Summary
BIF20306 Introduction to Bioinformatics Samenvatting
- Course
- Institution
Uitgebreide samenvatting van collegestof boek behandeld bij het vak Introduction to Bioinformatics.
[Show more]
2 reviews
By: woutervanas • 5 year ago
By: lorenzonielen • 5 year ago
Seller
Follow
eknaw
Reviews received
Content preview
CHAPTER 4: PRODUCING AND ANALYSING SEQUENCE ALIGNMENTS1970 - uitvinding DNA sequencing technieken
Achterhalen functe van nieuwe sequentee
Alignments --> sequentes vergelijken et elkaar
o achterhalen type eiwit en functe waarvoor gen codeert.
Wel/geen (deel van) eiwit-coderend gen
Genfamilie --> genen et gelijke functe
Vergelijken DNA/eiwit sequentes verschillende organis en --> aken fylogenetsche bo en,
achterhalen evolute
4.1 Principles of Sequence Alignment
Moeilijkheden bij vergelijken van sequentese
Sequentes veranderen gedurende evolute
o Mutate + selecte
Punt utate, delete, inserte
Fusie van sequentes van 2 genen
Pseudogenes --> sequente in geno isch DNA die lijkt op sequente van bekende eiwitcoderende
sequente aar geen eiwit produceert!
Alignment --> lokaliseren equivalente regios van 2 of eer sequentes --> axi aliseren
overeenko sten
Mogelijk door introduceren van gaps --> geven delete/inserte aan
Alig ent laat si ilarity en ho ology zien
Similarity --> sequentes atchen et elkaar
Homology --> sequentes atchen et elkaar door afsta ing van ge eenschappelijke
voorouder
Overeenko sten in sequente wil niet altjd wijzen op overeenko ende functe
Zeer verschillende sequentes kunnen coderen voor eiwiten et bijna zelfde functe
Convergent evoluton
Onafankelijk van evolute zelfde structuur/functe
Divergent evoluton
Verschillende structuren van zelfde co on ancestor
Scoring shemes tabel waarin scores staan waar ee de ft van de align ent kan worden
aangegeven
Ho ologie beter waar te ne en in eiwitsequentes dan nucleotde sequentes.
In nucleotde sequente veel eer kans op veranderingen door toeval
o Zijn aar 4 nucleotden en 20 a inozuren
Meerdere codons coderen voor hetzelfde a inozuur.
, 4.2. Scoring Align ents
Kwaliteit align ent eten door kwanttateve score
Best mogelijke ft vinden voor een align ent scores
Optmal alignment align ent die de beste score geef
Suboptmal alignment align ent et goede score, aar niet de beste.
Makkelijkste anier kwantfceren si ilarity percentage identty
Identty graad waarin sequentes identek zijn op ieder posite
Percentage identty aantal identeke atches / totale lengte sequente 100%
Dot-plot visuele weergave van si ilarity
1 sequente vertcaal en 1 horizontaal
Stp gezet waar de residuen identek zijn
In dot-plot ook 2 identeke sequentes et elkaar vergelijkene
Residu 1 horizontaal ko t altjd overeen et residu 1 vertcaal ontstaat lijn in dot plot
o Schuiven et sequentes qua posite en identeke delen vinden repeats
Bijv residu 1 tegenover residu 20 geef een paar residuen achter elkaar een
atch, dan is dit deel een repeat.
Window length instellen van lengte van frag enten et overeenko ende residuen
Grotere windowlength, alleen delen weergeven die veel opeenvolgende residuen hebben
Minimum identty score ini u aantal a inozuren van de windowlength dat een atch oet
zijn
X van de y a inozuren oet in ieder geval een atch zijn.
Hogere ini u identty score beter te lezen dot-plot
Matches hoeven niet perse identek te zijn
A inozuren lijken op elkaar en kunnen elkaar daardoor vervangen
A inozuren die op elkaar lijken in eigenschappen ogen geteld worden als atch
Overall alignment scores score voor de gehele align ent
Minimum percentage identtt
> 30% identty ho ology
20% -- 30% twilight zone, ho ology kan aanwezig zijn aar kan niet worden aangeno en
< 20% identty midnight zone geen ho ology
Verschil tussen 2 ho ologe sequentes evolutonary distance
Hoge identity korte evolutionaire tiidd nog niet veel kans gehad tot mutatiess!
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller eknaw. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.89. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
52510 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now