Een samenvatting die de gehele stof van blok 1.1 Geneeskunde Universiteit Maastricht omvat. Perfect dus voor de studenten die in 2012 beginnen met de opleiding Geneeskunde te universiteit Maastricht! Samenvatting bevat de volledige stof en vele plaatjes met uitleg.
De vorm (structuur) van DNA is afhankelijk van de celcyclus alleen in de metafase kun je de
chromosomen goed onder de microscoop zien zoals wij gewend zijn ze te zien
DNA is opgebouwd als dubbele helix en bevat C, H, O, N en P (aanwezig in fosfaten, suikers en basen)
vooral de basen zijn stikstof bevattend
Deoxyribonucleïnezuur deoxy vertelt dat DNA ribosegroepen
een O-atoom missen op de 2’positie het deoxy zit in DNA en HO-CH2 O OH HO-CH2 O OH HO
ribose gewoon zit in RNA de hydroxylgroep is beschikbaar
voor allerlei chemische reacties en omdat DNA deze niet heeft is
dit dus veel stabieler als RNA H H H H
De info die uiterlijke en innerlijke kenmerken bepaald zit in de
genen die op de chromosomen zitten elk gen bestaat uit 1 of OH OH OH H
meerdere DNA sequenties en regelt de productie van 1 eiwit. ribose deoxyribose
(DNA is het enige nucleïnezuur dat drager is van erfelijke
informatie)
Purines adenine en guanine (hebben 2 ringen namelijk een 5 ring en een 6 ring)
Pyrimidines thymine, cytosine en uracil (hebben maar 1 ring namelijk een 6 ring)
Erwin Cargaff toonde aan dat 50% van de basen purines zijn en de
andere 50% pyrimidines. De hoeveelheid purines is dus gelijk aan de
hoeveelheid pyrimidines en de hoeveelheid A is gelijk aan T en de
hoeveelheid C is gelijk aan G (A+G)/(T+G)=1
Nucleïnezuren bestaan uit drie bouwstenen namelijk een base, een
fosfaatgroep en een suikergroep bestaande uit een 5 ring (met een O erin)
en de 5 C hangt eraan richting fosfaatgroep)
deoxyribose en de fosfaatgroepen vormen de “ruggengraat” van het
DNA, de basen zitten binnenin
De kern is een waterige omgeving waar de hydrofobe basen niet in
willen. Dus trekken ze elkaar aan waardoor de helix wordt gestabiliseerd.
Op de 3’ en 5’ positie van de ribosgroep kunnen fosfaten binden
waardoor de ruggengraat ontstaat aan de N|H (boven elkaar) bindt de
base aan de suiker de H van de OH aan de 3’ kant verdwijnt bij binding
Elk basenpaar bevat een purine en
een pyrimidine base.
Nucleoside is een base en een suikermolecuul aan elkaar gebonden
(dus zonder de fosfaatgroep eraan). Als de fosfaatgroep er wel aan zit
dan is het een nucleotide aan de naam kun je herkennen welke van
de twee het is, bij nucleotide moet er namelijk altijd nog fosfaat bij
staan en als er bijv. alleen adenosine staat is het een nucleoside
Tussen A-T zitten twee waterstofbruggen (tussen A-U dan ook)
Tussen C-G zitten 3 waterstofbruggen (moeilijker uit elkaar te halen)
De replicatie loopt over de oude streng van 3’ 5’ en de nieuwe streng
wordt gesynthetiseerd van 5’ naar 3’.
Aan de 3’ kant zit alleen nog een P en die kan niet met de 5’kant OH
binden want dan is er geen energie meer (die komt normaal namelijk
uit de trifosfaat waarvan er 2 afsplitsen)
Het is ‘ aan een bepaalde kant omdat je dan weet dat je het over de
suikergroep hebt i.p.v. de base (want die worden niet met ‘aangegeven)
DNA polymerase III zorgt voor de waterstofbrugvormen tussen de
tegenover elkaar liggende basen (leest van 3’5’)
Semi conservatieve replicatie elke streng dient als mal bij de
productie van de nieuwe complementaire streng
De initiator herkent een bepaald stuk waardoor ’t daarop volgende AT-rijke stuk een beetje open gaat.
De helicase & SSB (single stranded binding proteins) kunnen dan gaan binden
1
, De SSB zorgen dat de strengen niet weer sluiten en dat de streng recht blijft
Replicon = unit die de replicatie controleert/regelt en bestaat uit replicator en initiator
Replicator = het stuk DNA dat gerepliceerd moet worden.
DNA primase zit aan helicase vast en
beweegt op die manier mee samen worden
ze het primosoom genoemd het primase
plaats een korte RNA-primer zodat polymerase
kan binden want die werkt alleen maar op
dubbelstrengen en er ontstaat zo een vrij 3’
uiteinde waaraan gekoppeld wordt t helicase
activeert het primase zelf om dit te doen
DNA ligase maakt de fosfo-diesterase
bindingen weer intact het plakt de door pol1
gemaakte DNA stukjes aan elkaar (door
afsplitsing van 2 fosfaten = energievoorziening)
DNA polymerase III heeft 5’-
3’exonuclease activiteit DNA polymerase I
heeft dit ook het knipt RNA voor zicht uit en
plakt er achter zich DNA voor in de plaats
DNA pol 1 zit echter niet bij eukaryoten dus daar
moeten andere exonucleasen dit werk doen.
