Summary
Genoom Samenvatting van Figuren besproken tijdens Werkcolleges - Deel 1 Moleculaire Mechanismen
- Course
- Institution
Dit document bevat uitgebreide beschrijvingen van de figuren besproken tijdens de werkcolleges.
[Show more]
Seller
Follow
fleurheling
Reviews received
Content preview
WERKCOLLEGE – FIGUREN WEEK 2Figuur 6-11: Transcriptie prokaryoten
Het mechanisme wat hier is afgebeeld is de transcriptie bij prokaryoten
Onderdelen: Sigmafactor, DNA-streng, RNA-streng, RNA polymerase
In de beginsituatie is te zien dat er een gesloten complex is gevormd op de promotor, die bestaat
uit de sigmafactor en RNA-polymerase.
In de eindsituatie is er een RNA-streng gerepliceerd en zullen alle onderdelen van het complex
van elkaar dissocieren.
1. Het RNA-polymerase holo-enzym zal de DNA-template als het ware omarmen en langs de
streng gaan glijden. Als het enzym dan een promotor tegenkomt zal de sigma-factor gaan binden
met de zijkanten van basen die uitsteken. De transcriptiefactor en de sigma-factor hebben een
goede interactie door conformatieverandering. Nu zit het RNA-polymerase holo-enzym pas echt
goed vast.
2. Nu het RNA-polymerase holo-enzym echt goed vast zit op het DNA zal het de dubbele helix
openbreken waardoor er een transcriptie bubbel ontstaat. De sigmafactor zal ervoor zorgen dat
deze transcriptie bubbel open blijft staan door te basenparen met de basen in coderende streng.
Nu er een stabiele transcriptie bubbel is gevormd zal de transcriptie daadwerkelijk kunnen
beginnen. In de elongatiefase worden er 50 basenparen ingebouwd.
3. De elongatie is in het begin niet zo efficiënt en dit verschijnsel noemt men: abortive initiation.
Hierbij blijft RNA-polymerase holo-enzym aan de promotor gebonden en zal bij de elongatie de
DNA streng steeds naar zichzelf toetrekken (transcriptie bubbel wordt vergroot). Doordat RNA-
polymerase holo-enzym de hele tijd aan de streng trekt bouwt er spanning op. Om deze spanning
te verkleinen zal het enzym steeds korte RNA-strengen afgeven. Deze stress wordt gebruikt om
de transcriptie te kunnen starten, doordat de sigma factor en het complex dissocieren.
4. Dit blijft doorgaan tot de spanning dusdanig oploopt dat het RNA-polymerase holo-enzym
losbreekt van de promotor.
5. Door dit proces zal het RNA-polymerase holo-enzym een van zijn subunits afstoten: de sigma-
factor. De subunit die overblijft is RNA-polymerase core-enzym.
, 6. De elongatie kan nu daadwerkelijk beginnen. Dit proces verloopt stapsgewijs en omdat het
RNA-polymerase core-enzym zich nu wel vooruit langs de DNA-streng beweegt zal de
transcriptiebubbel aan de voorkant steeds uitbreiden maar aan de achterkant zal die steeds
korter worden.
7. Het proces van elongatie zal zo doorgaan tot het RNA-polymerase core-enzym een terminator
tegenkomt in het DNA. Deze sequenties bestaat vaak uit A’s en T’s die onderling kunnen
baseparen (Watson-Crick-basenparing) nadat ze getranscribeerd zijn. Door dat de nucleotiden
onderling gaan baseparen worden er hairpins gevormd. Deze hairpins zorgen ervoor dat het
RNA-polymerase core-enzym van het DNA wordt afgetrokken.
In het figuur is o.a. het DNA en de hairpin vergemakkelijkt weergeven. Daarnaast de stress niet
afgbeeld. Verder zijn er meerdere initiatiefactoren die niet zijn afgbeeld. En je moet je een vraag
stellen bij de verhoudingen.
Figuur 6-15: Transcriptie-initiatie eukaroyten
In dit figuur is de transcriptie bij eukaryoten weergegeven.
Onderdelen: DNA-streng, TATA-box, transcriptiefactoren, fosfaten, RNA, RNA-polymerase II
In het begin is een DNA-streng te zijn die van 3’ naar 5’ loopt, alleen de template streng is dus
afgebeeld.
Op het eind is een RNA-polymerase II op de DNA-streng te zien die een RNA-streng transcripeert
1. Binding TFIID via TBP aan TATA-box verandering in DNA-structuur waardoor andere
transcriptiefactoren en RNA-polymerase II kunnen binden. (TBP buigt DNA) TFIID zorgt ook voor
de herkenning van de INR en DPE sequenties.
