Summary
Samenvatting Cellen en Weefsels deeltentamen 1
- Course
- Institution
Samenvatting Cellen en Weefsels deeltentamen 1
[Show more]
Seller
Follow
pipleopold
Content preview
Cellen en Weefsels Deeltentamen 1H5 DNA Replication, Repair & Recombination
H5-1 Replication
Mutatie rate: 1 nucleotide substitutie per 10^10 cel generatie
E coli: 10^6 nucleotide paren
Mens: 10^9 nucleotide paren
DNA polymerase
- ‘5 —> ‘3 chain growth
- Twee katalytische site:
- Polymeriseren (P-site)
- Editen (E-site)
- Exonucleotide proofreading
- Exonucleose knipt foute DNA eruit
- Door de twee sites kan DNA polymerase niet:
- Replicatie initiëren
- Primase nodig (RNA polymerase)
- Repliceren ‘5 —> ‘3
- Als er nucleotide wordt uitgehaald en polymerase gaat
van ’3 —> ‘5 is er geen energiebron om weer een nucleotide in te zetten
(fosfaatgroep is weg)
- Met sliding clamp
Sliding clamp
- Houdt DNA polymerase op DNA
,Helicase
- Haalt strengen uit elkaar
- Met ATP hydrolyse
Single strand DNA binding protein
- Bindt aan DNA op lagging strand waar later Okazaki fragmenten op komen
- Om hairpin formatie te voorkomen, niet om base pair vorming te voorkomen
Strand directed mismatch repair machine
- Extra check op mismatches
- Repair eiwitten halen alleen nucleotiden uit nieuwe streng niet uit
template streng
- Hoe?:
- Bacterien: Methylatie op oude streng en nick op de nieuwe
streng
- Eukaryoten: Nicks op lagging strand door Okazaki fragmenten
- MutS & MutL
“Winding” probleem oplossen
- DNA topoisomerase I
- Maakt single strand break (fosfodiester binding)
- Koppelt hieraan om energie niet verloren te laten gaan
- Gebruikt geen ATP
- DNA topoisomerase II
- Maakt double strand break
- Gebruikt 2 ATP
Initiatie van DNA replicatie in bacteriën
- 1 Ori: AT-rijke sequentie makkelijk uit elkaar te halen
- Hebben twee waterstofbruggen
1. Initiate eiwitten binden aan Ori
2. DNA helices gebonden aan een helicase-loading-eiwit bindt aan Ori
3. Helicase loading eiwit eraf, activatie van helicasen
4. DNA primase —> RNA primer
5. DNA polymerase
6. Nog twee DNA polymerases op lagging strand —————>>
- Moeten genoeg nutriënten zijn
- Na initiatie: initiatie eiwitten worden afgebroken
, - Refractory periode: geen nieuwe initiatie kan worden gestart
- Door DAM methylatie: specifieke methylatie patroon
Initiate van DNA replicatie in eukaryoten
- Veel Ori’s
- Mag maar 1 keer per celcyclus worden geactiveerd
- G1: ORC bindt —> helicase’s binden maar zijn nog niet actief
- S: helicase’s en ORC worden gefosforyleerd —> helicase actief, ORC inactief
- G1 weer: ORC defosforyleerd, ORC weer actief
Transcriptie stopt niet door stopcodons
Telomeren
- Beschermt DNA eind: moet niet herkent worden als een double strand break
- Dat niet evt chromosomen aan elkaar worden gebonden
- Telomeren worden korter en korter totdat ze niet meer kunnen delen
- Zonder telomeren kunnen cellen niet meer delen
- Om ze te beschermen tegen DNA reparatie:
- Single strand overhang wordt gemaakt
- Overhang wordt gevormd doordat hier RNA primer zat maar die wordt opgegeten
- Telomerase maakt een overhang
- Looped en bindt aan dubbelstrengs DNA
- Shelterin eiwit is een cap die op de loop bindt en het stabiel
houdt
H5-2 Repair & Recombination
DNA wordt constant beschadigd
- Interacties met water
- Depuriniatie
- Deaminatie
- Leidt tot abnormale basen
- Behalve gemethyleerd cytosine —> thymine
- Repareren hiervan leid tot onbetrouwbare reparaties
- Dus worden dit niet gedaan en verdwijnen cytosines steeds
Base excision repair
- DNA glycosylases
, - Flippen basen naar buiten, abnormale basen worden eruit
geknipt
- Endouclease en fosfodiesterase verwijderen suiker fosfaat
deel van streng
- DNA polymerase
- DNA ligase
- Deaminaties & Depurinaties
Nucleotide excision repair
- Bij grote beschadigingen
- Bulky guanine adducts
- Pyrimidine dimeer vorming:
- Bijv door zonlicht
- Nuclease knipt groot stuk weg
- Verwijdering met behulp van (in dit geval) helicase
- DNA polymerase
- Ligase
- Koppeling tussen repair en transcriptie belangrijk
Translesie
- Bij zware beschadigingen
- Sliding clamp geubiquitineerd —> DNA polymerase laat los
- Translesie DNA polymerase bindt
- Minder kieskeurig, minder nauwkeurig
- Educated guess welke base moet worden geplaatst
- Sneller mutatie
Non homologous end joining
- Beschadiging in beide DNA strengen
- Double strand breaks
- Ku Heterodimeren herkenennen einden
- Bijgeknipt en willekeurig aan elkaar geplakt
- Snel
- Litteken in DNA (mutatie)
- Kan twee chromosomen aan elkaar koppelen (translocatie)
Problemen met DNA reparatie mechanismen leidt tot ziekten
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller pipleopold. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.68. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
81311 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now