Summary
Samenvatting colleges Microbial Evolution and Ecology
- Course
- Institution
Samenvatting van alle colleges van het vak Microbial Evolution and Ecology. Veel uitleg met afbeeldingen.
[Show more]
1 review
By: cmkolmeijer • 3 year ago
Seller
Follow
huijkelomloes
Reviews received
Content preview
SamenvattingMICROBIAL
EVOLUTION &
ECOLOGY
,INHOUD
- College 1: Microbial diversity p.2
- College 2: Mechanisms of diversity p.6
- College 3: Virus Ecology p.10
- College 4: Protists p.14
- College 5: Plasmids p.16
- College 6: Antimicrobial Resistance p.19
- College 7: Transformation p.22
- College 8: Phage p.25
- College 9: Experimental evolution p.29
- College 10: Microbes and medicine p.33
- College 11: Plant/Microbe interactions p.36
- College 12: Symbiosis p.39
- College 13: Insect Symbionts p.42
- College 14: Microbiomes plants p.44
- College 15: Microbiomes animals p.46
1
,College 1: Microbial diversity
Drivers and consequences of soil microbial diversity
Inleiding
Welke processen worden uitgevoerd door microben?
Aandrijven van biogeochemische kringlopen en het recyclen van nutriënten.
Afbraak van organisch materiaal.
Voorkomen van ziektes.
Antagonist van pathogenen (ziekteverwekkers)
Zuiveren van water en het reinigen van de omgeving.
Reeks van symbiotische interacties.
Het behouden van de bodemstructuur.
Hoeveel microben zijn er? 1030 microbiële cellen op aarde.
De aarde bevat meer microbiële cellen dan menselijke cellen.
Aarde: een microbiële planeet
De aarde is door organismen,
specifiek micro-organismen, zo
gevormd dat men er kan leven.
Microben en plantmicroben
interacties reguleren het klimaat van
de aarde.
3 biljoen jaar lang bestonden er
alleen maar microben op de aarde.
Cyanobacteriën zorgde voor de influx
van zuurstof.
The extent of life
Microben kunnen in extreme
omstandigheden (over)leven.
Zie rechts het verschil met eukaryoten
2
, The three domains
of life bestaan uit:
Bacteria, Archea en
Eukaryoten
Waarom weten we zo weinig over de ecologie van microben?
Ze zijn erg klein, zonder microscoop zijn ze niet te zien.
Het is erg moeilijk om soorten van elkaar te onderscheiden.
Het is erg moeilijk om de individuele activiteiten van de microben te meten.
Ze zijn erg divers.
De meerderheid kan niet gecultiveerd worden in het lab.
Grote doorbraken en trends in microbiële ecologie:
Ontdekking dat microben bestaan.
Ontdekking dat microben verantwoordelijk zijn voor veel activiteiten.
Cultivatie en karakterisering van microben.
Het gebruik van moleculaire methodes om microbiële populaties te karakteriseren.
Carl Woese introduceerde ‘the three domains of life’
Human genome Project
Sequencing van menselijk genoom
Maar ook van veel microben.
Metagenomica = de studie van rechtstreeks uit omgevingsmonsters gewonnen
genetisch materiaal.
Evolutie van DNA sequencing:
Sequencing wordt exponentieel goedkoper en sneller
454
Illumina
Ion Torrent
Microbial Diversity
Microben soorten bepalen:
Onmogelijk via de morfologie of het fenotype.
70% DNA kruis-hybridisatie wanneer het DNA van 2 organismen ‘gesmolten’
wordt en daarna bij elkaar wordt gedaan en het voor 70% correct is, worden de
organismen als 1 soort gezien.
Moleculaire studies gebruiken 16S RNA gensequenties voor identificatie.
Genomische studies kijken nu ook naar het aantal genen die organismen gemeen
hebben.
Diversiteit:
Alpha diversiteit: aantal soorten in een sample.
Beta diversiteit: de diversiteit tussen samples.
‘Evenness’: hoe eerlijk zijn soorten verdeeld.
Fylogenetische diversiteit: de fylogenetische afstand tussen de geobserveerde
sequenties.
‘Coverage’: Het geschatte deel van de totale diversiteit van een gemeenschap je in je
dataset hebt.
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller huijkelomloes. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.03. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
84251 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now