Summary
Samenvatting - Genetische epidemiologie (2013FBDBIC)
- Course
- Institution
Volledige samenvatting van dit vak. Op het einde zijn ook een aantal voorbeeld oefeningen en een overal summary van de hele course
[Show more]
Seller
Follow
yarameijs2001
Reviews received
Content preview
InleidingWat is Wat? De studie van de genetische componenten in complexe biologische fenotypes
genetische
epidemiologie Doel? - Een beter inzicht verkrijgen in de etiologie van complexe aandoeningen
- Bijdragen aan het vertalen van genetische bevindingen naar zinvolle handelingen ter verbetering van
de gezondheid
Stappen in Stappenplan genetisch- epidemiologisch onderzoek:
onderzoek 1. Kijken of er een genetische component is ⇒ Via familie of populatie studies
a. Zo ja, hoe groot is deze? Mendeliaanse of complex?
i. Kun je onderzoeken adhv overervingspatronen binnen families
2. Analytische studies ⇒ Opsporen en identificeren genetische component
a. Koppeling vs associatie
b. Familie vs populatie
3. Verdere karakterisatie van de genetische component
Verdere toelichting:
Stap 1a Kijken of er een genetische component is.
Dit begint meestal met het vaststellen of een bepaalde eigenschap of ziekte een genetische component
heeft door middel van:
- Familieonderzoeken: Onderzoeken binnen families om te zien of een bepaalde eigenschap of ziekt
overerft binnen de familie.
- Populatiestudies: Onderzoeken binnen grotere bevolkingsgroepen om te bepalen of bepaalde
eigenschappen of ziekten vaker voorkomen binnen specifieke populaties, wat kan wijzen op
genetische invloeden.
Stap 1b Hoe groot is deze genetische component? Mendeliaanse of complexe overerving?
- Mendeliaanse overerving: Dit verwijst naar de overerving van eigenschappen die zich volgens de
principes van Mendel gedragen, zoals dominante of recessieve patronen.
- Complexe overerving: Hierbij spelen meerdere genen en omgevingsfactoren een rol bij het bepalen
van een eigenschap of ziekte. Dit kan complexer zijn en minder duidelijk te herleiden naar specifieke
genen.
Stap 2
Analytische studies: Opsporen en identificeren van genetische componenten ⇒ Het identificeren van
specifieke genen of genvarianten die gekoppeld zijn aan de eigenschap of ziekte.
- Koppeling vs. associatie:
- Koppeling (linkage): Hierbij wordt gekeken naar genetische markers die dicht bij het
vermoedelijke gen liggen dat verantwoordelijk is voor de eigenschap of ziekte.
Koppelingsonderzoek probeert genetische loci te identificeren die gekoppeld zijn aan de
eigenschap zonder te weten wat het specifieke gen is.
- Associatie: Dit verwijst naar het onderzoeken van de associatie tussen specifieke genvarianten
(zoals SNP's) en de eigenschap of ziekte in populaties. Dit helpt bij het identificeren van
specifieke genen die geassocieerd zijn met de eigenschap of ziekte.
- Familie vs. populatie:
- Familieonderzoek: Bestuderen van genetische overerving binnen families om patronen van
overerving te begrijpen en specifieke genetische componenten te identificeren die betrokken zij
bij een bepaalde eigenschap of ziekte.
- Populatiestudies: Gericht op het bestuderen van een bredere bevolkingsgroep om de
frequentie en distributie van een eigenschap of ziekte te begrijpen en om genetische associatie
op populatieniveau vast te stellen.
Stap 1: Stappenplan
Kijken of er 1. Stamboom opstellen en interpreteren
een genetisch 2. Is de ziekte genetisch bepaald?
component is 3. Stel de ziekte clustert in de familie, toch nog meer informatie nodig zoals:
○ Omgevingsfactoren (alle zieke individuen kunnen bv in dezelfde fabriek hebben gewerkt)
○ Prevalentiecijfer van de ziekte
,Bemoeilijken Verschillende mogelijkheden om een ziekte/eigenschap te krijgen wat het bemoeilijkt om te zien of het een genetisch
vinden component is:
genetisch - De novo mutatie
component - Gereduceerde penetrantie
- Ziekte komt pas op latere leeftijd tot uiting en in de vorige generaties heeft niet iedereen deze aanvangsleeftij
bereikt
Observationele studies
1. Tweelingen Wat: Je verzamelt een groep tweelingen, deze kunnen homozygoot of dizygoot zijn.
studies
Eeneiige tweelingen (MZ): Delen 100% van hun DNA, dus je verwacht dat als de ziekte volledig genetisch is, dat
beide tweelingen ziek zijn. Als de concordantie hoger is bij eeneiige tweelingen dan bij twee-eiige tweelingen, duidt
dit op genetische factoren die de eigenschap beïnvloeden.
