Summary
CEL 2 biochemie samenvatting blokboek
- Course
- Institution
Een samenvatting van het blokboek biochemie van prof. Gettemans.
[Show more]
Seller
Follow
flca56
Content preview
Cel II: biochemieHoofdstuk 1: de zwakke krachten en hun rol in de biochemie
Biochemische processen < transiënte/permanente interacties (bindingen) tussen biomoleculen (...)
Bindingen: zwakke, niet-covalente associaties tussen moleculen:
- H-bruggen
- ionaire of electrostatische binding
- hydrofoob effect
- van der Waals interactie
1.1 watermoleculen vormen een netwerk via waterstofbruggen
- Levende organismen bevatten 70 tot 80% water.
- zuurstofatoom trekt gemeenschappelijke electronenparen van covalente bindingen naar zich
toe. µ
- polaire structuur - dipoolmoment (partiele lading)
- watermoleculen oriënteren - zwakke interactie = waterstofbrug.
- energie H-bruggen tussen watermoleculen = ~5 kcal/mol -(<<< bindingsenergie covalente
binding (O-H = 110 kcal/mol).
- afstand tussen kernen: O-H = 1.2 Å – H-bruggen = 2.7 Å.
- hoog kookpunt van water..
1.1 waterstofbruggen ontstaan ook tussen biomoleculen met de geschikte functionele
groepen
- geschikte functionele groepen = atomen met elektronegatief karakter (O, N) OH, NH2 ,
C=O, amidegroepen (oplosbaarheid! hydrofiel)
- waterstofbrugdonor: waterstofatoom geven
- waterstofbrugacceptor: waterstof aanneemt
1.1 de ionaire binding
- -verschil in elektronegatief karakter=groot, elektronenpaar in donor gaat over naar acceptor
(anion)
- H+ kan associëren met een ander atoom kation
- wet van Coulomb bepaalt aantrekkingskracht
- Diëlektriciteitsconstante (D) (water=80; vacuüm= 1) (aantrekkingskracht wordt beïnvloed
door omgevingsfactoren)
- Water is goed oplosmiddel voor ionen (dipoolkarakter)
- watermantel ionen (hydratatie-energie komt vrij)
1.1 de van-der-waals-interactie
- van der Waals interactie -niet polaire moleculen - transiënte dipool - zwakke interactie
- afhankelijk van afstand: optimale afstand voor interactie = van der Waals radius : ~2x cov.
binding -energie ~ 1 kcal/mol (niettemin belangrijk!)
- complementaire stapeling
1.1 het hydrofobe effect
- hydrofoob = moeilijk oplosbaar in water
- hydrofobe moleculen associëren in waterige oplossing
- vb. 2 benzeen moleculen, Drijvende kracht bij eiwitopvouwing
1.1 vele kleintjes maken één groot
- deze krachten: noodzakelijk voor biochemische processen
- vb. Dubbelstrengig DNA < H-brugvorming tussen nucleotiden -hydrofobe kracht : vorming
membraanstructuur
krachten werken samen : secundaire structuur eiwitten: H-brugvorming + van der
Waals + hydrofobe interacties
1
, - DNA binding door transcriptiefactoren electrostatische interacties en
waterstofbrugvorming.
Hoofdstuk 2: lipiden en cellulaire membranen
2.1 inleiding
Organische macromoleculen:
- eiwitten
- Polynucleotiden
- Suikers
- Vetten of lipiden
Lipiden: hydrofoob karakter (wateronoplosbaar), meeste hydrofiel gedeelte
Rol: brandstof, signaalmolecule, biologische membranen (fosfolipiden, glycolipiden, cholesterol)
Medisch belang: multiple sclerose, hartaandoeningen, alzheimer
2.2 de fosfolipiden
- glycerolruggengraat
- hydroxylgroepen op C1 en C2 zijn veresterd
met één vetzuurketen en C3 met een fosfaat
- C2: chiraal centrum
- L-vorm (= natuurlijk voorkomende vorm)
fosfaatgroep bijkomend veresterd
- Vetzuurketens: lange koolstofketens met een carboxylfunctie
- Acylketens: onvertakt & even aantal koolstofatomen (14-24) (eukaryote cellen)
- Meest voorkomend C16, C18
- Verzadigde vetzuren: geen dubbele binding <-> onverzadigde: dubbele
(In dierlijke fosfolipiden is meestal één van de twee ketens verzadigd)
n-hexadecanoic Palmitinezuur
n-octadecanoic Stearinezuur
Cis-9- Oleïnezuur
octadecanoic
Cis-9,12- Linolinezuur
octadecanoic
2
, Cis- 5,8,11,14- Arachidonzuur
eicosatetranoic
als fosfaatgroep niet veresterd is diacylglycerol-3- fosfaat (fosfatidinezuur)
- Fosfaatgroep een bijkomend substituent: Fosfatidyl -ethanolamine, -choline, -serine of -
inositol
- inositolring: één of meerdere fosfaatgroepen: = polyfosfoinositiden (PPI)
- PPI: interageren met membraangeassocieerde eiwitten/ secundaire boodschappermoleculen
Difosfatidylglycerol
- Fosfaten van twee diacylglycerol-3-fosfaatmoleculen veresterd (4 vetzuurketens)
- glycerofosfolipidevarianten: etherbinding met C1: cholineplasmalogen,
ethanolamineplasmalogen,....
- -slechts één vetzuurketen: lysofosfatidylcholine en lysofosfatidylethanolamine
Sfingomyeline: fosfocholinegroep verestert met sfingosine
2.3 de glycolipiden
combinatie van vetzuren waaraan 1 of meerdere suikers gekoppeld zijn bv galactose
afgeleid van sfingosine - bevatten suikergroep i.p.v. fosfocholinegroep.
*Cerebrosiden: onvertakte suikerketens (<5)
*Tweede groep: vertakte, langere, neutrale suikerketens
*Gangliosiden: complexe suikerketens, negatief geladen N-acetylneuraminezuur
N-acetylneuraminezuur
*Intermezzo: de ziekte van Tay-Sachs
- Verstoorde afbraak van sphingolipiden - “lysosomal storage diseases”.
- geen functioneel b-hexoseaminidase A enzym --> verhoogde hoeveelheid ganglioside
(verstoorde afbraak)
- Andere ziekten: Gaucher, Neuman-Pick
- mentale retardatie en vroegtijdige dood.
2.4 cholesterol
- typisch voor dierlijke systemen
- neutraal (onveresterde vorm) voornamelijk in plasmamembraan
- relatief vlakke molecule
- hydroxylgroep -> polair gedeelte
2.5 fosfolipiden vormen dubbellagen
- algemeen structureel kenmerk lipiden: amfipatisch.
door hydrofoob effect samenklitten in water -Coöperatie alle zwakke krachten
- zelfsluitende structuur: micellen , of lipidendubbellaag.
o micel: één enkel type fosfolipide (bvb. PIP2,LPA)
o Dubbellagen: vesikels of liposomen/plaatstructuur
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller flca56. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $9.19. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
67474 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now