In deze samenvatting staan alle hoofdstukken zeer goed uitgeschreven. Ik heb naast het maken van deze samenvatting geen andere studiematerialen gebruikt en dit werkte goed voor mij. Duidelijke figuren die het beeld uitleggen, met wel altijd goede uitleg in tekst vorm.
SUCCES
2023-2024
FARMACEUTISCHE EN BIOLOGISCHE LABORATORIUMTECHNOLOGIE
UCLL
,Lowie Boels Moleculaire biologie II
1. Eiwit-DNA interactie betrokken bij genexpressie
1.1. Gen regulatie vereist interactie tussen DNA en eiwit
• Geen regulatie van de gen activiteit → constitutieve genen (vooral housekeeping genen)
o Aanwezig in alle cellen van een hoger organisme in normale en pathofysiologische
omstandigheden.
o Gebruikt om genexpressie van andere genen te relateren → referentiegenen.
• Wel regulatie van de gen activiteit = genregulatie
o Wanneer genen enkel geëxpresseerd worden onder bepaalde voorwaarden.
o = controlemechanisme dat bepaalt welke set genen waar en wanneer tot expressie
komen.
o De regulerende regio’s zijn bij prokaryoten eenvoudig en werken als schakelaars met 4
fundamentele componenten.
▪ Kleine DNA elementen van een bepaalde sequentie.
▪ Een ste van gerelateerde gen-regulerende eiwitten die deze regio’s herkennen
en binden = transcriptiefactoren (TF).
o Algemene TF vormen een algemene transcriptie machinerie.
o Een enhancer gebied (versterker) waar activator eiwit kan binden voor
UP-regulatie.
o Een silencer gebied (demper) waar repressor eiwit kan binden voor
Down-regulatie.
▪ Co-activators/co-repressors
o Binden niet rechtstreeks op DNA maar binden op de TF door eiwit-
eiwit interactie.
▪ Juiste conformatie
o Vaak moet de DNA-helix een beetje vervormen om een speciefieke
DNA sequentie te laten herkennen → er moet een juiste fit zijn
tussen eiwit en DNA.
Figuur 1: Genexpressie met de fundamentele componenten
1
,Lowie Boels Moleculaire biologie II
1.2. Structuur van een regulatie eiwit
• Gen regulerende eiwitten zijn modulair opgebouwd wat wil zeggen dat ze opgebouwd zijn uit
verschillende domeinen.
o Domeinen zijn stabiele en compacte gebieden die elk een specifieke functie hebben.
1. DNA-bindingsdomein (DBD)
o Helix-turn-Helix motief (HTH)
o Zink-vinger motief
2. Dimerisatie domein (DD)
o Leucine-zipper motief (b-zip)
o Helix-loop-helix (b-HLH)
o Homodimeer = twee identieke
subeenheden
o Heterodimeer = twee verschillende
subeenheden
▪ Vooral in eukaryoten
▪ Met 3 verschillende monomeren kan met 6 verschillende dimeren
maken
➔ Dit verhoogt de specificiteit en diversiteit
3. Ligand bindingsdomein (LBD)
o Niet in elk regulatie eiwit vereist
o Bv: Steroïde-hormonen, cAMP, Glucose, …
4. Nucleair lokaliserend domein (NLS)
o = positieve sequentie waar veel lysine en arginine residu’s aanwezig zijn
o Regulerende eiwitten moeten afgevoerd worden naar de kern
5. Nucleair export domain (NES)
o = korte sequentie opgebouwd uit hydrofobe aminozuren (AZ)
o Eiwitten die uit de kern verwijderd moeten worden
6. Activatie domein (AD) / repressor domein (RD)
o Zijn opgevouwd in coils maar bij binding aan transcriptiemachinerie nemen ze wel een
welbepaalde conformatie aan.
o AD = TAD (trans-activating domains)
▪ Bevatten bindingsplaatsen voor activatiefuncties (AF’s)
o Activatie door aantrekking:
▪ Co-activatoren en eiwitten worden aangetrokken door AD
o Activatie door conformatieverandering:
1.3. Expressie van housekeeping genen in prokaryoten
1. RNA-polymerase van E.coli en de promotor structuur
• RNA-polymerase is een complex enzym met 6 subeenheden
o 2X
▪ NTD (N terminaal deel) = nodig voor core-enzym assemblage
2
, Lowie Boels Moleculaire biologie II
▪ CTD (C terminaal deel) = nodig voor
interactie met regulatie eiwitten
o 1X
▪ Vorming van grijptang
o 1X ’
▪ Vorming van grijptang
o 1X
▪ Verankering van enzym aan promotor
o 1X
▪ Helpt bij enzymassemblage en stabiliteit
• RNA-polymerase bindt op de promotor structuur van de
genen
o +1 = transcriptie startplaats (TSS)
o -10 box = TATA box = privnov box (sequentie =
TATAAT)
o -35 box (sequentie = TTGACA)
o -40 tot -60 = UP element
• RNA-polymerase van E.coli heeft 7 verschillende sigmafactoren
o Elke set van genen
vertoont een andere,
specifieke promotor
structuur die door
dezelfde specifieke
sigma-factor herkend
moet worden.
o De 70 is 70 is het
moleculair gewicht
➔ 70 KDa= 70.000 Da
• Toegepast op E.coli
o 70 bindt op de -10 en -35 sequentie van de promotor
o UP-box wordt gebonden door het CTD van de -
subeenheden
▪ Promotors met een Up gebied worden dus
sterker gebonden
o Vanaf de transcriptie is geinitieerd verlaat 70 het
complex en wordt de core promotor gevormd
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lowieboels. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $16.29. You're not tied to anything after your purchase.
