Lecture notes
uitgeschreven oefeningen bio-informatica Acar - moleculaire technieken
- Module
- Institution
alle oefeningen van bio-informatica stap voor stap uitgeschreven via databanken
[Show more]
Seller
Follow
joellel3s
Reviews received
Content preview
OPDRACHT 1 ANSOFFICIËLE GENNAAM
1a
Wat is de officiële gennaam en het officiële gensymbool van het BLUgen bij de mens?
HGNC à BLU (= alias)
De officiële gennaam is: zinc finger MYND-type containing 10
Het gensymbool is: ZMYND10
1b
Welke databank is het meest geschikt om deze informatie op te zoeken? Geef de lettercode
weer.
HGNC
1c
Geef 1 mogelijk alternatief gensymbool.
- CILD22
- DNAAF7
,GENBANK
2a
Wat heeft accessienummer NM_001446 in de nucleotide databank van het NCBI?
NCBI à nucleotide à NM_001446
= mRNA sequentie
2b
Geef de specifieke naam/definitie van de sequentie met accessienummer NM_001446 in de
nucleotide databank van het NCBI.
NCBI à nucleotide à NM_001446
= Homo sapiens fatty acid binding protein 7 (FABP7), transcript variant 1, mRNA
2c
Hoeveel exonen bevat deze sequentie volgens deze genbank file?
Feautures à exonen tellen
= 4 exonen (Bij genen met veel exonen worden ze vaak genummerd. Dan kan je naar het
laatste exon gaan onder de features en bij 'number' het aantal exonen aflezen.)
,2d
Wat is de locatie van deze sequentie?
Features à location à map
= 6q22.31
2e
Hoe groot is het fragment dat vertaald wordt naar eiwit? Geef het overeenkomstige
accessienummer weer van dit eiwit in de genbank en de bijhorende sequentie in FASTA
formaat.
CDS à NP_ …
Voor FASTA eiwit: klikken op NP_001437.1 à FASTA
Grootte = 478-80+1(!!!) = 399 nucleotiden
Accessienummer = NP_001437.1
FASTA =
MVEAFCATWKLTNSQNFDEYMKALGVGFATRQVGNVTKPTVIISQEGDKVVIRTLSTFKNTEISFQLGEE
FDETTADDRNCKSVVSLDGDKLVHIQKWDGKETNFVREIKDGKMVMTLTFGDVVAVRHYEKA
, WELK GEN BIJ WELK EIWIT?
3a
XP_001138587
XP = proteïne à NCBI à protein à XP_001138587 à CDS
= ATP5H
3b
XP_016775240.1
XP = proteïne à NCBI à protein à XP_016775240.1 à CDS
= INS
GEN OP CHROMOSOOM
Vb: chromosoom 4
4a
Zoek alternatieve namen (alias) voor het gen.
NCBI à gene à 4q22 homo sapiens àcategories: protein coding
= NACP, PARK1, PARK4, PD1
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller joellel3s. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.96. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
73918 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy revision notes and other study material for 14 years now