Summary
Samenvatting Moleculaire Biologie 1
- Course
- Institution
- Book
Moleculaire Biologie 1 samenvatting gebaseerd op het boek "Recombinant DNA, genes and genomes – a short course", 3th ed (2006) (Hoofdstukken 4, 6, 8, 9 en 13)
[Show more]
Connected book
Book Title:
Author(s):
- Edition:
- ISBN:
- Edition:
2 reviews
By: nonjavandepol • 4 year ago
By: Nathalie03 • 5 year ago
Seller
Follow
dominiquetermaat
Reviews received
Content preview
Moleculaire biologie 1Samenvatting; Recombinant DNA, genes and genomes – a
short course, 3th ed, James D Watson (2006) (Hoofdstukken
4, 6, 8, 9 en 13)
1
Dominique ter Maat en Vincent Bakker
BOVR4 9 November 2018
,Hoofdstuk 4 Basic Tools of Recombinant DNA
Restrictie
In de genetca wordt vaak gebruik gemaakt van restricte enzymen. Restricte enzymen worden door
bacteriën gemaakt. Deze worden gebruikt om een bepaalde nucleotde volgorde in een DNA streng te
knippen. Hieruit ontstaan dan 2 restricte fragmenten. De plek waar een restricte enzym knipt wordt ook
wel een recogniton sequence genoemd. Deze kan variëren van lengte, is vaak een palindroom en kan een
stcky of blunt end geven. Eeen voorbeeld van een restricte enzym is HindIII die iier onder te zien is.
Eeen palindroom is een klein stukje DNA sequente dat “symetrisci” is. Zoals iier boven bij HindIII te zien
is, is de bovenste sequente precies ietzelfde als de onderste sequente als die wordt gelezen van 5’ naar
3’. In de bovenste streng is dit AAGCTT en de onderste streng is dit ook AAGCTT. Eeen ander goed
voorbeeld is HaeIII.
Op iet tentamen moet je ook een palindroom sequente af kunnen maken. Voor HaeIII zou je
bijvoorbeeld de sequentee
5’- GG . . -3’
kunnen krijgen. Het is dan de bedoeling dat je de sequente af kunt maken en ook de complementaire
streng kunt bedenken. Omdat dit een palindroom is, is iet duidelijk dat de onderste streng dus ook begint
met GG. De complementaire streng moet dan alleen nog worden afgemaakt. De complete oplossing zou
je dan in 3 stappen kunnen doene
1. 5’- GG . . -3’ 2
3’- . . . . -5’
2. 5’- GG . . -3’
3’- . . GG -5’
3. 5’- GGCC -3’
3’- CCGG -5’
Stappen voor de recombinate van DNAe
1. DNA extracte en zuivering
2. Knippen met beiulp van restricte enzymen
3. Fragmenten kunnen aan elkaar geplakt worden (ligatee bijvoorbeeld een gen wordt in een
vector (plasmidee geplakt.
4. Nieuw gemaakte recombinante DNA wordt naar een gastieercel overgebracit
(transformatee
5. DNA wordt in de gastieercel gerepliceerd en overgedragen aan dociter cellen, zodat een
populate ontstaat die iet gekloonde DNA bevat.
6. DNA wordt uit de gastieercel geiaald, opgezuiverd en geanalyseerd
7. Transcripte van iet recombinante DNA tot mRNA. Translate van iet mRNA naar een
recombinant eiwit.
Isoschizomeren en neoschizomeren
Herkennen dezelfde sequente. Het eerste enzym dat wordt ontdekt noemt men een prototype alles wat
daarna komt een isoschizomeer van iet prototype. Neoschizomeren zijn isosciizomeren die dezelfde
sequente ierkennen, maar op andere posites knippen
,Restrictie analyses
Restrictemappen worden gebruikt om de DNA volgorde te analyseren. Dit wordt om versciillende
redenen gedaan. Het is een snelle analysemetiode, niet alle plasmiden kunnen door middel van blauw-
wit screening gecieckt worden. Ook met clonemanager stel je uit ieel veel optes zelf een restrictekaart
samen.
Blue/white screening
Puc18/19 zijn gesciikte plasmiden voor blue wiite screening. Deze plasmiden bevaten iet LacZ gen.
