Class notes
FA-BA304 ALLE werkcolleges uitwerking
- Course
- Institution
Uitwerking van alle werkcolleges van oncologie (FA-BA304)
[Show more]
Seller
Follow
esraaaydi19
Reviews received
Content preview
ALLE Werkcolleges – Oncologie FA-BA304Inhoud
WERKCOLLEGE 1..........................................................................................2
Werkcollege 2.............................................................................................29
3.1 Transcriptiefactoren en transcriptionele regulatie............................29
3.2 Chromatine structuur:.......................................................................30
3.3 Epigenetische regulatie van transcriptie:.........................................31
3.4 Bewijs van een rol voor epigenetica bij carcinogenese:....................33
3.7 Telomeren en telomerase..................................................................34
3.8 Epigenomische en histonomische geneesmiddelen:........................37
3.11 Telomeraseremmers:......................................................................39
3.12 Hoogtepunten van het hoofdstuk:..................................................41
Werkcollege 3.............................................................................................47
WERKCOLLEGE 4: ONCOLYTICA EN FARMACOKINETIEK..............................49
,WERKCOLLEGE 1
Plaatje 1: Transcriptieproces - proces voor eiwitvorming
De eiwitsynthese bestaat uit transcriptie en translatie. Bij de
transcriptie wordt een mRNA streng gegenereerd. De
template streng/de matrijsstreng wordt gebruikt als
tamplate. Transcriptie vindt plaats in de celkern. De twee
strengen van het DNA worden uit elkaar gehaald door middel
van het enzym helicase, hierdoor kan RNA polymerase II
binden (aan de promotor) en de DNA-streng van 3’ naar 5’
lezen, waardoor het een RNA streng maakt in de 5’ naar 3’
richting. Er vormt pre-mRNA, bestaande uit exonen en
intronen.
Vervolgens ondergaat de RNA-streng splicing.
- Bij splicing worden de intronen uit het (hn)RNA
geknipt en blijven alleen de exonen nog over. De
exonen bevatten het coderende deel, intronen het
niet-coderende deel. Nu de intronen eruit zijn, wordt
het officieel mRNA. Capping van een poly-a-staart
wordt toegevoegd wanneer het mRNA klaar is, zodat
het naar het cytoplasma getransporteerd kan
worden. Het zegt iets over de stabiliteit van het RNA.
- Het mRNA gaat naar het cytoplasma bij een ribosoom op het ruwe ER terecht, waar
de translatie plaatsvindt.
Translatie is het aan elkaar koppelen van aminozuren aan de hand van het mRNA.
- Ribosomen gaan om het mRNA heen zitten en gebruiken het mRNA om het eiwit te
kunnen maken. Het mRNA wordt gebruikt als een template voor het maken van een
ketting van aminozuren dat een eiwit vormt. 3 basen van het mRNA vormt de code
voor één aminozuur. Het juiste aminozuur wordt gekoppeld aan het juiste transfer
RNA (tRNA). Terminatie van de polypeptide eindigt wanneer de ribosoom een stop
codon tegen komt (UAA, UAG of UGA). Geen enkele tRNA kan dit herkennen, maar
een releasing factor zorgt voor het vrijzetten van de polypeptide keten, en ontstaat er
een eiwit.
,Mutaties in promoter deel van genen kunnen veranderingen te weeg brengen in werking
oncogenen en tumorsuppressorgenen →leiden tot carcinogenese. Transcriptiefactoren zijn
eiwitten die aan genpromoters binden en transcriptie reguleren. Transcriptiefactoren
bevatten een aantal onafhankelijk eiwit domeinen; zoals DNA-binding domeinen,
transcriptional activation domeinen, dimerisatie domeinen, en ligand-binding domeinen.
………………………………………………………………………………………………………………………………………………
…………….
- Proces bestaat uit RNA-polymerase II en transcriptiefactoren
- Pre-mRNA of hnRNA (heterogeen nucleair RNA) is het onbewerkte messenger RNA
(mRNA) zoals dat direct na de transcriptie wordt geproduceerd. Door het proces van
RNA-processing wordt het pre-mRNA bewerkt tot mRNA. Dit vindt alleen plaats in
eukaryoten.
- Een intron (van Engels: intervening region) is een stukje DNA dat zich bevindt in een
genmaar dat niet wordt gebruikt om het eiwit te coderen. De delen van het gen die
wel in het uiteindelijke mRNA terechtkomen, worden exons genoemd.
- Het proces van het omzetten van hnRNA in volwassen mRNA omvat het verwijderen
van niet-coderende regio's (introns) en het verbinden van coderende regio's (exons)
via een proces genaamd splicing.
