100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na je betaling Lees online óf als PDF Geen vaste maandelijkse kosten
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Samenvatting Bioinformatica $3.97
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Hogeschool Utrecht (HU)
  4.  
  5. Bioinformatica (TLSCBID3V17)

Samenvatting

Samenvatting Bioinformatica

1 beoordeling
 6 keer verkocht
  • Vak
  • Bioinformatica (TLSCBID3V17)
  • Instelling
  • Hogeschool Utrecht (HU)

Samenvatting voor de cursus Bioinformatica bij de studie Life Science (Biologie en medisch laboratoriumonderzoek). Dit is een korte samenvatting/overzicht van de begrippen en toepassingen bij de cursus. Onder andere een overzicht van de gebruikte Linux commands.

Voorbeeld 3 van de 24  pagina's

Document informatie

  • 17 april 2019
  • 24
  • 2018/2019
  • Samenvatting

Onderwerpen

  • life science
  • biologie
  • bioinformatica
  • linux
  • linux commands
  • dna
  • contigs
  • putty
  • uscs
  • uscs blast
  • ncbi
  • protein
  • eiwitten
  • kegg
  • biotechnology
  • biotechnologie
  • eiwittrans
  • biologie en medisch laboratoriumonderzoek

Geschreven voor

  • Hogeschool Utrecht (HU)
  • Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek
  • Bioinformatica (TLSCBID3V17)
Alle documenten voor dit vak (4)

1  beoordeling

review-writer-avatar

Door: yaraattour • 5 jaar geleden

Verkoper

avatar-seller
Femkedg0203

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

Samenvatting Bioinformatica


Inhoud
Belangrijke sites en programma’s................................................................................................................. 2
Scripts........................................................................................................................................................... 3
Les 1 De onbekende bacterie........................................................................................................................ 4
Les 2 De bekende bacterie............................................................................................................................ 6
Les 3 Het Eukaryote Genoom........................................................................................................................ 7
Les 4 De grote vriendelijke server................................................................................................................. 8
Linux (putty) informatie............................................................................................................................ 8
Linux commands....................................................................................................................................... 9
Les 5 Knippen en plakken met DNA............................................................................................................ 11
Les 6 De eiwit code..................................................................................................................................... 12
Les7 Mutatie analyse.................................................................................................................................. 13
Les 8 Moleculaire Pathways........................................................................................................................ 14
Les 9 De Histoncode.................................................................................................................................... 15
Les 10 Eiwit-DNA interacties....................................................................................................................... 17
Het maken van een script:...................................................................................................................... 19
Oefententamen.......................................................................................................................................... 20


Module 1 (1 t/m 5) bestaat uit de opbouw van het genoom en in module 2 (6 t/m 10) staat het eiwit
centraal.




1

,Belangrijke sites en programma’s
Les 1: De onbekende bacterie
DNA baser Assembler: Wordt gebruikt om DNA contigs aan elkaar te plakken. En herkennen van fouten
tijdens het sequencen.

Fouten in de DNA strengen herekennen:
https://seqcore.brcf.med.umich.edu/sites/default/files/html/interpret.html#miscalls

Les 2 De bekende bacterie
National Center for Biotechnology Information https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Nucleotide/protein BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Wat is het eiwit en wat doet het?

Reverse complement maken van een sequentie: http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html

Les 4 De grote vriendelijke server
Linux commands
Inlog Putty: BID18b_femkedegier

Les 6 De eiwit code
Eiwittranslatie www.ebi.ac.uk/services

Moleculair gewicht en iso elektrisch punt berekenen.
https://web.expasy.org/compute_pi/

Les 7 Mutatieanalyse
UCSC Blast: http://genome.ucsc.edu/
Al wetende wel gen je onderzoekt, identifier nodig. Sequenties uit halen.

Les 8 Moleculaire Pathways
Kegg: brengt de moleculaire pathways op interactieve wijze in kaart:
https://www.kegg.jp/

Les 9 De histoncode
NCBI -> zoekbalk = structure -> enter -> brengt je in de databank voor visualisatie van eiwitten.
C3nD = programma waarin de 3D structuur van een eiwit wordt bekeken.

https://www.uniprot.org/ Informatie over de functie van een eiwit.

Les 10 De DNA-eiwit interacties
De lengte van ieder humaan chromosoom is te vinden in
www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/human/data (Koppelingen naar een externe site.)




2

, Scripts
ExtractCDS.pl Haalt de CDS uit de DNA sequentie
Dna2peptide.pl Vertaald de CDS naar een eiwit
EiwitMutations.pl Detecteert mutaties
dna2peptide_v1.pl Van DNA naar peptide
GenoomSelect.pl We gaan als eerste de fragmenten selecteren van
het BED bestand die binnen het gebied liggen
rondom een gen.




3

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Femkedg0203. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor $3.97. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 72997 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Begin nu gratis

Laatst bekeken door jou

College aantekeningen ·

(1)

BIOL2009 LT19 Mammals

Samenvatting ·

(0)

Summary Lectures THEI

College aantekeningen ·

(0)

werkcollege 1 uitwerkingen

Samenvatting ·

(0)

Stadt im Mittelalter

Tentamen (uitwerkingen) ·

(0)

MNB3701 ASSIGNMENT 2

Samenvatting ·

(0)

Full summary MMSR 2023/2024

$3.97  6x  verkocht
  • (1)
In winkelwagen
Toegevoegd