Summary
Samenvatting Microben
- Course
- Institution
Samenvatting van alle hoorcolleges van het vak Microben. Met deze samenvatting haalde ik een 8 voor het vak.
[Show more]
Seller
Follow
Chantalhetjes
Content preview
MicrobenDeel 1: bacteriën, archaea en bacteriofagen
Inleiding en overzicht
MRSA: methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
Het is een bacterie die infecties kan veroorzaken in verschillende delen van het lichaam. Deze
infecties zijn moeilijker te behandelen, omdat deze bacterie resistent is voor de meest voorkomende
antibiotica.
Bacteriële ziekten bij mensen:
Builenpest Yersinia pestis
Cholera Vibrio cholerae
Longontsteking Streptococcus pneumoniae
Tuberculose (TB) Mycobacterium tuberculosis
Voedselvergiftiging Salmonella typhimurium en Escherichia coli
Maagzweer Helicobacter pylori
Gonorroe Neisseria gonorrhoeae
Veteranenziekte Legionella pneumophila
Hersenvliesontsteking Haemophilus influenzae
Miltvuur (antrax) Bacillus anthracis
Bacteriële ziekten bij planten:
Citrus kanker Xanthomonas citri
Ziekte van Pierce Xylella fastidiosa
Panama disease Fusarium oxysporum
Aardappelziekte Phytophthora infestans
Schimmels kunnen ook voor infecties zorgen:
Candida albicans:
Dit is een schimmel die voorkomt in de mond en in het vaginale deel van de lichaam en kan zorgen
voor een opportunistische infectie. Dit is een infectie die kan optreden bij mensen met een
verminderde afweer, als iemand ziek is en verzwakt is ten opzichte van de normale toestand.
De belangrijkste eukaryote pathogen zijn eukaryote protozoa (human parasites):
Plasmodium falciparum: Dit is een eencellige protozoa en de dodelijkste soort van plasmodium die
malaria veroorzaakt bij mensen.
Slaapziekte Trypanosoma brucei
Leishmaniasis Leishmania major
Tobacco mosaic disease wordt veroorzaakt door een virus en niet door een bacterie. Dit is ontdekt,
omdat het door een filter kan, waar bacteriën niet doorheen kunnen.
Virusinfecties bij mensen:
Hepatitus
HIV
Dengue
Polio
Measles
,Louise Pasteur was de eerste persoon die vaccinatie ontwikkelde die gebaseerd was op afzwakking:
vaccine attenuation: dit is een vaccine die er voor zorgt dat de ziekteverwekker minder schadelijk
wordt, maar nog wel steeds kan leven. Dit wordt ook wel immunisatie genoemd.
Voordelen van microben:
Saccharomyces cerevisiae wordt gebruikt voor het maken van bier.
Zymomonas mobilis wordt gebruikt voor het maken van Mexican Pulque.
Lambic beers en sourdough bread ontstaan door een mix van schimmels een lactic acid bacteriën
Tempeh wordt gemaakt door Rhizopus oligosporus.
Natto wordt gemaakt door Bacillus subtilis.
Essentiële rollen van microben:
Symbiose vindt o.a. plaats bij stikstof fixatie. Bacteriën zorgen ervoor dat stikstof wordt gefixeerd tot
nutriënten die planten kunnen gebruiken. Zoals rhizobium = Een stikstofbindende bacterie die veel
voorkomt in de bodem, vooral in de knollen van vlinderbloemigen, en de schimmel mycorrhiza fungi.
Korstmos is een symbiose tussen een plant en een schimmel. Dus tussen een alg en een schimmel.
De alg zorgt voor voeding en de schimmel zorgt voor bescherming en de vorm.
In de darmen vindt er ook symbiose plaats tussen de darmen en bacteriën.
Bacteriën maken ook biofuels, vitamines en enzymen. Ze worden dus gebruikt in de biotechnologie.
Flemming: hij ontdekte dat de schimmel Penicillium bacteriën doodde. Zo is de eerste antibiotica
ontstaan, namelijk penicilline.