De lagging strand is niet-continue en bevat dus de okazaki fragmenten (groei van 3’naar5’) de
leading strand is wel continue en bevat dus een lange streng (groei van 5’naar3’)
De groeiende RNA streng is gelijk aan de non-template strand en niet aan de template strand waar
het van afgelezen wordt de template strand is antisense (non coding)(plus) en de non-template
strand is sense (coding)(minus) van antisense, coding, minus etc spreken we pas bij transcriptie!!
Okazaki fragmenten zijn discontinue gesynthetiseerde DNA-fragmenten met aan hun 5-uiteinde een
korte RNA-primer (3’ kant wordt later aan ander okazaki fragment gebonden)
Topoisomerase I is bij dit hele proces ook van groot belang voordat het bovenstaande namelijk
allemaal kan plaatsvinden moeten eerste de supercoils eruit gehaald worden
PCNA = proliferatin Cell nuclear antigen = eiwit dat polymerase op het DNA zet en het vasthoudt
het zit als een ring om het DNA heen en kan er dus niet zomaar vanaf vallen waardoor het polymerase
in 1x een heel chromosoom kan afwerken en dit is dus heel efficiënt dit komt alleen bij eukaryoten
voor het PCNA gaat pas om het DNA zitten als RFC (gebonden aan PCNA) loslaat
H-bruggen zijn niet covalente bindingen covalente bindingen delen een elektronen paar en zitten
zo aan elkaar vast ------ en het kost veel energie om ze uit elkaar te halen niet covalente zitten niet
zo sterk aan elkaar vast ······· En kost dus ook niet zo veel energie.
Bij elke replicatie wordt je chromosoom iets korter doordat polymerase niet helemaal tot het eind kan
lopen telomerase in de geslachtscellen kan telomeren langer maken
Polymerase Chain Reaction (PCR) je haalt DNA uit een cel, namelijk een VNTR (variable number
tandem repeat) en dat is een plek in het genoom waar een korte nucleotide sequentie vaak herhaald
wordt en naast elkaar liggen
ze variëren in lengte tussen verschillende individuen en elke variant gedraagt zich als een erfelijk
allel en kan zo gebruikt worden in de herkenning
Door pcr kunnen ze van het andere DNA gescheiden worden en hun grote kan bepaald worden met
gel electroforse of southern blotting waarna ’t vergeleken kan worden met ander materiaal.
VNTR’s zijn niet coderend DNA en worden ook wel minisattelieten genoemd de meeste individuen
zijn heterozygoot voor de VNTR’s namelijk 1 van de moeder en een van de vader
Restrictie enzymen komen uit bacterien en herkennen elk een eigen specifieke sequentie er zijn
blunt-end enzymen die gewoon recht door het DNA knippen er zijn ook sticky-end enzymen die bij
een bepaalde sequentie een soort ¯|_ maken, de uiteinden die dan ontstaan noemen we sticky ends
2
, de sequentie waar zo’n enzym knipt noemen we een palindroom omdat je het van 2 kanten kan
lezen (dus allebei de stukken) maar ze blijven toch het zelfde
Polymerase Chain Reaction (PCR) een manier om uit een zeer kleine hoeveelheid DNA specifiek een
of meerdere gedeeltes te amplificeren tot er genoeg van is om het te kunnen analyseren de reactie
gebeurt tijdens een cyclus van 3 fasen er vindt DNA synthese plaats d.m.v. primer extensie je
hebt daarvoor template streng en primers nodig de primers zijn complementair aan het DNA er
vindt dan DNA synthese plaats en als die strengen weer worden verhit en strengen weer uit elkaar
gaan dan kan het gehele proces weer opnieuwe plaatsvinden
Dieper in op PCR eerst vindt er denaturatie plaats bij verhitting tot 95 graden wat leidt tot
scheiding van de strengen daarna wordt de T verlaagt naar 50-68 graden (hybridisatie), dat is een
temperatuur waarbij de primers heel goed kunnen binden daarna word de T verhoogd naar 72
graden waarbij het speciale polymerase goed kan werken
Een primer is een kleun stukje enkelstrengs
DNA dat gebruikt wordt als startpunt van de
PCR, er zijn steeds twee primers nodig, één voor de 3’streng en een voor de 5’streng
restrictieplaatsen worden in de primers ingebouwd (dus ze weten precies waar ze moeten gaan
binden en dat is het stuk wat je wil hebben) het zijn 2 verschillende primers
In het proces van PCR is de T van groot belang want bij een lage T vormt het DNA dubbelstrengen en
bij een te hoge temperatuur werkt het polymerase enzym niet meer
Het TAQ polymerase dat nodig is voor extensie, komt uit bacteriën die in hete bronnen leven zodat ze
de temperatuur van 95 graden kunnen weerstaan ze werken optimaal bij 72 graden
Sequencing Sanger
methode Er worden
dideoxynucleotiden toegevoegd
doe ervoor zorgen dat er aan het
3’ geen verdere extentie kan
plaatsvinden (zie plaatje op
volgende bladzijde)(bij dideoxy
ontbreekt namelijk de OH aan
de 3’kant van de suiker) het
DNA staal wordt verdeeld in 4
verschillende sequencing
reacties die alle 4 een van de
deoxynucleotides en DNA
polymerase bevatten omdat
de dideoxy’s het verlengen van
de DNA streng verhinderen krijg
men strengen van verschillende
lengtes de ene streng zakt
dus sneller dan de ander er
word eerst een gelabelde primer
toegevoegd en er ontstaan meer
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller SDAHHees. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.34. You're not tied to anything after your purchase.
