Summary
Samenvatting Bioinformatica course 5
- Course
- Institution
Samenvatting van alle bioinformatica lessen in course 5
[Show more]
Seller
Follow
noramfaro
Content preview
Bioinformatica course 5Week 1
Essentiële onderdelen van een database
- Filter opties (bijvoorbeeld alleen eiwitten, of alleen uit een bepaald organisme).
- Referenties, hieruit wordt duidelijk of de informatie door een computer berekend is of
uit de literatuur is onderzocht.
- Accession codes: identificatienummer dat elk bestand heeft.
- Data tabellen
- Metadata: geannoteerde data, bijvoorbeeld bij een sequentie. De metadata van die
sequentie geeft aan welk deel van de sequentie een gen codeert.
- Datum en afkomst.
Nucleotide sequence databases: GenBank (NCBI). Hier is ruwe data beschikbaar maar ook
is de coderende sequentie of het mRNA transcript zichtbaar.
Eiwit sequence databases: UniProtKB en NCBI protein. UniProt bevat het vaak
geannoteerde SwissProt. SwissProt bevat alleen informatie over eiwitten dat bewezen is,
UniProt heeft ook voorspellingen over bijvoorbeeld de structuur van een eiwit. In een eiwit
database kan je onder andere onderzoek doen naar de functie van verschillende domeinen
van een eiwit.
Hoe kies je data?
Redundancy/herhaaldelijkheid: bepalen hoeveel data over hetzelfde onderwerp exact
hetzelfde is. Door te zoeken op Refseq vind je unieke informatie.
Consistentie: herhaaldelijke fouten kunnen wijzen op geautomatiseerde data. Check daarom
altijd of een DNA sequentie alleen uit A,T,G,C bestaat.
Updatering van databases: bekijk de datum en versienummers, zoek de meest recente
versie.
Annotatie van data: de initiële annotatie van data is vaak geautomatiseerd. Dit houdt in dat
een computer zelf voorspelt wat de data betekent. Dit is heel snel maar minder betrouwbaar.
Menselijk cureren van data is betrouwbaarder maar kost meer tijd. SwissProt en Refseq zijn
curated databases. Alle informatie is dus gecontroleerd door mensen.
Refseq bevat informatie over DNA en eiwit.
, Eiwit functie hangt af van
- Cellulaire locatie
- Biologisch proces
- Moleculaire functie
Week 2
SwissProt zijn niet alleen de verwachte functies en structuren van eiwitten, maar is het ook
experimenteel bewezen. UniProt heeft bewezen en hypothetische informatie. SwissProt is
eigenlijk een onderdeel van UniProt.
Data zoeken
Welke data/annotatie is correct?
- Controleer datum
- Controleer literatuur
Wat betekent de data?
- Controleer de accession code, hieruit kan blijken of het bijvoorbeeld genomisch DNA
is of een eiwitdomein.
- Controleer over welk stuk van de sequentie de data is.
Gene ontology (GO): een gereguleerd woordenboek. Universele termen die gebruikt worden
in biologische databases. Het is belangrijk dat verschillende databases dezelfde gene
ontology gebruiken. Hierdoor kan namelijk data met elkaar vergeleken worden. Er zijn drie
gene ontologies.
1. Cellulaire processen
2. Biologische processen
3. Moleculaire functies
GO zijn nummers, ze gaan van een algemene categorie naar steeds specifieker.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller noramfaro. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.29. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
83637 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now