De bacteriële cel
Microbial Scale:
Prochlorococcus marinus = 0.4 qm
Staphylococcus aureus = 0.9 qm
Escherichia coli = 2.5 qm
Bacillus megaterium = 4 qm
Red blood cell = 8 qm
Paramecium = 100 qm
Antonie van Leeuwenhoek was handelaar in stoffen. Hij wilde kijken hoe de weefstructuur in stoffen
was. Hij was de eerste persoon die bacteriën kon bekijken.
Hooke was de eerste persoon die een microscoop had gemaakt. Hooke heeft de naam “de cel”
bedacht.
Er zijn drie types bacteriën:
- bacilli (staalvormig)
- cocci
- spiral
Lichtmicroscoop:
De golflengte moet kleiner of gelijk zijn aan wat je wilt gaan bekijken. Bacteriën zitten tegen de
resolutie aan van lichtmicroscopen, dat maakt ze zo lastig om te bekijken.
Bij een bright field gaat het licht niet door de lens heen, en daardoor verlies je wat licht. Met behulp
van oil emersion gaat het licht wel door de lens, en verlies je daardoor minder licht. Zo kan je
bacteriën (en andere dingen) beter bekijken.
,Je kan een gramkleuring (gram-stain) uit voeren. Het principe is dat het werkt met de dikte van de
celwanden van bacteriën: Grampositieve bacteriën hebben een dikke celwand en daardoor zijn deze
bacteriën beter te zien. Gramnegatieve bacteriën hebben daarentegen een dunnere celwand en zijn
daardoor minder goed te zien.
Negative-stain: kleurt de achtergrond waarop bacteriën liggen, zodat deze bacteriën beter te zien
zijn.
DAPI is een fluorescerende kleurstof die vooral aan chromatine bindt. DAPI zendt een cyaanblauw
licht uit, dus wanneer genoeg DAPI aan chromatine gebonden is wordt, in een celcultuur, het
chromatine zichtbaar als blauw lichtgevende structuren. Vanwege deze eigenschap wordt er in de
fluorescentiemicroscopie veel gebruikgemaakt van DAPI.
Immunofluorescence: je gebruikt primaire en secundaire antilichamen. Het primaire antilichaam is
gericht tegen het specifieke eiwit en het secundaire antilichaam is gericht tegen het primaire
antilichaam. Als je een eiwit zoekt, en het bevindt zich op een plek waar veel celdeling is, dan heeft
de cel hoogstwaarschijnlijk een functie wat een onderdeel is van de celdeling.
GFP (green fluorescent protein) is eiwit wat groen fluoresceert als je er blauw licht op schijnt. Dit
eiwit wordt gebruikt om de lokalisatie van andere eiwitten op te sporen.
Daptomycin zorgt ervoor dat de lokalisatie van eiwitten aan membranen verstoord wordt: ze laten
los van het membranen en komen zo in het cytoplasma terecht, waar ze hun functie niet meer
kunnen uitvoeren.
Phase contrast microsope: een microscoop waarbij geen kleuring nodig is om objecten te kunnen
zien.
Elektronenmicroscoop:
TEM: TEM maakt het mogelijk om hoge resolutie (± 1 nm) opnamen te maken van de innerstructuur
van objecten, bijv. cellen, of van de hele structuur van ultradun materiaal (< 1 µm, zoals virussen en
aggregaten van macromoleculen). Meestal vergt TEM dat het materiaal (bijv. cellen) vooraf gesneden
is in uiterst dunne plakjes en 'gekleurd' is met zware metalen.
SEM: Bij SEM wordt een beeld van de oppervlakte van het object gemaakt. Dat beeld ontstaat
doordat de elektronen die het monster volgens een scanning beweging bombarderen aan de
oppervlakte secundaire elektronen vrijmaken.
Cryo-EM (tomography): Je dompelt het in stikstof, en zo hoeft het niet gefixeerd worden, en krijg je
dus ook geen hardeffecten zoals bij TEM en SEM. Dit is uitgevonden door Jacques Dubochet, Joachim
Frank en Richard Henderson.
