Summary
Samenvatting Theorie Bio-informatica Celine Vens
- Course
- Institution
Bio-informatica gegeven door Celine Vens in 2de jaar Bio-informatica Kulak (KuLeuven) Biomedische Wetenschappen, enkel de theorie samengevat
[Show more]
Seller
Follow
sarahvermoere
Content preview
Bio-Informatica Sarah V.1. Introduction
Bio-informatica = computationeel beheer en analyse van biologische informatie
Management = beheer: hoe de informatie organiseren en op te slaan
Analyse: hoe haal je kennis uit de informatie
-> 2 sequenties aligneren
-> bank die sequenties bevat van ons DNA
-> databanken overkoepelen
-> sequentie aligneren t.o.v. hele databank
Technieken om het humaan genoom te sequensen werden steeds goedkoper -> daarbij gaan ethische kwesties
gepaard: stel je ontdekt een andere erfelijke ziekte bij een patiënt (moet je dit gaan zeggen of niet?), de vader
is niet de vader (wat te doen?)
Wie mag er die informatie zien bewaren?
Functies van Bio-informatica:
1) Ontwikkelingsproces van geneesmiddelen
-> Identificatie van nieuwe drug targets (bijv. ziektespecifieke eiwitten), veronderstelt kennis van
ziektemechanismen, bv. Door differentiële expressieanalyse
Ontdekking van verbindingen die met het doelwit interageren
-> Gebruik van computationele technieken om geneesmiddel-eiwit interacties te voorspellen.
2) Bio-informatica in de ontwikkeling van breedspectrum antibiotica
-> Eiwitfamilies die geconserveerd zijn in bacteriën en afwezig in eukaryoten definiëren potentiële
doelwitten voor breedspectrum antibiotica
-> Maakt het mogelijk om eiwitfamilies te definiëren die sterk geconserveerd zijn in één levensdomein
en afwezig in andere (zo kunnen we antibiotica ontwikkelen dat enkel bacteriën aanvalt en niet de
mens)
1
, Wij reageren met deze applicaties door een
gebruikersinterface
Grafische interface = je bureaublad op de computer
Niet grafisch = Linux (commando’s typen-
Word, Google, photoshop, R… (alles wat je gebruikt op de computer)
Deze programma’s zijn gemaakt geweest met een programmeertaal
met een bepaalde syntax
Vaak gebruikte besturingssystemen: Windows, Linux en Apple
- CPU (central processing unit) -> doet alles, uitlezen en
uitvoeren programma instructies, hoe snel dat gebeurt wordt
uitgedrukt in GHz, hiervoor zijn programma instructies nodig
en die komen uit het geheugen
- Memory / geheugen -> grote van GB, hetgeen dat van
uw harde schijf gekopieerd wordt naar de CPU
- Harde schijf
Hoe zien gegevens eruit?
De CPU ziet enkel een reeks van 1’en 0’en passeren (tekst, liedjes, foto’s, video’s…)
De hardware van onze computer ziet dus enkel Bits & Bytes (een 1 of een 0)
k bits: 2k mogelijke waarden
vb. als je 2 bits bekijkt, heb je eigenlijk 4 mogelijke waarden:
- 00 - 01 - 10 - 11
De computer werkt vaak met Bytes -> dit zijn 8 bits
Als de CPU iets inleest vanuit het ramgeheugen is dat per Byte
28 = 256 mogelijke waarden (genoeg voor alle codes op toetsenbord)
2
,Met k bits kan je 2k waarden voorstellen -> dus je kan met k bits het getal 0 tot 2k -1 kan voorstellen
Vb. als je 2 bits hebt -> 22 = 4 -> kan je het getal 0, 1, 2, 3 voorstellen (2 k – 1 = 3)
Stel dat we het getal 4 willen voorstellen binair (hoe de computer het zou zien), wordt dit
beschreven met de binaire string 100
1 x 22 + 0 x 21 + 0 x 20 = 4
Als we dit willen lezen in Bytes = 8 bits voegen we er nullen aan toe tot 8: hier dus 00000100
Voorbeeld met 19 -> dit is 16 + 2 +1 (beschreven met binaire string 10011)
1 x 24 + 0 x 23 + 0 x 22 + 1 x 21 + 1 x 20 = 19
Als we dit willen lezen in Bytes = 8 bits voegen we er nullen aan toe tot 8: hier dus 00010011
Oefening: binaire string is 1101 -> wat is het getal?
1 x 23 + 1 x 22 + 0 x 21 + 1 x 20 = 13
-> ook letters kunnen we doen (ASCII code) vb. letter 1 is code 97
2. Biologische databanken
Algemeen
Biologische databanken -> data beschikbaar maken voor
wetenschappers + structuur in de data stoppen en op een
logische manier kunnen opslaan
Databank = verzameling gerelateerde gegevens die een bepaalde betekenis heeft
Vb. hotel reservatie maken (getallen/ foto’s/ tekst bevatten)
3
, Flat File DB
Meest eenvoudige vorm: databank zien als een gewone
tabel Elke rij (record) = 1 gegeven
Kolommen (attribuut) = eigenschap van de gegevens
! problemen: redundantie = informatie kan dubbel voorkomen als een klant bvb. Hetzelfde product
koopt (heel veel herhalingen)
Zo wordt het inconsistent -> foutjes in gebeuren, bvb. Je verhuisd -> 2 verschillende adressen voor 1
klant
Relationele DB
I.p.v. 1 grote tabel, 3 kleine tabellen met een datatype
Tabel voor alle gegevens van de klant, een voor alle gegevens van de producten en 1 van alle
aankopen
Unieke aankopen = sleutelatributen (kolom)
Vb. Klant wordt uniek geïdentificeerd door een customer ID
Het product wordt uniek geïdentificeerd door een product ID
Een aankoop wordt gedaan door 1 unieke klant, die 1 unieke aankoop doet op een unieke datum
Algemene databanken
(Japan, Amerika, Europa)
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller sarahvermoere. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.91. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
53068 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now