Samenvatting - Cel IV : Moleculaire biologie en genetica
0 view 0 purchase
Course
Cel IV : Moleculaire biologie en genetica
Institution
Universiteit Gent (UGent)
Samenvatting moleculaire biologie (cel IV). Het bevat zowel de info uit de cursus (van Sarah Gerlo & Bert Callewaert) en de powerpoints + afbeeldingen ter verduidelijking.
OH-groep op 3’C van pentose reageert met fosfaatgroep op 5’C van
pentose ander nucleotide
Vorming fosfodiësterbinding (covalente binding zeer stabiel)
Eliminatie van 1 molecule water en 2 fosfaatgroepen (pyrofosfaat)
5’-3’ polariteit
Na vorming binding: 1 zuurstof van de fosfaatgroep is nog negatief
geladen
,Maat voor lengte van dubbelstrengig DNA = aantal basenparen (bp)
Korte enkelstrengige DNA moleculen = oligonucleotiden
2.2 Secundaire structuur
Zwakke krachten
- Waterstofbruggen tussen basen van 2 complementaire DNA
strengen
H atoom wordt gedeeld door 2 elektronegatieve atomen
Dragen bij aan stabiliteit dubbele helix
Basenparing tussen A-T en C-G = ‘watson-Crick’ of
complementaire basenparing
Tussen A-T 2 H-bruggen
Tussen C-G 3 H-bruggen
Basen zijn apolair slecht oplosbaar in water
Eens basen zijn ingebouwd in nucleotide, wel polair
DNA-helix: gepaarde, relatief vlakke basen hebben de neiging om zich op
elkaar te stapelen = base stacking
Verdrijven van watermoleculen uit binnenste van de dubbele helix
Hydrofobe basen zijn dicht op elkaar gestapeld stabilisatie door
elektrostatische interacties (VdW)
Zwakke krachten ontstaan doordat elektronen constant in beweging zijn
en de atomen kleine asymmetrie in lading bezorgen
Lading fluctueert doorheen tijd
Glycosidische bindingen verbinden de basenpaar met deoxyribose
suikers
Liggen niet perfect tegenover elkaar
Suiker-fosfaatruggengraten liggen niet op gelijke afstanden van
elkaar liggen
Grote groeve van de helix: rol in sequentiespecifieke interacties
tussen DNA en eiwitten
eiwitten lezen chemische informatie in de groeve af
N- en O-atomen van de basen in de grote groeve kunnen H-
bruggen aangaan met de zijketens van de AZ van DNA-
bindende eiwitten
kleine groeve van de helix: minder chemische informatie; minder
vaak specifieke eiwit-DNA interacties
,KENMERKEN SECUNDAIRE DNA (Watson en Crick)
- DNA = dubbelstrengige helix (door H-bruggen samengehouden) A –
T en C – G
- DNA helix is rechtshandig
- Helix is anti-parallel = 5’ uiteinde ene streng is gepaard met 3’ van
complementaire streng
- Basenparen en buitenranden van de basen zijn betrokken in H-
bruggen
Zodat DNA interacties kan aangaan met ander moleculen
(voor transcriptie en translatie)
2.3 Denaturatie en renaturatie
Denaturatie = DNA strengscheiding
DNA verwarmen: H-bruggen verbroken tussen basenparen
Fosfodiësterbindingen blijven intact
Wordt spectrofotometrisch gemeten
o Basen absorberen UV licht bij λ = 260 nm
o Absorptie bij enkelstrengig DNA is 2 maal sterker dan bij
dubbelstrengig DNA
o Tijdens smelten neemt capaciteit om UV licht te absorberen
toe = hyperchromiciteit
Smelttemperatuur (Tm) = waarbij de helft van de basenparen in een
dubbelstrengige DNA gedenatureerd zijn
o Bepaald door G – C gehalte
Ook door zoutconcentratie te verlagen: minder kationen aanwezig
om de negatieve lading van de fosfaatgroep te neutraliseren
o Ruggengraten van de 2 DNA stengen gaan elkaar afstoten
o DNA kan bij lage temperatuur denatureren
Hoge PH
Organische solventen
Renaturatie = annealing
Afkoelen: complementaire DNA strengen zullen elkaar terug vinden
en nieuwe dubbele helix vormen
2 complementaire DNA strengen van verschillende oorsprong laten
basenparen = hybridisatie
Snelheid is afhankelijk van de oorspronkelijke DNA concentratie
Renaturatiesnelheden vergelijken: ‘cot’curves
o Humaan DNA verschillende buigpunten want mengsel van
verschillende types DNA
Hoog repetitief
Gemiddeld repetitief
, Uniek DNA
o Bacterie (E. Coli) geen repeterende sequenties
o Sequenties die verschillende keren voorkomen in DNA mengsel
meer kans op terugvinden complement lagere Cot-
waarde
2.4 tertiaire structuur
Lange DNA moleculen makkelijk omwentelingen bijkrijgen of verliezen
Door lokaal ontwinden van DNA dubbele helix tijdens replicatie
Door binding van DNA aan bepaalde eiwitten
Indien de uiteinden van de eiwitten niet vrij kunnen bewegen:
torsionele stress en extra windingen
= supercoiling
Circulair DNA = 2 cirkels enkelstrenig DNA die om elkaar gedraaid zijn
Positieve vs negatieve supercoiling
DNA eukaryoten dubbele helix is 2x in linkshandige spiraal rond
nucleosoom gewonden = negatieve supercoiling DNA
Gestabiliseerd door zwakke interacties tussen DNA en DNA-bindende
eiwitten
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller nicapaulien. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $13.27. You're not tied to anything after your purchase.
