Celbiologie partim medische genetica en embryologie (1019GENGE1)
Summary
Samenvatting Genetica - Celbiologie partim medische genetica en embryologie (1019GENGE1)
4 views 0 purchase
Course
Celbiologie partim medische genetica en embryologie (1019GENGE1)
Institution
Universiteit Antwerpen (UA)
Volledige samenvatting van de leerstof voor het onderdeel Genetica van het vak Celbiologie partim medische genetica en embryologie. Gebaseerd op de inhoud van de powerpoints en notities van tijdens de lessen.
Doel: deletie, duplicatie, herrangschikking detecteren
Fluorescent gelabelde DNA probe gehybridiseerd met metafase/interfase chromosomen
visualisatie onder fluorescentiemicrosoop (normaal bindt probe aan 2 chromosoomsegmenten)
Probes:
- Genspecifieke / locus-specifieke probes: detectie specifiek deletie / duplicatie
- Repetitieve DNA probes: detectie repetitieve DNA elementen (bv. telomeren, centromeer)
- Paint probes: mix van probes die hele chromosoom aankleuren herrangschikking detecteren
0) (niet-)delende cellen op objectglaasje gespreid
1) Denaturatie: DNA & probe enkelstrengig maken
2) Hybridisatie: probes & DNA binden
3) Post-hybridisatiewasstappen: niet-specifiek gebonden probes verwijderen
4) Detectie: fluorescentiemicroscoop
Voordelen Nadelen
- Hoog resolutievermogen - Genoomnauwe analyse: vermoeden van diagnose nodig
- Kortere tijd - Geen gebalanceerde afwijkingen
- Kan op delende & niet-delende cellen
INDICATIES VOOR CYTOGENETISCH ONDERZOEK
Diagnostische oppuntstelling bij verschillende fenotypes: fertiliteitsproblemen, familiale voorgeschiedenis,
neoplasie, numerieke chromosoomafwijkingen, trisomie karakterisatie, ouders van kind/foetus met
chromosoomafwijking, opvolging van afwijking gedetecteerd met bv. micro-array
Voordelen Nadelen
- Hoog resolutievermogen - Geen gebalanceerde afwijkingen
- Genoomwijde analyse - Lage mozaïeken kunnen gemist worden
- Geen cellen in kweek te brengen
ARRAY-CGH
CGH = comparative genomic hybridisation
Chip geanalyseerd door computer:
intensiteit van fluorescente labels bepaald
hoeveelheid DNA thv elke probe
berekend door vergelijking tov referentie
Enkel informatie over aantal kopieën
SNP-ARRAY
SNP = single nucleotide polymorphism
EENVOUDIGE SNP ARRAY
Chip met miljoenen probes verspreid over hele genoom probedistributie zodanig dat hogere concentratie
probes uit regio met gekende ziektegenen / variabele regio’s geassocieerd zijn met ziektebeelden
0) DNA geamplificeerd
1) DNA gehybridiseerd op probes van de chip
2) Probe met 1 gelabelde nucleotide verlengd, complementair aan SNP
3) DNA weggewassen, ingebouwde nucleotides fluorescent gelabeld
4) Laser scant & bepaald welke nucleotide ingebouwd werd
5) Plot gemaakt per chromosoom (intensiteit: deletie/duplicatie)
Informatie over aantal kopieën & over genotype op die plaatsen
, METHYLATIE SNP-ARRAY
Doel: bepalen van methylatiestatus op bepaalde positie
Bisulfietconversie: ongemethyleerde cytosines omgezet naar uracil ; gemethyleerde cytosines niet
Voordelen tov array-CGH
- Kan parentale oorsprong van CNV (copy number variaties) achterhalen
- Kan triploïdie detecteren
- Kan Uniparentale Disomie (UPD) detecteren
CLASSIFICATIE VAN CNV’S
Indicaties voor CNV om pathogeen te zijn Indicatie voor CNV om niet-pathogeen te zijn:
- Enkel voorkomen van CNV bij meerdere - CNV met hoge frequentie in onaangetroffen bevolking
patiënten met zelfde fenotype - CNV overgeërfd van gezonde ouders
- Grotere CNV (omvat meer genen)
- De novo CNV
Categorieën van pathogene CNV’s
CNV ligt aan basis van ziekte met volledige penetrantie
CNV geeft verhoogd risico op bepaalde ziekte = susceptibility CNV
CNV is recessief ziekte-allel
INDICATIES VOOR ARRAY ONDERZOEK
Indicaties voor cytogenetisch onderzoek + …
Vermoeden ongebalanceerde afwijkingen, vermoeden van chromosomaal defect, afbakening van
deleties/duplicaties, UPD onderzoek, bepaling parentale origine van de novo structurele afwijkingen,
homozygoziteitsmapping
MOLECULAIRE TECHNIEKEN
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
Specifieke allelen, repeatexpansies op niveau van individuele base
- Voor directe analyse van geamplificeerde fragment
- Om bepaald DNA-fragment te amplificeren om voldoende materiaal te hebben voor verdere analyse
Cyclisch proces: 30-35x herhaald
1) Denaturatie (90°C): enkelstrengig DNA
2) Annealing (50-65°C): DNA-primers hybridiseren aan DNA
3) Elongatie (72°C): complementaire streng gehybridiseerd (met dNTP’s) door DNA-polymerase
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller inebeirynck. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $38.61. You're not tied to anything after your purchase.
