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Zusammenfassung Advanced Bioinformatics

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  • April 3, 2024
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  • 2023/2024
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Microbial Ecology II – VL06
Typical microbial community compositions
Typische mikrobielle Gemeinschaftszusammensetzungen können je nach Umgebung
variieren, aber sie können Bakterien, Archaeen, Pilze, Viren und andere Mikroorganismen
umfassen. Diese Gemeinschaften können sowohl aus spezifischen Arten als auch aus einer
Vielzahl von Organismen bestehen, die in einem bestimmten Ökosystem vorhanden sind.

Community Assembly
“Everything is everywhere, but the environment selects.”
Die Gemeinschaftsorganisation beschreibt den Prozess, durch den sich mikrobielle
Gemeinschaften in einem bestimmten Lebensraum bilden und verändern. Der Satz
"Everything is everywhere, but the environment selects" bedeutet, dass Mikroorganismen
grundsätzlich überall vorhanden sind, aber die Umweltbedingungen bestimmen, welche
Arten dominant werden und sich erfolgreich etablieren.

Determinism vs. stochasticity
Determinismus bezieht sich auf die Vorstellung, dass die Zusammensetzung einer
mikrobiellen Gemeinschaft durch vorhersehbare und wiederholbare Faktoren bestimmt wird,
wie z.B. Umweltbedingungen oder ökologische Interaktionen. Stochastizität hingegen bezieht
sich auf den Einfluss zufälliger Ereignisse oder Prozesse auf die
Gemeinschaftszusammensetzung, die nicht vorhersehbar sind und sich in einem gewissen
Maß unabhängig von den Umweltbedingungen entwickeln können.

Another factor to consider is Resource
Ein weiterer Faktor, der berücksichtigt werden muss, ist die Ressourcenverfügbarkeit. Dies
bezieht sich auf die Menge und Art der verfügbaren Nährstoffe und Energiequellen in einem
bestimmten Lebensraum, die das Wachstum, die Überlebensfähigkeit und die Aktivitäten der
mikrobiellen Gemeinschaft beeinflussen können.

Red Queen Hypothesis
Die Red-Queen-Hypothese ist ein Konzept aus der Evolutionsbiologie und der theoretischen
Ökologie, das von Leigh Van Valen im Jahr 1973 vorgeschlagen wurde. Der Name stammt von
der Figur der Roten Königin aus Lewis Carrolls Buch "Through the Looking-Glass", die sagt:
"Jetzt hier, du siehst, es dauert alles, was du kannst, um am gleichen Ort zu bleiben."
Die Red-Queen-Hypothese postuliert, dass in einem sich ständig verändernden Umfeld Arten
einen kontinuierlichen evolutionären Wettlauf führen, um sich anzupassen und zu
überleben. Dieser Wettlauf findet statt, weil Arten sich ständig anpassen müssen, um mit den
sich ändernden Umweltbedingungen und den evolutionären Veränderungen ihrer
Konkurrenten Schritt zu halten. Mit anderen Worten: Eine Art muss sich ständig
weiterentwickeln, um im Wettbewerb mit anderen Arten erfolgreich zu sein, selbst wenn sich
ihre Umwelt nicht verändert.
Ein Schlüsselaspekt der Red-Queen-Hypothese ist die Idee des "roten Königin-Effekts", der
besagt, dass, selbst wenn sich Arten weiterentwickeln, um sich an neue Umweltbedingungen
anzupassen, die relativen Erfolgschancen der Arten unverändert bleiben können. Dies liegt

, daran, dass sich auch andere Arten weiterentwickeln, um sich anzupassen, und somit die
Konkurrenz um Ressourcen und Lebensraum aufrechterhalten wird.
Die Red-Queen-Hypothese wurde oft auf evolutionäre Interaktionen wie die Ko-Evolution
von Raubtieren und ihren Beutetieren, die Interaktionen zwischen Parasiten und ihren
Wirten sowie die sexuelle Selektion angewendet. Sie hat auch breitere Anwendungen in der
Ökologie, insbesondere bei der Erklärung von Artendiversität und dem Gleichgewicht von
Arten in Ökosystemen.
Insgesamt liefert die Red-Queen-Hypothese einen Rahmen, um die Dynamik von
Arteninteraktionen und die kontinuierliche Evolution von Arten in einer sich ständig
verändernden Umwelt zu verstehen. Sie betont die Bedeutung von Wettbewerb und
Anpassung als treibende Kräfte für die Evolution und das Überleben von Arten.

Bacterial prey-predator system
Ein bakterielles Beute-Prädator-System ist ein ökologisches System, das aus einer Beziehung
zwischen Bakterien besteht, bei denen einige Bakterien als Beute und andere als Prädatoren
fungieren. In diesem System jagen die prädatorischen Bakterien die Beutebakterien und
ernähren sich von ihnen, was zu einer Veränderung der Populationen und einer komplexen
Dynamik innerhalb des Systems führt.
Die Beute in einem bakteriellen Beute-Prädator-System sind typischerweise Bakterien, die
sich schnell vermehren und als Nahrungsquelle für die Prädatoren dienen. Diese
Beutebakterien können sich in einer bestimmten Umgebung stark vermehren, wenn keine
prädatorischen Bakterien vorhanden sind. Wenn jedoch prädatorische Bakterien vorhanden
sind, beginnen sie, die Beute zu jagen und zu fressen, was zu einem Rückgang der
Beutepopulation führt.
Die prädatorischen Bakterien haben Mechanismen entwickelt, um die Beute zu
identifizieren, zu verfolgen und zu konsumieren. Diese Mechanismen können chemische
Signale, spezifische Rezeptoren oder andere molekulare Interaktionen umfassen, die es den
Prädatoren ermöglichen, gezielt auf die Beute zuzugreifen. Durch die Jagd und den Verzehr
der Beute regulieren die prädatorischen Bakterien die Bevölkerungsdichte der
Beutepopulation und beeinflussen so die Dynamik des gesamten Systems.
Das bakterielle Beute-Prädator-System ist ein Beispiel für die komplexen Interaktionen
innerhalb mikrobieller Gemeinschaften und hat Auswirkungen auf die Struktur und Funktion
des Ökosystems, in dem es existiert. Es trägt zur Regulation der Bakterienpopulationen bei
und beeinflusst möglicherweise auch andere ökologische Prozesse, wie z.B. den Abbau von
organischen Stoffen, die Produktion von Treibhausgasen oder die Verfügbarkeit von
Nährstoffen für andere Organismen.

Black Queen Hypothesis
Die Black-Queen-Hypothese ist eine Hypothese aus der Evolutionsbiologie und der
theoretischen Ökologie, die postuliert, dass einige Arten eine Strategie der "genetischen
Reduktion" entwickeln, bei der sie genetische Informationen oder Funktionen verlieren, die
von anderen Mitgliedern einer Gemeinschaft bereitgestellt werden. Der Name der
Hypothese bezieht sich auf die Idee, dass diese Arten wie die "Schwarze Königin" aus Lewis

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