Samenvatting voor de cursus Bioinformatica bij de studie Life Science (Biologie en medisch laboratoriumonderzoek). Dit is een korte samenvatting/overzicht van de begrippen en toepassingen bij de cursus. Onder andere een overzicht van de gebruikte Linux commands.
Inhoud
Belangrijke sites en programma’s................................................................................................................. 2
Scripts........................................................................................................................................................... 3
Les 1 De onbekende bacterie........................................................................................................................ 4
Les 2 De bekende bacterie............................................................................................................................ 6
Les 3 Het Eukaryote Genoom........................................................................................................................ 7
Les 4 De grote vriendelijke server................................................................................................................. 8
Linux (putty) informatie............................................................................................................................ 8
Linux commands....................................................................................................................................... 9
Les 5 Knippen en plakken met DNA............................................................................................................ 11
Les 6 De eiwit code..................................................................................................................................... 12
Les7 Mutatie analyse.................................................................................................................................. 13
Les 8 Moleculaire Pathways........................................................................................................................ 14
Les 9 De Histoncode.................................................................................................................................... 15
Les 10 Eiwit-DNA interacties....................................................................................................................... 17
Het maken van een script:...................................................................................................................... 19
Oefententamen.......................................................................................................................................... 20
Module 1 (1 t/m 5) bestaat uit de opbouw van het genoom en in module 2 (6 t/m 10) staat het eiwit
centraal.
1
,Belangrijke sites en programma’s
Les 1: De onbekende bacterie
DNA baser Assembler: Wordt gebruikt om DNA contigs aan elkaar te plakken. En herkennen van fouten
tijdens het sequencen.
Fouten in de DNA strengen herekennen:
https://seqcore.brcf.med.umich.edu/sites/default/files/html/interpret.html#miscalls
Les 2 De bekende bacterie
National Center for Biotechnology Information https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Nucleotide/protein BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Wat is het eiwit en wat doet het?
Reverse complement maken van een sequentie: http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
Les 4 De grote vriendelijke server
Linux commands
Inlog Putty: BID18b_femkedegier
Les 6 De eiwit code
Eiwittranslatie www.ebi.ac.uk/services
Moleculair gewicht en iso elektrisch punt berekenen.
https://web.expasy.org/compute_pi/
Les 7 Mutatieanalyse
UCSC Blast: http://genome.ucsc.edu/
Al wetende wel gen je onderzoekt, identifier nodig. Sequenties uit halen.
Les 8 Moleculaire Pathways
Kegg: brengt de moleculaire pathways op interactieve wijze in kaart:
https://www.kegg.jp/
Les 9 De histoncode
NCBI -> zoekbalk = structure -> enter -> brengt je in de databank voor visualisatie van eiwitten.
C3nD = programma waarin de 3D structuur van een eiwit wordt bekeken.
https://www.uniprot.org/ Informatie over de functie van een eiwit.
Les 10 De DNA-eiwit interacties
De lengte van ieder humaan chromosoom is te vinden in
www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/human/data (Koppelingen naar een externe site.)
2
, Scripts
ExtractCDS.pl Haalt de CDS uit de DNA sequentie
Dna2peptide.pl Vertaald de CDS naar een eiwit
EiwitMutations.pl Detecteert mutaties
dna2peptide_v1.pl Van DNA naar peptide
GenoomSelect.pl We gaan als eerste de fragmenten selecteren van
het BED bestand die binnen het gebied liggen
rondom een gen.
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller Femkedg0203. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.75. You're not tied to anything after your purchase.
