Summary
Samenvatting - Biotechnologie I
- Course
- Institution
Een gedetailleerde samenvatting van het vak biotechnologie I. Dit van hoofdstuk 11 tot hoofdstuk 29.
[Show more]
Seller
Follow
nettedevisscher
Content preview
Biotechnologie IInhoud
Deel III: Transcriptie................................................................................................................................3
Hoofdstuk 11: Samenstelling, structuur en voorkomen van RNA.......................................................3
11.1 Samenstelling..........................................................................................................................3
11.2 Algemene structuur................................................................................................................3
11.3 Voorkomen.............................................................................................................................3
11.4 Belangrijke RNA-manipulerende enzymen.............................................................................3
Hoofdstuk 12: Transcriptie bij prokaryoten versus bij eukaryoten......................................................3
12.1 Transcriptie bij prokaryoten....................................................................................................3
12.2 Transcriptie van de eukaryoten...............................................................................................6
Hoofdstuk 13: Transfer RNA (tRNA)....................................................................................................8
13.2 De structuur............................................................................................................................8
13.3 Koppeling van het aminozuur...............................................................................................10
13.4 Pre-tRNA...............................................................................................................................11
Hoofdstuk 14: Ribosomaal RNA (rRNA)............................................................................................11
14.2 Ribosomen............................................................................................................................11
14.3 Prokaryotische ribosomen....................................................................................................11
14.4 Eukaryotische ribosomen......................................................................................................12
Hoofdstuk 15: Boodschapper RNA (mRNA).....................................................................................13
Hoofdstuk 16: Splicing van prematuur RNA......................................................................................14
16.2 Mechanisme van RNA-splicing..............................................................................................15
Hoofdstuk 17: Andere soorten RNA..................................................................................................16
17.1 Small nuclear RNA en Long non-coding RNA........................................................................16
17.2 Micro RNA (miRNA)..............................................................................................................16
Deel IV: Technieken...............................................................................................................................19
Hoofdstuk 18: Omgaan met RNA......................................................................................................19
Hoofdstuk 19: Concentratiebepaling RNA........................................................................................20
Hoofdstuk 20: Isolatie van RNA.........................................................................................................21
Hoofdstuk 21: kwaliteitscontrole RNA..............................................................................................22
Hoofdstuk 22: Boodschapper RNA omzetten naar complementair DNA..........................................23
Hoofstuk 23: Isolatie specifieke soorten RNA...................................................................................25
Hoofdstuk 23: In vitro transcriptie/translatie...................................................................................26
Deel V: DNA replicatie...........................................................................................................................27
1
, Hoofdstuk 25: Replicatie van DNA....................................................................................................27
25.1 DNA-replicatie gebeurt semiconservatief.............................................................................28
25.2 DNA-replicatie gebeurt meestal bidirectioneel.....................................................................28
25.3 DNA-replicatie door middel van DNA-polymerasen..............................................................30
25.4 Een groeivork heeft een continue leading en een discontinue lagging streng......................30
25.5 Overzicht van de voornaamste enzymen betrokken bij de DNA-replicatie...........................31
25.6 De oorsprong van replicatie..................................................................................................32
25.7 Rolling circles als alternatieve replicatiewijze.......................................................................32
25.8 DNA-polymerase van een eukaryoot....................................................................................33
Deel VI: Replicatietechnieken...............................................................................................................33
Hoofstuk 26: Polymerase chain reaction (PCR).................................................................................33
26.2 Reactievoorwaarden.............................................................................................................34
26.3 Toepassingen........................................................................................................................39
Hoofdstuk 27: Afgeleide PCR technieken..........................................................................................40
27.1 Specificiteit van PCR opdrijven door de PCR lichtelijk te wijzigen.........................................40
27.2 RT-PCR...................................................................................................................................40
27.3 Multiplex PCR........................................................................................................................43
27.4 Long range PCR.....................................................................................................................44
27.5 RFLP-PCR en AS-PCR..............................................................................................................44
27.6 AFLP-PCR...............................................................................................................................48
27.7 RAPD.....................................................................................................................................49
27.8 Methylspecifieke PCR............................................................................................................50
27.9 Mutaties aanbrengen via primers.........................................................................................51
Hoofdstuk 28: Kwantitatieve PCR (qPCR)..........................................................................................54
28.1 Berekeningen voor relatieve/absolute kwantificatie.............................................................56
28.2 DNA detectormolecule.........................................................................................................59
Hoofdstuk 29: Droplet digital PCR (ddPCR).......................................................................................65
2
,Deel III: Transcriptie
Hoofdstuk 11: Samenstelling, structuur en voorkomen van RNA
11.1 Samenstelling
RNA is opgebouwd uit:
Ribonucleotiden opgebouwd uit:
- Heterocyclische base: adenine, guanine, cytrosine of uracil
- Ribose
D-ribose
- Fosfaatgroep
11.2 Algemene structuur
RNA= bijna altijd lineair en enkelstrengig
Een secundaire structuur door hun korte dubbelhelicale gebieden
Tertaire structuur sommige RNA’s (bv.rRNA)
Stabiliteit is te danken aan:
- G-C gehalte
- Ionensterkte
- Lengte van de secundaire structuur gebieden
11.3 Voorkomen
Bij prokaryoten, 3 soorten RNA’s:
- mRNA, messenger RNA het minste aanwezig
- rRNA, ribosomaal RNA het meeste aanwezig
- tRNA, transfer RNA
Bij eukaryoten, 4 soorten RNA’s:
- mRNA
- rRNA
- tRNA
- hnRNA, heterogeen nucleair RNA
RNA kan de functie van een genoom vervullen zowel ss als ds
11.4 Belangrijke RNA-manipulerende enzymen
RNA polymerase
Vormt de RNA ketting
RNase
Kan specifiek RNA afbreken
Reverse transcriptase
Schrijft een RNA matrijs over naar het complementair DNA
Hoofdstuk 12: Transcriptie bij prokaryoten versus bij eukaryoten
12.1 Transcriptie bij prokaryoten
12.1.1 Mechanisme
Synthese van RNA
3
, 1 type RNA-polymerasen
- RNA-polymerase gebruikt 1 van de DNA strengen als template en vertaald dit
Niet noodzakelijk altijd dezelfde streng binnen een genoom
- Geen primer nodig
- Synthese gebeurt van 5’ naar 3’
3 fasen in de transcriptie:
1) Initiatie (geïnhibeerd door rifampicine)
2) Elongatie (geïnhibeerd door streptolygidin)
3) Terminatie
12.1.2 Het bacterieel RNA-polymerase
RNA-polymerase is een enzymcomplex
- Holo-enzym bevat 5 verschillende polypeptide ketens
β’ DNA binding
β bindingsplaats voor rifampicine en streptolygidin
ℴ interactie is zeer zwak
α komt 2 maal voor, de rest maar 1 maal
ω behouden van de structurele conformatie van β’ en rekrutering
RNA-polymerase zonder ℴ subeenheid= core-enzym
12.1.3 Initiatie van transcriptie: promotors
De ℴ speelt enkel een belangrijke rol in de herkenning van de start van het DNA en dus het opstarten
van de transcriptie
Startplaatsen= promotors (sequentie, geen base)
Transcriptie start met holo-enzym, daarna enkel core-enzym nodig
Promotor:
+1= de startplaats
-10= pribnow box (2e gebied) RNA-polymerase bind top het DNA
-35= (3e gebied)
Sterke promotor bevat ook nog een -43 gebied= AT-rijk gebied
Mechanisme van de initiatie
Beginselen van de transcriptie
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller nettedevisscher. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $11.75. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
73918 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now