, 2. TFIIB kan hierdoor binden (bindt voor de sequentie voor de TATA-box, hetgeen het BRE
element in de promotor herkent en nauwkeurig RNA polymerase positioneert aan de ‘start site’
van de transcriptie.
3. De rest van de TF’s en RNA polymerase binden ook. De transcriptiefactoren zijn de TFIIF TFIIE
en TFIIH.
4. TFIIF stabiliseert de RNA polymerase interactie met TBP en TFIIB. Ook helpt het om TFIIE en
TFIIH aan te trekken.
5. TFIIE trekt aan en reguleert TFIIH.
6.TFIIH speelt verschillende belangrijke rollen. Allereerst zorgt het voor de ontwinding van het
DNA bij het transcriptiepunt dmv ATP, zodat daar het template DNA vrij komt voor transcriptie.
Ook fosforyleert het Ser5 van de CTD staart van rnapol. Hiermee bevrijdt het als het ware het
rnapol door conformatieverandering van de algemene transcriptiefactoren (niet TFIID). Ook zorgt
de conformatieverandering ervoor dat het sterker aan het DNA vast komt te zinnen en het
nieuwe eiwitten verwerft om goed voor een lange tijd aan het DNA te blijven zitten. Vervolgens
kan de transcriptie elongatie beginnen. Ook zorgt de fosforylatie van Ser5 ervoor dat de capping
enzymen op de CTD staart kunnen gaan zitten.
De invloed van alle factoren op elkaar is niet weergegeven in de figuur. Verder is er een enkele
DNA-streng weergegeven en de buiging van DNA is niet te zien.
Figuur 6-21: 5’Cap (en verschil prokaryoot en eukaryoot mRNA)
Onderdelen: prokaryoot mRNA, eiwitten, coderende sequentie, eukaryoot mRNA, 5’cap, eiwit,
coderende sequentie, niet coderende sequentie, poly-a-staart.
Op dit figuur zijn in het blauw twee mRNA strengen te zien. De bovenste is van een prokaryoot
en de onderste van een eukaryoot. De groene stroken zijn de eiwitten die door de donker blauwe
stukken mRNA getransleerd worden. Er zijn enkele verschillen te zien tussen beide strengen:
1. De prokaryotische mRNA streng is niet gemodificeerd. De eukaryotische mRNA streng
daarentegen heeft aan het vijf uiteinde een cap. Deze is weergegeven door de G voor
guanosine met daar aan een methyl groep. Aan het 3 uiteinde van het eukaryotische mRNA
is de poly-A staart weergegeven.
2. Het prokaryotische mRNA codeert voor verschillende eiwitten terwijl een eukaryotische
mRNA streng codeert voor 1 enkel eiwit. Prokaryotische mRRA is polycistronisch:
verschillende eiwitten uit 1 mRNA en eukaryotisch mRNA is polymononisch: 1 eiwit uit 1
mRNA.
, In deze afbeelding is de structuur van de 5’cap afgebeeld. De functie hiervan is om mRNA te
stabiliseren en ook belangrijk om het RNA te transporteren uit de kern voor de translatie door
ribosomen. Aan de linkerkant is er een 7-methylguanosine te zien die door middel van een 5’-
5’trifosfaat brug in verbinding staat met het mRNA molecuul.
Onderdelen: 7-methylguanosine en een trifosfaat groep. Ook fosfatase, guanyl transferase en
een methyl transferase.
Beginsituatie: het mRNA is getranscribeerd in de kern en er wordt aan de 5’ uiteinde een cap
geplaatst, zodra er 25 nucleotiden door RNA polymerase 2 zijn getranscribeerd. De cap wordt
gemodificeerd door enzymen die in de kern aanwezig zijn.
Zodra er 25 nucleotiden getranscribeerd is door RNA polymerase II, wordt er een cap geplaatst
die bestaat uit een gemodificeerde guanine nucleotide. Dit wordt mogelijk gemaakt door: een
fosfatase die een fosfaat groep van de 5’ kant van RNA verwijdert (defosforylering), daarna
wordt er GMP toegevoegd door een guanyl transferase in tegengestelde binding (5’-5’ i.p.v. 5’-
3’); dus 5’ kant van 7-methylguanosine bindt aan 5’ van het mRNA. Vervolgens wordt er een
methyl groep aan guanosine toegevoegd door methyl transferase.
Wat mist? De 3 enzymen die de modificaties verrichten zijn niet in de tekening te zien. Waardoor
er niet precies te zien is wat er gebeurt. Complete eiwitstructuur, 5’ zie je blokjes maar zijn eig
basen.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller fleurheling. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.34. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
64438 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now