Dit gen codeert voor iet eiwit β galactosidase. Dit enzym zorgt voor de omzet van lactose naar
galactose en glucose. β galactosidase bestaat uit een alfa en omega deel. De multple cloning site
(MSCe wordt in iet LacZ alfa deel gezet en wanneer er dus een gen in iet alfa deel geplakt wordt is
iet vermogen om β galactosidase te maken niet meer aanwezig. β galactosidase zorgt voor galactose
en stofe X (X-gale, dat een blauwe kleur ieef, wanneer er dus geen vermogen is om β galactosidase
te maken zal de kolonie dus wit kleuren.
Restrictiekaartje
Hoe kun je nu aan de iand van een gelelektroforese bepalen waar in iet restricte enzym ieef geknipt en
ioe maak je daar nu een restricte kaartje van? Dat wordt gedaan in 6 stappene
1. Tel de lengte van alle fragmenten op de gel: zijn er ‘dubbele’ bandjes?
2. Hoeveel knipsites zijn er voor elk enzym?
3. Teken de lengte van de fragmenten voor elke knipsite
4. Begin met iet kortste of langste fragment (maakt niet uite van een restricteenzym met één
knipsite en teken deze op de kaart
5. Teken alle mogelijkieden voor iet volgende restricte-enzym in.
3
6. Bepaal welke van deze mogelijkieden overeenkomt met de groote van de fragmenten op de gel.
Ik ga dit uitleggen aan de iand van deze voorbeeld gel
kb 1: EcoRI
1 2 3 4 5 6 2: BamHI
3: HindI I I
9,0 - 4: EcoRI + BamHI
8,5 - 5: EcoRI + HindI I I
8,0 - 6: BamHI + HindI I I
7,5 -
7,0 -
6,5 -
6,0 -
5,5 -
5,0 -
4,5 -
4,0 -
3,5 -
3,0 -
2,5 -
2,0 -
1,5 -
1,0 -
0,5 -
Het is een linear plasmide dat wordt geknipt. Één keer knippen levert dus 2 fragmentjes op. Als eerst
wordt er bepaald welke restricte enzymen er maar één keer knippen. In laantje 2 en 3 zijn maar 2 bandjes
te zien, dus BamHI en HindIII knippen maar 1 keer.
Als je alle bandjes bij elkaar op telt weet je ioe veel bp iet totale plasmide is. In laantje twee zien we een
bandje van 6,5 en 2,5, deze bij elkaar op geteld leveren een plasmide van 9 bp.
, BamHI levert twee bandjes. Om een bandje van 6,5 en 2,5 te geven moet dit enzym dus knippen bij 2,5 bp
of 6,5 bp. Bij iet eerste enzym mag je zelf bepalen waar deze knipt. Dit maakt namelijk niet uit, wanneer
je 2,5 kiest zal die namelijk precies ietzelfde zijn als wanneer je 6,5 kiest, maar dan aciterstevoren. We
stellen dus vast dat BamHI knipt bij 2,5 bp.
HindIII levert een bandje van 1,5 en 7,5. Dit enzym knipt dus bij 1,5 bp of 7,5 bp. Om te kijken waar deze
knipt wordt dan gekeken naar laantje 6, waar BamHI en HindIII beide knippen. Als BamHI knipt bij 2,5 bp
en HindIII bij 1,5 bp, dan zul je 3 bandjes krijgen. Eeen van 1,5 bp een van 1 bp en een van 6,5 bp.
In laantje 6 is te zien dat er 3 bandjes ontstaan een van 1,5 bp, een van 2,5 bp en een van 5 bp. Dat komt
niet overeen met de bandjes die zouden ontstaan als HindIII knipt bij 1,5 bp. HindIII knipt dus bij 7,5 bp
(op iet tentamen moeten beide mogelijkieden zo worden uitgescireven als die streep met getallen iier
bovene.
EecoRI geef 3 bandjes. Dat betekend dat deze op 2 plaatsen knipt. Om te kijken waar deze knipt wordt er
samen gekeken met BamHI waar deze knipt. Omdat die een tweeknipper is zijn er 6 versciillende
mogelijkieden. Deze moeten allemaal worden uitgescireven.
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller dominiquetermaat. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.23. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
71184 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now