Summary
Samenvatting DT1 META
- Course
- Institution
- Book
Een samenvatting van de hoofdstukken 1 t/m 4, 6 t/m 10 en 14 t/m 16.3 van biochemistry die zijn behandeld voor het eerste deeltentamen.
[Show more]
Connected book
Book Title:
Author(s):
- Edition:
- ISBN:
- Edition:
More summaries for
-
Uitgewerkte Leerdoelen Metabolisme en Biochemie DT1
-
Biochemistry-Glucose metabolism
-
Biochemistry-Electron Transport Chain
Seller
Followingehoogland
Content preview
Hoofdstuk 11.1
Organismen bestaan voornamelijk uit waterstof, zuurstof en koolstof
Koolstof als bouwsteen:
o Vormt sterke koolstof-koolstofbindingen, wat stabiele, grote moleculen mogelijk maakt
o Levert bij verbranding meer energie dan silicium
o Koolstofdioxide is oplosbaar in water en blijft in biologische kringlopen aanwezig.
1.2
4 hoofdklassen: eiwitten, nucleïnezuren, lipiden en koolhydraten
Eiwitten: opgebouwd uit aminozuren die verbonden zijn door peptidebindingen (gevormd door
dehydratie), hebben verschillende functies:
o Signaalmoleculen
o Receptoren
o Structurele rol
o Verdediging
o Katalysator: enzymen die chemische reacties versnellen
Nucleïnezuren: opgebouwd uit nucleotide, elk nucleotide bevat:
o Een suiker (deoxyribose of ribose)
o Een stikstofhoudende base (adenine, cytosine, guanine, thymine of uracil)
o Minstens 1 fosfaatgroep
Lipiden: opslag en cel barrières
o Hebben een hydrofiele kop(oplosbaar in water) en hydrofobe staart(onoplosbaar in
water) waardoor ze barrières kunnen vormen zoals celmembranen
Koolhydraten: brandstof en informatiedragers(herkenningssites)
o Opslagvorm: glycogeen bij dieren en zetmeel bij planten
1.3
Centrale dogma: DNA -> RNA -> eiwitten
o DNA: DNA kopiëren wordt gekatalyseerd door DNA-polymerasen
o Transcriptie: DNA -> RNA, uitgevoerd door RNA_polymerase
o Translatie: RNA -> eiwitten, via ribosomen
1.4
DNA bevat het genoom, dat is georganiseerd in genen
Cel:
o Plasmamembraan: scheidt de cel van de omgeving, is selectief permeabel voor de
meeste stoffen(komt door eiwitten)
o Cytoplasma: binnenste substantie van de cel, vinden biochemische processen plaats
Cytoskelet: actine filamenten, intermediaire filamenten en microtubuli
o Celwand(in planten): voor bescherming, bestaat vooral uit cellulose
o Nucleus: dubbel-membraan, informatiecenter
Membraan bevat poriën die transport mogelijk maken
o Mitochondriën: bevat 2 membranen(buitenste en binnenste)
Hiertussen zit intermembraan ruimte
, Generatie van ATP
o Chloroplast(in planten): dubbel membraan, zet zonlicht om in chemische
energie(fotosynthese)
o Endoplasmatisch reticulum: membraanzakken
Glad ER: processing van exogene chemicaliën
Ruw ER: ribosomen aan cytoplasma kant – synthese van eiwitten
Chaperonnes: helpen bij 3D-vouwing van eiwitten
o Golgi complex: transport vesicles van ruw ER gaan naar Golgi complex en fuseren hier –
verdere processing(carbohydraten toegevoegd)
o Secretoire granules(zymogen granule): vesicle met eiwitten van het Golgi systeem
richting het celmembraan en fuseert hier en dumpt inhoud(exocytose)
o Endosoom: materiaal wordt in de cel opgenomen door instulping van het
plasmamembraan (endocytose)
o Lysosymen: organellen gevuld met spijsverteringsenzymen en kunnen na fusie zorgen
voor afbraak van materiaal
Verschil eukaryoten en prokaryoten:
o Eukaryoten: membranen rondom organellen
o Prokaryoten: missen de membranen rondom organellen
Hoofdstuk 2
2.1
