Summary
Samenvatting Moleculaire diagnostiek
- Course
- Institution
Samenvatting moleculaire diagnostiek, flashcards te vinden op quizlet (gebruikersnaam: Anouk_Lambrechts)
[Show more]
Seller
Follow
Anoukl1
Reviews received
Content preview
Moleculaire diagnostiek1. Inleiding tot opsporen van DNA-variaties
1.1 Op niveau van chromosomen
1.1.1 Polyploïdie en trisomie
• Polyploïdie
o Het aantal chromosomen in een cel is groter dan 2
• Trisomie
o Van een chromosoom zijn er 3 stuks aanwezig
o Ontstaan door non-disjunctie tijdens de meiotische deling
1.1.2 Chromosomale translocaties
• Reciproke
o Wederkerige uitwisseling tussen DNA-segmenten van
2 niet-homologe chromosomen
• Niet-reciproke translocaties komen eveneens voor en hier
gaat het veelal over inversies binnen hetzelfde chromosoom
• Mogelijke gevolgen voor fenotype na translocatie:
o Breekpunt kan in een gen liggen en functie verstoren
o Gen kan onder invloed van andere promotor komen
o Breekpunt kan in een gen liggen en er kan een
hybride gen gecreëerd worden
1.1.3 Chromosomale deleties en inserties
• Deletie = verwijderen
• Insertie = toevoegen
1.1.4 Duplicaties
• Ontstaan door oneven crossing-over
tijdens de meiose, waarbij een
chromosoom tweemaal een bepaald DNA-
fragment draagt
1.1.5 Trinucleotide repeats
• Herhalingen van 3 nucleotiden hebben
verhoogd copy nummer tot ze de threshold
over gaan en worden ze onstabiel
1.2 Op niveau van DNA
1.2.1 SNPs en INDELs
• SN(i)Ps = single nucleotide polymorhism (basepaarsubstituties)
• INDELs = samentrekking van kleine deleties en inserties
• Missense mutatie = basensubstitutie leidt tot een aminozuur verandering
• Nonsense mutatie = codon verandert in STOPcodon, verkorte eiwit is meestal niet
functioneel en wordt snel afgebroken door de cel
• Anti-nonsense mutaties = stopcodon muteert naar codon voor een AZ, eiwit wordt langer
• Silent mutaties = basenpaarverandering geeft geen aanleiding tot AZ-verandering
1
, • INDELs-basenpaardeleties en inserties = deletie of insertie van 1 of meerdere basenparen in
coderende regio kan leiden tot verschil in fenotype
• Splice site mutaties = tijdens verwijderen van intron uit de pre-mRNA wordt er gebruik
gemaakt van consensussequenties, als signaalnucleotiden veranderen, wordt de splice-
machinerie van cel misleid en het intron wordt niet of deels verwijderd
• Transcriptionele mutaties = mutaties in 5’ of 3’-flankeerde genregio’s die het transcriptie
niveau van het gen veranderen
• Mutaties die translatie aantasten = door mutatie kan de efficiëntie van de mRNA binding
aan het ribosoom veranderen
1.2.2 Epigenetische variatie op DNA methylatie van C-residuen
2. Moleculaire diagnostiek
2.1 Moleculaire diagnostiek: wat en waarom?
• qPCR
2.2 Aandoeningen die bestudeerd worden in MD
• Monogene erfelijke aandoeningen
• Somatische defecten
• HLA-typering
• Infectieuze MO
2.2.1 MD voor erfelijke aandoeningen, verschillende levensstadia
• Chronologisch onderscheiden we volgende testen
o Pre-implantatie
o Prenataal
o Postnataal
▪ Neonataal (direct na de geboorte)
▪ Presymptomatisch
▪ Dragerschap bepalingen
2.2.1.1 Pre-implantatie
• Via PCR-onderzoek op embryonale stamcel van in vitro bevrucht embryo
2.2.1.2 Prenataal
• Testen op foetus
• Verschillende manieren om DNA van de foetus te verzamelen:
o Amnioncentese of vruchtwaterpunctie: 16-20 weken
▪ Cellen uit vruchtwater onderzocht op eventuele chromosoomafwijking
▪ Cellen in cultuur gebracht en gekweekt
▪ Na 3 weken resultaat
o Chorionvillibiopsie of vlokkentest: 9-12 weken
▪ Via buikwand of via vagina
▪ Stukje weefsel van placenta genomen
▪ Veel eerder uitvoerbaar
▪ Uitslag na enkele dagen beschikbaar
o NIPT (non invasieve prenatale test)
▪ Bloedonderzoek dat ten vroegste op 12 weken uitgevoerd kan worden
▪ DNA van baby dat in moederlijk bloed terecht is gekomen onderzocht
2
, 2.2.1.3 Neonataal
• Net na geboorte
• Aantal metabole aandoeningen
2.2.1.4 Presymptomatisch
• Eventuele mutaties opsporen, alvorens ziekte tot uiting komt
2.2.1.5 Carrier detectie
• Voor recessieve aandoeningen
3. Overzicht van de technieken
• Gekende variaties = gericht een bepaalde variant analyseren
• Ongekende variaties = nagaan of in DNA-sequentie variaties voorkomen
o Nieuw geanalyseerde DNA vergelijken met referentie
• Voor gekende ‘grotere’ mutaties (deleties, inserties, trinucleotidenexpansies,
translocaties,…)
o PCR en scheiding van de amplicons volgens lengte
o Multiplex-PCR en MLPA voor exondeleties in Duchenne spierdystrofiepatiënten
o FISH
o Southern blotting
• Voor gekende SNPs en INDELs
o Restrictie-enzym gebaseerde methoden
▪ RFLP-analyse
o Allele specific oligonucleotide (ASO) assays
▪ Hybridisatie aan capture probes, gebonden op vaste dragers
• Dot of slotblot assays
• SNP-chip
▪ Hybridisatie in oplossing
• Allel specifieke-PCR
• Via molecular beacons, FRET, lineaire probes
• Smeltcurve-analyse
o Ligatie-gebaseerde methoden
▪ OLA LCR
▪ MLPA
• Voor onbekende SNPs en INDELs
o SSCP (single strand conformation polymorphism)-analyse
o Heteroduplex analyse
• Voor gemethyleerde DNA-sequenties
o Restrictie-enzymdigesten
o Methylatiegevoelige PCR-bisulfietmethode
• High throughput SNP-detection
o SNP-minisequencing
o Pyrosequening
o Next en third generation sequencing
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller Anoukl1. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.85. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
66579 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now