→ vergelijken methodes + mogelijkheden/beperkingen
• Inzicht in belang + impact v specifieke biom methoden
• Onderzoeksstrategie opstellen om concrete biom vraag te beantwoorden
→ hoe methodes combineren?
2. BIOMEDISCHE VRAAGSTELLING + ONDERZOEKSMETHODIEK
ZEER BREED GAMMA AAN VRAAGSTELLINGEN:
Fysiologische vraagstellingen <-> pathologische vraagstellingen
Fysiologie Pathologie
Hoe werkt ons lichaam? Wat loopt er fout? Ziekten?
Niveaus:
• Organisme – weefsel – cel – subcellulair (organellen)
Onderzoek:
• Vaak mens / ook modelorganismen (staan model voor bepaalde ziekten bv. muis/fruitvlieg/gistcel/..)
• Soms culturen v menselijke cellen → cellen of weefsel zelf laten verder groeien
• Combi !
Open exploratief <-> hypothese-gedreven
• Open exploratief = onderzoek waarbij breed gezocht wordt naar antwoord zonder specifieke richting
te kiezen + gebruik maken van omnix methode (groot deel onderzoeken bv. volledige genomen)
Bv. Hoe komt het dat sommige mensen zo sterk reageren op COVID?
• Hypothese gedreven = onderzoek waarbij we een antwoord vooropstellen (hypothese) + dit toetsen
Bv. Speelt de vrijzetting v interferonen een bepalende rol bij de reactie op COVID?
,Fundamenteel / translationeel/ klinisch:
• Fundamenteel
→ gericht op gedetailleerde analyse vd moleculaire bestandsdelen + processen in cel/organisme
→ vooral de biologie
• Translationeel
→ maakt overgang tussen fundamenteel + klinisch onderzoek
• Klinisch
→ patiënt-gericht: optimaliseren diagnose + verbeteren behandeling + nieuwe geneesmiddel
→ PICO : patient – intervention – controls – outcome
Analyse in vivo / ex vivo / in vitro / in silico
• In vivo = bepaling bij levende organismen (bv. metingen lichtemp/bloeddruk)
• Ex vivo = metingen op stalen ve organisme (bv. immunohistochemie van biopt)
• In vitro = metingen in proefbuis (bv. kloneren/ celcultuur/..)
• In silicio = analyses met computer (bv. analyse genexpressiedata / studie interactienetwerk)
ONTWERP V BIOMEDISCHE EXPERIMENTEN:
Biomedisch probleem
Literatuur (peer-review)
Testbare onderzoeksvraag/hypothese
Biologisch system (gezond-ziek) / modelsysteem+moduleren
Bepaling vd variabelen (wat meten?)
Keuze van de methoden (hoe?)
Bepaling aantal stalen (power analyse) (technische/ biologische variatie) controles!
Financiering + goedkeuring
Uitvoering experimenten + statische analyse
Herhaling experiment
Conclusie
2 GROTE KLASSEN VAN METHODEN:
Methoden voor analyse : we meten iets Methoden voor modulatie: veranderen iets aan het
organisme/proefmodel
• Klinische analyse (hormonen/.)
• Isolatie, meting, sequentiebepaling DNA • Behandeling met inhibitor
• Analyse processen (gentranscriptie) • Transgenese
• RNA interferentie
,ENKELE DEFINITIES:
Woord Betekenis
Precisie = variabiliteit Maat voor reproduceerbaarheid
→ standaard deviatie / coëfficiënt v variatie
Accuraatheid Verschil tussen gemeten waarde + echte waarde
→ populatiestatistiek
Detectielimiet = gevoeligheid Kleinste waarde die met bepaald gekozen zekerheid
kan gemeten worden
Analytische range / dynamic range Gebied dar reproduceerbare gegeven geeft /
betrouwbaar
Analytische specificiteit = selectiviteit Mate waardoor andere componenten in systeem
interfereren
Analytische sensitivitetit Maat v verandering in output tov in input
Robuustheid Mate waarin methode een consistent resultaat geeft
ondanks kleine verschillen in experimentele
parameters (bv pH)
SELECTIE METHODE:
• Te meten variabele
• Vereiste precisie
• Aantal stalen/waarden
• Beschikbaarheid apparatuur
• Kosten
• Veiligheidsrisco’s
• Vroegere / gepubliceerde ervaringen
• Persoonlijke voorkeur
5. METEN EN SCHATTEN
INLEIDING:
Categorische/ kwalitatieve analyse: Kwantitatieve + vergelijkende analyses:
• Bepalen iets dat discrete waarden geeft • Bepalen iets dat continu kan variëren
• Bv. bepaling gensequentie binnen bereik van waarden
• Bv. identificatie interagerende eiwitten • Bv. cholesterolspiegel / suikerspiegel/ …
Foutenanalyse = noodzakelijk → betrouwbaarheid + onzekerheid over meetresultaten / onderzoek
, MEETONZEKERHEID:
Toevallige fout (meetonzekerheid, precisie) = fout met onvoorspelbare richting + grootte
• Nonchalance/ motivatie vd onderzoeker
• Training/bekwaamheid
0.60 0.63 0.65 0.68 0.70
• Onzekerheid over meetprocedure concentratie (mg/l)
• Omgevingsfactoren
• Statistische aard vh meetproces (concentratie <-> meettijd)
Meetonzekerheid door herhaald uitvoeren ve meting
• N metingen X1 , X2 , .. , Xn
1
• Gemiddelde 𝑋̅ = ∑𝑁 𝑖=1 𝑋𝑖
𝑁
1
• Variantie: 𝑠 = (𝑁−1) ∑𝑁
2 ̅ 2
𝑖=1(𝑋𝑖 − 𝑋 ) → s = standaarddeviatie/afwijking
→ (gemiddelde/mediaan)±(standaardafwijking) eenheid
𝒔
Standaard afwijking (fout) op het gemiddelde: SEM =
√𝑵
• Herhaalde metingen verkleinen meetonzekerheid + verhogen betrouwbaarheid gem
• Metingen herhalen + gem nemen om impact v toevallige fout te verminderen
Praktijk: manuele celtelling
• Mbv telkamer
• Herhaalde telling v cellen in # kwadranten v rooster (onder microscoop) + gem nemen
• Gekende opp + diepte kwadrant → gekend volume → celidensiteit berkenen met formule
• Meer precisie
Relatieve Probabiliteit
Relatieve Probabiliteit
2de is veel beter:
• Grotere onzekerheid bij 1 0.63 0.64 0.65
0.630.66 0.67 0.68 0.64 0.65 0.66 0.67 0.68
concentratie (mg/l) concentratie (mg/l)
→ Verschillen tussen stalen minder snel duidelijk
→ Verschil met vooropgestelde concentratiewaarde ook minder snel duidelijk
SYSTEMATISCHE FOUT:
Systematische fout = herhaalbare fout v dezelfde grootte in dezelfde richting
• Instrumentele fouten
→ beperkte nauwkeurigheid ijking/calibratie (tijd/middelen beperkt)
• Methodologische fouten
→ suboptimaal gebruik v opstelling (verkeerde instellingen)
→opl: meten met 2 of meer onafhankelijke meetopstellingen
• Persoonlijke fouten
→ systematische fouten door operator/ bij voorbereiding vd stalen
→ opl: opbouwen expertise-ervaring
→ validiteit vd meting → GEEN betere nauwkeurigheid mbv gemiddeldes
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller ellaherroelen. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.98. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
52510 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now