Brownian motion: kleine deeltjes in een vloeistof/gas bewegen willekeurig door de botsingen met
moleculen van die vloeistof/gas
o Moleculen in de omgeving zijn in beweging door de thermische energie van de omgeving
o Water fungeert als een soort smeermiddel
2.2
Zuurstof is een elektronegatief elementen: de elektronen in de bindingen brengen meer tijd door
bij het zuurstofatoom dan bij de waterstofatomen -> hierdoor is water een polair
molecuul(zuurstof δ− en waterstof δ+)
o Waterstofbrug: waterstofatomen van ene watermolecuul gaan een interactie aan met de
licht negatieve zuurstofatomen -> cohesie van water
Hydrofobe effect: niet-polaire moleculen lossen niet op in water
2.3
Covalente koolstof-waterstofbinding: 418 kJ/mol
Niet-covalente interacties
o Ionische bindingen: krachten tussen verschillende elektrische ladingen op atomen
k q 1 q2
Wet van Coulomb: E= waarbij E=kracht, q = lading, r = afstand,
rD
D=diëlektrische constante(sterkst in vacuüm, D=1) en k=constante
Afstand voor maximale bindingssterkte is 3 Å
o Waterstofbruggen: wanneer waterstof covalent
gebonden is aan een elektronegatief atoom zoals
zuurstof of stikstof – elektronen van waterstof
sterker aan getrokken – ongelijke verdeling van
lading – waterstof kan met ander atoom binden
, Energie van waterstofbrug: 8-20 kJ/mol
Afstand: tussen 1.5 en 2.6 Å
Stabilisatie van DNA
o Van der Waals interacties: door tijdelijke asymmetrie in de elektrische lading van een
atoom – gedeeltelijke positieve en negatieve lading – aantrekking tussen atomen
Sterker naarmate atomen dichterbij komen, tot ze afstand van 3-4 Å bereiken
2-4 kJ/mol
2.4
2e wet van thermodynamica: de totale entropie (mate van wanorde) van een systeem en zijn
omgeving neemt altijd toe in een spontaan proces
o Hydrofobe effect: neiging van niet-polaire moleculen om zich in water te groeperen, wat
resulteert in een afname van de entropie van het water(maar entropie van systeem
neemt toe)
Fosfolipide zijn amfipatisch: ze hebben een hydrofiele kop en een hydrofobe staart
o In contact met water resulteert dit in de vorming van membraan met een hydrofiele
buitenkant en een hydrofobe binnenkant, dit wordt gestabiliseerd door van der Waals-
interacties tussen hydrofobe staarten
o Bij vouwen van eiwitten komen hydrofobe aminozuren in het binnenste van het eiwit
terecht – interageren met elkaar – stabilisatie van 3D structuur van het eiwit
, 2.5
Keq = [producten]/[reactanten]
pH = -log10[H+]
pH + pOH = 14
K a =¿ ¿
o Hoe groter de Ka, hoe sterker het zuur
Buffers: weerstaat veranderingen in de pH van een oplossing, houdt de pH dichtbij de pKa van het
zuurcomponent van de buffer ondanks toevoegen van protonen of hydroxide-ionen
Hoofdstuk 3
3.1 Proteins are built from a repertoire of 20 amino acids
α-aminozuur: centraal koolstofatoom(α koolstof) gebonden aan een aminogroep, een carbonzuur
en een zijketen(R-groep)
o Aminozuren kunnen voorkomen in 2 spiegelbeeldvormen: L-isomeer en D-isomeer
L-aminozuren komen voor in eiwitten, waarschijnlijk door betere oplosbaarheid
o Aminozuren bestaan bij neutrale pH voornamelijk als dipolaire ionen(zwitterionen):
aminogroep (NH3+) is geprotonneerd en de carboxylgroep (COO-) gedeprotonneerd
Bij een lage pH(pH=1) is er NH3+ en COOH
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller ingehoogland. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $8.17. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
56326 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now