Dizygote tweelingen (DZ): Hebben dezelfde omgeving in de baarmoeder, alle factoren zijn dus meer gelijkaardig
dan dat van “normale” broers / zussen.
Concordantie = allebei de tweelingen binnen een paar hebben dezelfde ziekte
𝐴𝑎𝑛𝑡𝑎𝑙 𝑐𝑜𝑛𝑐𝑜𝑟𝑑𝑎𝑛𝑡𝑒 𝑡𝑤𝑒𝑒𝑙𝑖𝑛𝑔𝑒𝑛−𝑝𝑎𝑟𝑒𝑛
- concordantie =
𝑇𝑜𝑡𝑎𝑎𝑙 𝑎𝑎𝑛𝑡𝑎𝑙 𝑡𝑤𝑒𝑒𝑙𝑖𝑛𝑔𝑒𝑛−𝑝𝑎𝑟𝑒𝑛
Discordantie = 1 van de 2 van een tweelingpaar is ziek
Wat als:
➢ Concordantie MZ > Concordantie DZ ⇒ Genetische basis ziekte
○ Monozygote tweelingen delen hun DNA dus wanneer ze beide ziek zijn kan je verwachten dat dit een
genetische basis heeft
➢ Discordantie MZ ⇒ Omgevingsfactoren ook van invloed
○ Als 1 vd 2 monozygote tweelingen van het tweelingpaar ziek is, betekent dit dat dit komt door
omgevingsfactoren, want ze delen 100% van hun DNA
➢ Concordantie DZ > Concordantie sibs ⇒ omgevingsfactoren
○ Als er meer dizygote tweelingen van een paar ziek zijn dan bij “normale” broers en zussen duidt dit oo
op ziekte mede door omgevingsfactoren
Kanttekeningen:
- Kan selectiebias optreden
- Monozygote tweelingen hebben vaak sterker dezelfde omgeving
- Epigenetische oorzaken (bv. DNA methylatie) van discordantie tussen MZ twins
- Somatisch mozaïcisme in 1 vd 2 zygoten
- De novo copy number variation
2. Adoptie Wat: Kinderen die geadopteerd zijn hebben heel andere omgevingsfactoren dan de ouders want de kinderen
studies groeien op in een totaal ander land, andere eetgewoontes, etc. dan hun biologische ouders.
Er zijn 3 scenario’s:
Ouders + biologische kinderen Gedeelde genen en omgeving
Ouders + biologische kinderen die geadopteerd worden Gedeelde genen
Ouders + geadopteerde kinderen Gedeelde omgeving
Wat ga je doen:
Je gaat stambomen opstellen van ouders + kinderen, kan dus bv stamboom zijn van biologische ouders met
geadopteerde kinderen, delen enkel genen. Dan ga je in de stamboom kijken naar overervingspatroon. Als je in dit
vb ziet dat er een duidelijk overervingspatroon zit weet je dus dat het komt door een genetische component
Limitaties:
- Best moeilijk om een voldoende grote groep adoptiekinderen met een bepaalde ziekte te verzamelen
- Kans bestaat ook dat de omgeving van het adoptiegezin niet heel veel verschilt van die van de biologische
ouders
, Voorbeeld stamboom:
Voorbeeld output:
Index cases = personen met schizofrenie
Screened controls = gezuiverde controlegroep adhv vragen
** = p < 0.01 ⇒ significant verschil dat voorkomen van schizofrenie meer voorkomt in de patiëntengroep.
Proportie biologische verwanten hoger dan adoptieve verwanten en significant verschillend tussen % patiënten en
controlegroep ⇒ Obv kan je zeggen dat het genetisch bepaald is
3. Migratie Hoe kun je kijken adhv migratie studies of een ziekte (deels) genetisch is?
studies Stel een deel van een familie gaat migreren en een deel blijft in dezelfde omgeving, is de kans op ziekte na migratie
even groot als in de stad van herkomst?
