College 1 richt zich op Transcriptiefactoren & Enhancers. Het behandelt hoe transcriptiefactoren genexpressie reguleren door specifieke DNA-sequenties te binden, inclusief de structuur, evolutie en onderzoeksmethoden zoals PWM, Selex, EMSA en ChIP-seq.
In College 2 wordt Chromatine en Epigenetic...
COLLEGE 1 – TRANSCRIPTION FACTORS & ENHANCERS
Transcrip)e factoren (TF’s): Eiwi%en die transcrip/e reguleren door
te binden aan DNA met specifieke sequen/es.
- Effector domain: Een deel van een transcrip/efactor dat
verantwoordelijk is voor het uitvoeren van een specifieke
func/e wanneer de transcrip/efactor ac/ef is.
o Stabiliseren van transcrip/emachinerie (zoals RNAP);
Ac/viteit van een TF reguleren; Enzyma/sche
ac/viteit; Aantrekken van andere co-factoren.
- DNA-binding domain (DBD): Het deel van een
transcrip/efactor dat specifiek bindt aan bepaalde
sequen/es op het DNA.
o Herkenningssequen/es zijn kort en niet specifiek,
waardoor meerdere transcrip/efactoren aan dezelfde sequen/e kunnen
binden.
• Sommige transcrip/efactoren hebben meerdere DNA-bindende
domeinen, om een sterker en specifieker bindingspatroon te hebben.
o C2H2-ZNF (C2H2 Zinc Finger): Type DNA-bindend domein dat veel voorkomt bij
transcrip/efactoren, met een zinkion omgeven door aminozuren.
• Het is niet specifiek, omdat het maar met 4 basen kan binden.
o Homeodomain: Type DNA-bindend domein dat voorkomt bij
transcrip/efactoren, met een helix-turn-helixstructuur.
Transcrip)efactor expansie: Diversifiëren van transcrip/efactoren door middel van
dupliceren en evolueren van het DNA-binding domain.
- Door duplica/es komen de DBD van verschillende TF-families vaak overeen.
- Transcrip/efactor reguleert één gen à Evolueert en kan meerdere genen reguleren
à Evolueert en kan alleen nog maar specifieke genen reguleren.
- Subfunc/onaliza/on à Twee kopieën van het gen behouden elk een deel van de
oorspronkelijke func/es.
- Neofunc/onaliza/on à Één kopie van het gen heeT een nieuwe func/e die niet
aanwezig was op het originele gen.
o Divergence of a cofactor or a signal à Transcrip/efactoren interageren met
nieuwe signaalmoleculen.
o Emergence of a noval circuit à
Transcrip/efactoren interageren met
nieuw-geëvolueerde targetgenen.
o Acquisi/on of a noval target à
Transcrip/efactoren interageren met
nieuwe andere targetgenen.
, Posi)on Weight Matrix (PWM): Een tabel waarin staat welke
basen-le%ers de transcrip/efactor verkiest op elke posi/e van
het DNA.
- Hierbij wordt de affiniteit van meerdere
transcrip/efactor voor verschillende basen op
verschillende posi/es in het DNA gemeten.
- Bit vertegenwoordigt de mate van conserva/e van een
bepaalde posi/e in de sequen/e.
- De hoogte van elke le%er geeT aan hoe vaak die le%er
voorkomt op die posi/e.
- Houdt geen rekening met DNA-methyla/e,
posi/eaVankelijkheden, DNA-vorm en co-binding.
Mo)ef: Specifiek patroon van DNA-sequen/es dat veel voorkomt als bindingsplaats voor
een specifieke transcrip/efactor of eiwit.
- Selex: Laboratoriumtechniek die wordt gebruikt om mo/fs te vinden, door de niet-
gebonden sequen/es weg te spoelen en de gebonden sequen/es te sequencen.
o Nadeel à Werkt niet op genoom-niveau.
o Er is geen limiet aan het aantal verschillende sequen/es die je kan doen. De
TF die wordt gebruikt, zal de best passende sequen/es binden.
- EMSA: Een laboratoriumtechniek die wordt gebruikt om de interac/e met
transcrip/efactoren te bestuderen op basis van de DNA-bewegelijkheid.
o De interac/e tussen transcrip/efactoren en DNA wordt onderzocht door eerst
transcrip/efactoren te laten binden aan DNA-sequen/es en vervolgens
veranderingen in de migra/esnelheid van deze complexen te meten /jdens
elektroforese.
o Nadelen à Werkt niet op genoom-niveau; Minder geschikt voor ontdekken
van nieuwe mo/even.
- ChIP-seq: Laboratoriumtechniek die gebruikt wordt om in kaart te brengen waar
transcrip/efactoren, histonmodifica/es, enzv. in het genoom aan DNA binden.
o Nadeel à Kan geen indirecte bindingen waarnemen.
Pioneer factors: Transcrip/efactoren die binden aan dichte
chroma/nestructuren om de toegankelijkheid van chroma/ne voor
transcrip/efactoren te vergroten.
- Spelen een belangrijke rol bij het ini/ëren van genexpressie in
vroege stadia van celdifferen/a/e.
- Onderhouden van de celstatus.
Transcrip/efactoren binden coöpera/ef à TFs werken samen bij het
binden aan DNA om genexpressie te reguleren.
- Eerste TF bindt aan DNA à DNA vorm verandert à Andere TFs binden en
stabiliseren elkaar.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller maartenvanderpol79. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.53. You're not tied to anything after your purchase.
