Summary
Samenvatting Praktijk course 5 blok 1
- Course
- Institution
Samenvatting en uitleg over de praktijk van course 5 blok 1
[Show more]
Seller
Follow
noramfaro
Content preview
Praktijk Course 5 blok 1Nora Faro
BML2D
2023
1
,Inhoudsopgave
Inhoudsopgave....................................................................................................................... 2
Inleiding.................................................................................................................................. 3
Vector en mutatie................................................................................................................... 3
Standaard PCR...................................................................................................................... 5
PCR zuivering........................................................................................................................ 9
DNA concentratie en zuiverheid...........................................................................................10
Plasmide isolatie................................................................................................................... 11
Gel zuivering........................................................................................................................ 12
Restrictie enzym digestie......................................................................................................13
Ligatie................................................................................................................................... 15
Transformatie in E. coli TOP10 cellen..................................................................................15
Kolonie PCR......................................................................................................................... 17
Transformatie in BL21 (DE3) cellen......................................................................................18
2
, Inleiding
In course 5 wordt het effect van een mutatie in het gen dat codeert voor het enzym isocitraat
dehydrogenase-1 (IDH1) op de enzymatische functie onderzocht. Dit enzym is onderdeel
van de citroenzuurcyclus; de metabolische route van aerobe organismen waarbij er door
oxidatie van kleine organische moleculen energie ontstaat, in de vorm van ATP, NADH en
FAD. De restproducten van deze cyclus zijn CO2 en H2O. IDH1 is het enzym dat zorgt voor
de omzetting van isocitraat in 𝝰-ketoglutaraat. Hierbij ontstaat NADH. Mutaties in het gen
dat codeert voor IDH1 zijn oncogeen, en zorgen onder andere voor het ontstaan van
glioblastoma. Dit zijn agressieve hersentumoren. In de praktijk van course 5 wordt er
gewerkt met drie verschillende mutaties en vectoren. Het gen bestaat uit cDNA, dit is DNA
dat door reverse transcriptase is afgeschreven van mRNA. Hierdoor bevat het geen
intronen. Het IDH1 insert wordt in de vector geplaatst. De host cel zal veel kopieën gaan
maken van de plasmide, waardoor er een grotere hoeveelheid van het gen ontstaat
Vector en mutatie
pGEX-4T1
- Tac promotor: promotor gemaakt uit combinatie van trp, en lac.
- 4969 bp.
- GST tag: glutathione S-transferase (26 kDa), sequentie die expressievectoren vaak
bevatten. De GST tag bindt aan de N-terminus van het (fusie)eiwit. GST zorgt ervoor
dat het eiwit direct na translatie in een stabiele, oplosbare vorm vouwt. Hierdoor is de
yield van eiwitexpressie hoger.
- Ampicilline resistentie: Door het amp gen is de plasmide resistent tegen ampicilline.
- IPTG inducer: IPTG is een voorloper molecuul van allolactose, dit is het inducer
molecuul van het lac-operon. Doordat de tac-promotor deels lac is, is het
induceerbaar door IPTG.
pBad/His
- araBAD promotor: onderdeel van het arabinose operon.
- 4103 bp.
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller noramfaro. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.29. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
83637 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now