- Als risico op ziekte gelijk blijft na migratie ⇒ Genetische factor
- Als risico op ziekte anders is na migratie ⇒ Omgevingsfactor
Als je vermoed dat de ziekte een genetische component heeft, moet je de 2e generatie checken!
, Opdracht In de literatuur wordt gezegd dat de vatbaarheid voor infectieziekten zoals TBC en malaria niet alleen afhankelijk is van
omgevingsfactoren maar waarschijnlijk ook van genetische factoren.
Als je zelf zou willen bepalen of de vatbaarheid een genetische component heeft, welke observationele studie zou je
kiezen?
- Familie design
Kijken naar overervingspatroon in stambomen binnen een familie waarin de ziekte voorkomt ⇒ Als er een
duidelijk overervingspatroon is dan weet je dat er een genetische component is (mendeliaanse overerving)
Je kan dan bv de recurrence risk berekenen om te kijken hoeveel meer kans er binnen de familie is om de
ziekte te krijgen tov de algemene populatie
- Tweelingen studies
Door eeneiige tweelingen te vergelijken (die genetisch identiek zijn) met twee-eiige tweelingen (die genetisch
vergelijkbaar zijn met gewone broers/zussen), kan men de mate van overeenkomst in het ontwikkelen van de
infectieziekte beoordelen. Als eeneiige tweelingen een hogere concordantie vertonen dan twee-eiige
tweelingen, wijst dit op een sterkere genetische invloed.
Familiale De vraag of, en in welke mate, een ziekte genetisch bepaald wordt, kan worden onderzocht door studie naar familiale
aggregatie aggregatie.
Familiale aggregatie = Fenomeen waarbij bepaalde ziekten / eigenschappen vaker voorkomen binnen families dan wa
puur op toeval zou worden verwacht. Het wijst op het voorkomen van een bepaalde aandoening of kenmerk binnen
familieleden in hogere mate dan in de algemene bevolking. Dit kan wijzen op genetische een genetische component
recurrence risk ratio 𝞴R = Het risico van een familielid van een ziekte tov de populatie
- De kans dat een bepaalde genetische aandoening of eigenschap opnieuw optreedt in een familie, vooral bij
toekomstige nakomelingen, gebaseerd op de genetische achtergrond van de ouders.
- (𝞴S = Sibling, 𝞴O = Offspring)
𝑅𝑖𝑠𝑖𝑐𝑜 𝑏𝑟𝑜𝑒𝑟/𝑧𝑢𝑠 𝑜𝑚 𝑧𝑖𝑒𝑘 𝑡𝑒 𝑧𝑖𝑗𝑛
𝞴S = , wanneer > 1 kan dit al duiden op clustering van de ziekte binnen een familie
𝑟𝑖𝑠𝑖𝑐𝑜 𝑜𝑝 𝑧𝑖𝑒𝑘𝑡𝑒 𝑖𝑛 𝑑𝑒 𝑝𝑜𝑝𝑢𝑙𝑎𝑡𝑖𝑒
- Het is de kans op het krijgen van de aandoening voor familieleden van een aangetast individu, gedeeld door de
kans op het krijgen van de aandoening in de algemene bevolking.
Als 𝞴R > 1:
- Als de RRR > 1, wijst op familiale aggregatie, ziekte komt meer voor in de familie dan in je zou verwachten ⇒ Dit
suggereert dat genetische factoren een rol spelen bij de overerving van de aandoening.
- Bijvoorbeeld, als de 𝞴R voor een bepaalde genetische aandoening 3 is, betekent dit dat familieleden van een
aangetast individu 3 keer meer kans hebben om dezelfde aandoening te ontwikkelen dan mensen in de algemene
bevolking
Risico broer/zus om ziek te zijn = kans op een genotype in een kind, afhankelijk van de genotypes van beide ouders
Risico op ziekte in de populatie = populatie allelfrequentie ⇒ HWE
HWE De recurrence risk 𝞴S ⇒ Risico op de ziekte in de populatie bepaald door HWE
Allel frequenties en genotype frequenties in de populatie blijven gelijk van generatie op generatie volgens HWE
Formule: p²+2pq+q² = 1
Uitleg: resultaten van at random samengaan van 2 gameten vanuit een gene pool waarin allel A en allel a voorkomen
met frequentie p en q respectievelijk
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller yarameijs2001. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $12.12. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
56326 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now