Samenvatting van alle slides en notities voor het vak Bio-informatica gegeven in de 2de bachelor Biomedische Wetenschappen. Door dit document te gebruiken op het examen behaalde in een 18/20. Achteraan bezit het ook uitwerkingen van de oefenzittingen. Zeer handig document om te gebruiken tijdens he...
=> Opzoeken van een gen, gen structuur annotatie
• Klikken op juiste gen in de lijst (kan filteren op organismen)
• Inhoud:
• Samenvatting
• Visualisatie van de locatie van het gen
o Elk verschillend lijntje is een andere isovorm van het gen (kan tot andere eiwitten lijden) en heeft
een andere NM identifier en een andere NP identifier
o Donker gekleurde blokjes = coding sequences
o Licht gekleurde blokjes = UTR
o Licht gekleurde lijntjes = intronen
• Expressie van het gen (welke organen/weefsels)
• Bibliografie (artikels uit PubMed gelinkt aan het gen)
• Geassocieerde ziekten
• Pathways
• Gene Ontology
• Refseq identifiers van al de mRNA’s en de bijhorende proteïnes (met link naar entrez nucleotide) -> hier
staat voor hoeveel verschillende proteïnes het gen codeert.
• mRNAs/CDS/exon/intron features
=> databank die vol zit met nucleotide sequenties & alle mRNA’s
• Samenvatting: header
• Publicaties
• Features:
o Lengte
o Exon per exon: mRNA -> zegt waar de coderende regio’s liggen, waar de aparte exonen gelegen zijn
o CDS (van welk tot welk nucleotide de effectieve code van het gen zit -> alles hiervoor = 5’UTR en
alles hierna is 3’UTR tov de totale lengte van het gen)
o Poly A site
o Eiwitsequentie
• Onderaan mRNA sequentie: nucleotiden sequentie
• Downloaden FASTA
o Send to (rechts bovenaan)
o Complete record
o File
o Format: FASTA (enkel sequentie) of GENBANK (header + al de features + sequentie) -> flat tekst file
zijn beide
3
, ENTREZ PROTEIN (NCBI): HTTPS://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/PROTEIN
=> databank die vol zit met proteïne sequenties
• Samenvatting
• Publicaties
• Features:
o Delen van het eiwit met bepaalde functies (bijvoorbeeld opzoeken DNA bindingsplaats !kan
verschillend zijn in elke isovorm van het gen)
• Onderaan aminozuur sequentie
3D STRUCTUREN ENTREZ STRUCTURE (NCBI):
HTTPS://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/STRUCTURE/INDEX.SHTML
• Zien van 3D structuren van eiwitten
=> zelfde informatie als in NCBI maar een Europese back-up
• Gene and protein summary
• Link naar ENSEMBL
• DBFETCH: kan je met deze link meteen direct de FASTA file gaan extraheren als je dit mee in je code steekt
als commando
o http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?
db=refseqn;id=NM_005225.3;format=fasta&style=raw
o Kan je gewoon in zoekbalk vanboven ingeven & dan heb je meteen een txt file in je browser
o Je kan format als fasta (= enkel nucleotide) kiezen of als default (= alle informatie)
ENA (TEGENHANGER ENTREZ NUCLEOTIDE): HTTPS://WWW.EBI.AC.UK/ENA/BROWSER/HOME
=> overnacht back-up van entrez gene
• Enkel gebruiken als entrez gene niet werkt.
• Accession number: U… (kan ook ingevoerd worden in Entrez nucleotide)
• Hier haal je EMBL formaten van
• Onderaan artikel bij ‘related information’ staat Refseq voor vernoemde genen en proteïnes.
UNIPROT: HTTPS://WWW.UNIPROT.ORG/
=> onderaan Entrez gene onder NM en NP identifiers ook identifier voor uniprot (P…)
• Functie eiwit
• Heel veel informatie over het eiwit
• Downloaden via knop download
o Tekst -> zoals Embl en genbank formaat
o Fasta file
o GFF -> 9 kolommen: eiwit ID, bron, start, stop, en note in de laatste kolom
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller flowerbiomed. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $12.86. You're not tied to anything after your purchase.