- In celkern wordt uit DNA, pre-mRNA gemaakt (transcriptie) en wanneer de intronen
verwijderd worden en alleen exonen overblijven dan wordt het mRNA genoemd.
Vervolgens wordt mRNA getransporteerd naar het cytoplasma waar het door
ribosomen omgezet wordt in eiwitten (translatie).
- Reading frame = leesraam = de translatie via ribosomen vindt plaats over het
zogenoemde leesraam van mRNA. Dit lezen ze af via triplet codons waarbij de
bijbehorende aminozuren aan elkaar gekoppeld worden.
- Door mutaties in DNA krijg je overactieve eiwitten, of inactieve eiwitten, die kunnen
bijdragen aan de ontwikkeling van kanker
Plaatje 2: Mutatie
Selected mutation:
- Geselecteerde mutatie: Verandering(en) in de DNA-sequentie dat nadelig is. Het defecte allel
ligt op de coderende sequentie van het DNA. Dit resulteert in een defect fenotype door
defecte eiwitvorming en heeft dus invloed op de vorming van kankercellen. Er is namelijk na
transcriptie/translatie een geheel ander aminozuursequentie ontstaan. Er worden dus
defecte eiwitten gevormd (eiwit = bv een inhibitor en dus geen silencer) & fenotype
verandert. De expressie van dit fenotype vermindert de kans op doorgeven van het allel.
Deze mutatie heeft invloed op het vermogen om te overleven en te reproduceren. Het
defecte fenotype, door mutaties in de coderende sequentie, leidt dus tot verlies van het allel
in de genenpool.
- Oorzaak: mutatie in coderende sequentie van het DNA
o Mutatie kan veroorzaakt worden door puntmutatie, deletie of duplicatie van
het DNA.
Neutral mutation:
- Neutrale mutatie: Verandering(en) in de DNA-sequentie dat geen invloed heeft op het
vermogen van een organisme om te overleven en reproduceren. De mutatie/defecte allel,
, dat niet tot expressie komt, bevindt zich in de niet-coderende regio’s/junk DNA (introns,
andere niet-coderende sequenties of mutatie zonder invloed op de aminozuursequentie) van
het DNA. Dit heeft dus geen effect op het fenotype (vanwege dat er geen eiwitproductie van
dit gemuteerde allel is) en behoudt daarmee de genenpool. Ook kan deze mutatie
doorgegeven worden aan de volgende generatie. Verder hebben deze mutaties geen invloed
op de vorming van kankercellen, maar dit kan wel leiden tot veranderingen van de DNA-
structuur en dit kan invloed hebben op een mutatie in het coderende DNA.
o Dus: Mutatie aanwezig
op het junk DNA, dit
behoort niet tot de
coderende sequentie,
waardoor een mutatie
geen effect heeft op het
fenotype.
………………………………………………………………………………………………………………………………………………
…………….
- Neutrale mutaties zijn veranderingen in de DNA-sequentie die noch voordelig noch
schadelijk zijn voor het vermogen van een organisme om te overleven en zich voort te
planten Van schadelijke mutaties wordt voorspeld dat ze de genfunctie verstoren en
de organismale fitheid verminderen.
- Mutaties in de junk DNA (stukje DNA zonder functie en niet-coderend is) komt niet tot
uiting heeft dus geen invloed op het fenotype; terwijl een mutatie in de coderende
sequentie invloed heeft op het fenotype (en dat kan voordelig of nadelig zijn). En dus
kan leiden tot kanker.
Plaatje 3: Genexpressie
Activators binden aan de enhancer en zorgen ervoor dat DNA streng gaat vouwen. Basale
transcriptiefactoren, die helpen RNA-polymerase om de core-promotor te herkennen en die
nodig zijn voor transcriptie, binden aan de TATA-box (specifieke promotor regio) dus aan de
promotor. Transcriptiefactoren + DNA-polymerase II vormt het basale transcriptieproces
(mediator eiwitcomplex). Hierdoor kan RNA-polymerase II binden aan de DNA streng en
wanneer RNA-polymerase gebonden heeft, heet het complex de transcription initation
complex. Dit leidt tot RNA-synthese.
De initiatie complex heeft contact nodig met activator eiwitten om geactiveerd nodig. Deze
activatoreiwitten binden aan de enhancer regio’s van het DNA. Activator eiwitten binden aan
de enhancer stukjes op DNA. Dit triggert dus DNA-buiging en dit zorgt ervoor dat de
activatoren dichter bij de promotor gebracht worden. De activatoren binden dan aan de
mediator. General/basale transcriptiefactoren binden aan de TATAbox en promotor. Hierdoor
kan RNA-polymerase II binden aan de DNA streng. Dit complex heet transcription initation
complex. Dit leidt tot RNA-synthese.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller esraaaydi19. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $8.27. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
79271 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now