Samenvatting B03GEE principes uitgewerkt als presentatie
9 views 0 purchase
Course
GEE (B03GEE)
Institution
Hogeschool Leiden (HSL)
In dit document zijn 4 principes uitgebreid uitgewerkt voor de presentatie van B03GEE. Het gaat om de volgende principes: Lambda PCR, Kolonie PCR, Plasmide digestie, gelelektroforese. Het cijfer dat hier mee is gehaald is een 10.
Lambda PCR
Het Lambda virus is een virus dat leeft in en op E.coli. Met het DNA van het Lambda virus kan
de gevoeligheid van de PCR bepaald worden door verschillende concentraties DNA te
gebruiken. PCR ofwel polymerase ketting reactie is een techniek om buiten de cel DNA te
vermeerderen.
De PCR begint met target DNA wat je wil vermeerderen in dit geval kaal Lambda DNA
waaraan verschillende ingrediënten aan toe zijn gevoegd. Deze ingrediënten zijn DNA
Polymerase, primers, een buffer en DNTP-mix .
Al deze ingrediënten worden in en mix bij elkaar gedaan en worden in de PCR machine
gedaan. Als eerst wordt het verwarmd tot 94°C, Bij 94°C gaat het dubbelstrengs DNA uit
elkaar. Deze stap wordt de denaturatie genoemd.
Vervolgens gaat de temperatuur omlaag naar 55 °C en kunnen de primers met stukjes
complementair DNA binden aan het enkelstrengse DNA. De primers zijn het beginstukje van
het nieuwe stukje DNA. Deze stap wordt annealing genoemd.
De derde stap is het verlengen van de primers. De temperatuur gaat omhoog naar 72 °C . De
DNA polymerase kan de juiste nucleotide uit de DNTP-mix koppelen aan het DNA en zo
wordt er weer dubbelstrengs DNA van gemaakt. De meest voorkomende polymerase is Taq
DNA polymerase en is afkomstig uit een bacterie die in geisers voorkomt waardoor het
enzym heel blijft bij de temperaturen van de PCR. De buffer zorgt voor een optimale
omstandigheid voor de vermeerdering van het DNA. Deze stap wordt de extensie genoemd.
Deze drie stappen zijn samen 1 cyclus. Bij elke cyclus wordt het DNA verdubbeld dus om veel
DNA te krijgen moeten er meerdere cycli plaatsvinden. Je kan hier niet oneindig lang mee
doorgaan want dan raken de ingrediënten uit de mix op. Meestal worden er 30 cycli gedaan.
Na de laatste cyclus blijft de temperatuur nog 10 minuten op 72 °C om alle producten die
nog niet helemaal compleet zijn extra te verlengen.
Als laatste koelt de PCR machine het DNA naar 10 °C en de PCR is klaar. De resultaten van de
PCR kunnen zichtbaar gemaakt worden met behulp van gelelektroforese.
Kolonie PCR
Een kolonie PCR wordt gedaan om een bepaald stuk DNA van een kolonie te vermeerderen.
Bij een kolonie PCR wordt het DNA niet gezuiverd maar wordt de PCR direct uitgevoerd op
de kolonie. In ons geval hebben we de kolonie PCR gebruikt om te controleren of bepaalde
plasmiden zijn ingebouwd in een bacterie.
De PCR begint met target DNA wat je wil vermeerderen in dit geval is dat een beetje van een
kolonie waarin plasmiden zijn getransformeerd in MilliQ water . Aan deze suspensie worden
verschillende ingrediënten toe gevoegd. Deze ingrediënten zijn DNA Polymerase, primers,
een buffer en DNTP-mix . Voor elke verschillende plasmide moeten de juiste primers
gebruikt worden.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller mart75. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.73. You're not tied to anything after your purchase.
