Summary
Samenvatting Genetica
- Course
- Institution
Samenvatting genetica (prof. Poppe) Contacteer me gerust voor de Word-versie na aankoop!
[Show more]
Seller
Follow
dsaunder
Reviews received
Content preview
Deborah SaundersHoorcolleges
1. basisgenetica
2. genoomdiagnostiek
3. oncogenetica
4. bindweefselaandoeningen
5. andere belangrijke genetische aandoeningen
6. zeldzame aandoeningen en exoomdiagnostiek
PGO
1. verloskunde en genetica
2. pediatrie en genetica
BASISGENETICA
HET HUMAAN GENOOM PROJECT (HGP)
- doelstelling internationaal initiatief (1990): bepalen sequentie totale
- humane genoom vóór 2005
- intiële ‘working draft’ sequentie: 2001
- ‘finale’ sequentie: 2003
- lokalisatie en identificatie van de 25 à 30.000 humane genen
1. Hierarchical shotgun sequencing
- Genoom verknipt met resrictie-enzymes → grote fragmenten
- Gekloneerd in stabiele vectoren
- Clones verknipt in kleinere fragmenten
- Sequeneren
➔ Zeer arbeidsintensief, maar positie gesequeneerde fragmenten bijzonder nauwkeurig
2. Whole genome shotgun sequencing
- Volledige genoom onmiddellijk opgesplitst in kleinere fragmenten
➔ Minder intensief, maar bioonformatische ondersteuning veeleisend
Humaan genoom
- totaal: 3 miljard bp, ~20.000 genen ~100.000 eiwitten
- gensequenties: ~5%
o exonen: 1.5%
o intronen: 3.5%
- chromosoom 1: 250Mb
- chromosoom 22: 50Mb
- gen: gemiddeld 3.000 bp
- functie van ~50% van de genen is onbekend
- ‘junk’ (afval) DNA: ~95%
- ‘repeats’ (herhalingen): >50%
- lage variabiliteit: 99,9% identiek tussen individuen
- variatie: op 10 miljoen plaatsen mogelijk (SNPs) (1/300 bp)
1
, Deborah Saunders
o gemiddeld: 3 miljoen SNP verschillen tussen 2 individuen
Niet-coderende genen
- miRNA's: korte RNA fragmenten die kunnen binden op andere RNA's --> geven aanleiding tot
afbraak van dat transcript. Gelijkenis in sequentie. Neerregulatie van bepaald gen, transcript
- lncRNA's: komen tussen in heel wat processen van transcriptionele regulatie (actief/ niet
actief)
Intron begint met GT en eindigt met AG → Eiwitten gaan deze sequenties herkennen → exonen zijn
coderend!
GENETISCHE BASIS VAN ZIEKTE
Cytogenetische afwijkingen
- chromosomale herschikkingen
- ~10Mb
- karyotypering
Moleculair cytogenetische afwijkingen
- submiscropscopische chromosoom aberraties
- ~100Kb
- FISH, arrayCGH
Moleculaire afwijkingen
- ‘mutaties’
- ~1bp
- mutatie-analyse – sequenering
MUTATIES IN HET HUMAAN GENOOM
Puntmutaties
- missense mutaties: aminozuursubsitutie
- nonsense mutaties: stopcodon → vaak afgebroken: nonsense-mediated mRNA decay
- frameschift mutaties: PTM
- splice site mutaties:
o inactivatie van een donor of acceptor site
o activatie van een cryptische splice site
Deleties & inserties
- 1bp tot volledig gen
- ‘in frame’ of ‘out of frame’
o In frame hoeft niet pathogeen te zijn, soms polymorfisme
o Out of frame: altijd pathogeen!!
Triplet repeat expansies
- triplet repeats – (CAG)n, (CGG) n, (CTG) n, ...
o Repeats voor of na coderende gedeelte
o 5'UTR voor coderende gedeelte (UTR staat voor untranslated region) --> bepaalt
promotor of genacitviteit vb. Fragile X-syndrome
2
, Deborah Saunders
o 3'UTR na coderende gedeelte (stabiliteit transcript) vb. myotone dystrofie
o In coderende gedeelte vb. polyglutaminestaart in Huntington disease
- dynamische mutaties: onstabiel (meiotisch en/of mitotisch)
- Huntington, neurodegeneratieve aandoeningen...
- Geassocieerd met anticipatie
- Fenotype erger in komende generaties (jonger, erger...) Want onstabiel --> worden groter bij
elke generatie
EFFECT VAN MUTATIES OP EIWITFUNCTIE
Vb. Loss of function → Alfa-thalassemieën, enzymopathieën, inactiverende mutaties CFTR-gen, OI
Vb. Gain of function mutaties → Trisomie, achondroplasie, sikkelcelanemie
3
, Deborah Saunders
DE MOLECULAIRE BASIS VAN MONOGENISCHE AANDOENINGEN
GENETISCHE DEFECTEN IN STRUCTUUREIWITTEN: OSTEOGENESIS IMPERFECTA
Tot deze groep behoren o.m. erfelijke ziekten die het gevolg zijn van defecten in structuureiwitten van
het bindweefsel zoals collageen (Osteogenesis Imperfecta, het syndroom van Ehlers-Danlos) en
fibrilline (het syndroom van Marfan). De meeste van deze “erfelijke bindweefselaandoeningen”
worden autosomaal dominant overgeërfd.
- Type I: milde vorm
o Wisselend aantal fracturen, blauwe sclerae, normale lichaamslengte of geen
botmisvorming, gehoorsdaling, dentinogenesis imperfecta
o Autosomaal dominant
- Type II: perinataal lethale vorm
o Doodgeboorte of sterven na geboorte
o Beenderen ernstig misvormd en verkort
o Gedisproportioneerd klein gestalte en grote schedel (zeer week), platyspondylie
o Nieuwe, “dominante” mutatie
- Type III: ernstig deformerende vorm
o Ernstige botbroosheid, te kleine gestalte (dwerggroei), misvorming beenderen vooral
OL en bekken
o Sclerae wit of blauw, vaak dentogenesis imperfecta, gehoorsverlies
o Scoliose, rolstoelgebonden, beperkte levensverwachting
o Meestal tgv nieuwe, “dominante” mutatie
- Type IV: matig ernstige vorm
o matig ernstige botbroosheid, beendermisvormingen en te klein gestalte
o Witte sclerae, meestal dentinogenesis imperfecta, soms gehoorsverlies
o Meestal hyphoscoliosis
➔ Voorzichtige mobilisatie om ontkalking en osteoporose te voorkomen
➔ Ook: bindweefselaantasting, dunne huid, slechte wondheling met verstoorde
littekenvorming, vaatbroosheid (spontane ecchymosen), lies- en navelbreuken,
hyperlaxiteit, prolaps hartkleppen
➔ Herhalingsrisico wanneer reproductie mogelijk (mild en matig ernstig): ½ of 50%
➔ Type II en III (lethale en ernstige vorm) meestal tgv nieuwe dominante mutatie, dus
herhalingsrisico laag, maar mogelijkheid germinaal mozaïcisme!
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller dsaunder. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.82. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
72042 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now