Samenvatting Bioinformatica
Inhoud
Belangrijke sites en programma’s................................................................................................................. 2
Scripts........................................................................................................................................................... 3
Les 1 De onbekende bacterie........................................................................................................................ 4
Les 2 De bekende bacterie............................................................................................................................ 6
Les 3 Het Eukaryote Genoom........................................................................................................................ 7
Les 4 De grote vriendelijke server................................................................................................................. 8
Linux (putty) informatie............................................................................................................................ 8
Linux commands....................................................................................................................................... 9
Les 5 Knippen en plakken met DNA............................................................................................................ 11
Les 6 De eiwit code..................................................................................................................................... 12
Les7 Mutatie analyse.................................................................................................................................. 13
Les 8 Moleculaire Pathways........................................................................................................................ 14
Les 9 De Histoncode.................................................................................................................................... 15
Les 10 Eiwit-DNA interacties....................................................................................................................... 17
Het maken van een script:...................................................................................................................... 19
Oefententamen.......................................................................................................................................... 20
Module 1 (1 t/m 5) bestaat uit de opbouw van het genoom en in module 2 (6 t/m 10) staat het eiwit
centraal.
1
,Belangrijke sites en programma’s
Les 1: De onbekende bacterie
DNA baser Assembler: Wordt gebruikt om DNA contigs aan elkaar te plakken. En herkennen van fouten
tijdens het sequencen.
Fouten in de DNA strengen herekennen:
https://seqcore.brcf.med.umich.edu/sites/default/files/html/interpret.html#miscalls
Les 2 De bekende bacterie
National Center for Biotechnology Information https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Nucleotide/protein BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Wat is het eiwit en wat doet het?
Reverse complement maken van een sequentie: http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
Les 4 De grote vriendelijke server
Linux commands
Inlog Putty: BID18b_femkedegier
Les 6 De eiwit code
Eiwittranslatie www.ebi.ac.uk/services
Moleculair gewicht en iso elektrisch punt berekenen.
https://web.expasy.org/compute_pi/
Les 7 Mutatieanalyse
UCSC Blast: http://genome.ucsc.edu/
Al wetende wel gen je onderzoekt, identifier nodig. Sequenties uit halen.
Les 8 Moleculaire Pathways
Kegg: brengt de moleculaire pathways op interactieve wijze in kaart:
https://www.kegg.jp/
Les 9 De histoncode
NCBI -> zoekbalk = structure -> enter -> brengt je in de databank voor visualisatie van eiwitten.
C3nD = programma waarin de 3D structuur van een eiwit wordt bekeken.
https://www.uniprot.org/ Informatie over de functie van een eiwit.
Les 10 De DNA-eiwit interacties
De lengte van ieder humaan chromosoom is te vinden in
www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/human/data (Koppelingen naar een externe site.)
2
, Scripts
ExtractCDS.pl Haalt de CDS uit de DNA sequentie
Dna2peptide.pl Vertaald de CDS naar een eiwit
EiwitMutations.pl Detecteert mutaties
dna2peptide_v1.pl Van DNA naar peptide
GenoomSelect.pl We gaan als eerste de fragmenten selecteren van
het BED bestand die binnen het gebied liggen
rondom een gen.
3
Inhoud
Belangrijke sites en programma’s................................................................................................................. 2
Scripts........................................................................................................................................................... 3
Les 1 De onbekende bacterie........................................................................................................................ 4
Les 2 De bekende bacterie............................................................................................................................ 6
Les 3 Het Eukaryote Genoom........................................................................................................................ 7
Les 4 De grote vriendelijke server................................................................................................................. 8
Linux (putty) informatie............................................................................................................................ 8
Linux commands....................................................................................................................................... 9
Les 5 Knippen en plakken met DNA............................................................................................................ 11
Les 6 De eiwit code..................................................................................................................................... 12
Les7 Mutatie analyse.................................................................................................................................. 13
Les 8 Moleculaire Pathways........................................................................................................................ 14
Les 9 De Histoncode.................................................................................................................................... 15
Les 10 Eiwit-DNA interacties....................................................................................................................... 17
Het maken van een script:...................................................................................................................... 19
Oefententamen.......................................................................................................................................... 20
Module 1 (1 t/m 5) bestaat uit de opbouw van het genoom en in module 2 (6 t/m 10) staat het eiwit
centraal.
1
,Belangrijke sites en programma’s
Les 1: De onbekende bacterie
DNA baser Assembler: Wordt gebruikt om DNA contigs aan elkaar te plakken. En herkennen van fouten
tijdens het sequencen.
Fouten in de DNA strengen herekennen:
https://seqcore.brcf.med.umich.edu/sites/default/files/html/interpret.html#miscalls
Les 2 De bekende bacterie
National Center for Biotechnology Information https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Nucleotide/protein BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Wat is het eiwit en wat doet het?
Reverse complement maken van een sequentie: http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
Les 4 De grote vriendelijke server
Linux commands
Inlog Putty: BID18b_femkedegier
Les 6 De eiwit code
Eiwittranslatie www.ebi.ac.uk/services
Moleculair gewicht en iso elektrisch punt berekenen.
https://web.expasy.org/compute_pi/
Les 7 Mutatieanalyse
UCSC Blast: http://genome.ucsc.edu/
Al wetende wel gen je onderzoekt, identifier nodig. Sequenties uit halen.
Les 8 Moleculaire Pathways
Kegg: brengt de moleculaire pathways op interactieve wijze in kaart:
https://www.kegg.jp/
Les 9 De histoncode
NCBI -> zoekbalk = structure -> enter -> brengt je in de databank voor visualisatie van eiwitten.
C3nD = programma waarin de 3D structuur van een eiwit wordt bekeken.
https://www.uniprot.org/ Informatie over de functie van een eiwit.
Les 10 De DNA-eiwit interacties
De lengte van ieder humaan chromosoom is te vinden in
www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/human/data (Koppelingen naar een externe site.)
2
, Scripts
ExtractCDS.pl Haalt de CDS uit de DNA sequentie
Dna2peptide.pl Vertaald de CDS naar een eiwit
EiwitMutations.pl Detecteert mutaties
dna2peptide_v1.pl Van DNA naar peptide
GenoomSelect.pl We gaan als eerste de fragmenten selecteren van
het BED bestand die binnen het gebied liggen
rondom een gen.
3