Magnetotaxis (magnetotosome): sommige bacteriën hebben een magneet in hun cel. Deze magneet
wordt gebruikt om ervoor te zorgen dat bacteriën de goede kant op gaan. (bijvoorbeeld naar het
zuiden, dus naar de modder, want daar zit weinig zuurstof.)
Cell envelope: de celwand en de celmembraan samen en houdt de inhoud van de bacterie bijeen.
Nucleoid: het hele genoom van een bacterie bij elkaar, zonder dat het omgeven is van een
membraan.
Flagellum: zit vaak aan de cell envelope van bacteriën en zorgt voor de voorstuwing van bacteriën.
Eukaryote en prokaryote celmembranen lijken op elkaar. Eukaryote celmembranen bevatten alleen
ook cholesterol, die prokaryote celmembranen niet hebben. Wel hebben sommige bacteriën
, hopanoids: vergelijke functie als cholesterol, ze zorgen dus dat de vloeibaarheid van het membraan
vermindert.
De celwanden van bacteriën bestaan slechts één groot molecuul. Daarnaast bevatten ze
peptidoglycan lagen: deze lagen zorgen voor de vorm van de cellen.
- Peptidoglycan bestaat uit twee suikerpolymeren (disachariden), namelijk uit N-acetylglucosamine
en N-acetylmuramic (Gluc-Nac).
- De suikerpolymeren zitten verbonden aan 4 of 5 aminozuren.
- De lagen worden gevormd door transglycosilation en transpeptidation.
- Hebben alleen D-alanines: zo worden ze minder makkelijk gezien door proteasen.
- Lipid II is het hele molecuul in zijn geheel. Antibiotica richten zich op deze lipiden.
Grampositief:
- veel lagen peptidoglycan
- kunnen S-layers bevatten: eiwit laag (glycoprotein) die de bacterie verder vormt geeft en de
bacterie beschermt tegen osmose stress
- teichoic acids: bevatten veel fosfaatgroepen
- kunnen een capsule maken: gemaakt van polysachariden en glyoprotein. Dit beschermt de cel
tegen fagocytose.
Gramnegatief:
- één laagje peptidoglycan
- een extra buitenmembraan: bevat poriën zodat nutriënten door de membraan heen kunnen.
- kunnen een capsule maken: gemaakt van polysachariden en glyoprotein. Dit beschermt de cel
tegen fagocytose.
Mollicutes: bacteriesoorten die geen celwand en een S-layer hebben. Dit zijn onder andere de
Mycoplasmas.
Vorm bepalende eiwitten voor celwanden van bacteriën:
- FtsZ: komt bijna bij alle bacteriën vorm en is essentieel voor celdeling: maakt een ringvorm in de
cel, waaraan de celdeling aan vast komt te zitten. Zorgt voor ingroei van de celwand: division
septum. Het is vergelijkbaar met tubulin van eukaryoten.
- MreB: komt alleen maar voor bij staafvormige bacteriën, zorgt ervoor dat peptidoglycan netjes in
de laterale variant gesynthetiseerd wordt. Het is vergelijkbaar met actine filamenten in eukaryoten.
- CreS: zorgt ervoor dat de bacterie krom wordt. Het is vergelijkbaar met intermedaire filamenten.
Bacteriën bevatten geen organellen, maar wel dingen die er op lijken:
- Thylakoids: fotosynthetische membranen (geen chloroplasten)
- Carboxysomes: hier vindt verbranding plaats
- Gas vehicles: dit zijn belletjes in bepaalde bacteriën, ze zorgen ervoor dat deze bacteriën blijven
drijven.
- Storage granules: bevatten PHB en glycogeen voor energy en sulfaat voor verbranding
- Pili: suikereiwitten die ervoor zorgen dat bacteriën vast gaan zitten aan substraten, o.a. sex pili
- Stalks: membraanuitstulpingen
- Nanotubes: uitwisselingen tussen cellen
Een flagel is een staartje dat aan een bacterie zit. Zo’n flagel heeft de functie om er voor te zorgen
dat de bacterie zich voort kan bewegen. De flagel bezit een proton motive force wat hiervoor zorgt.
Verder bestaat een flagel uit monomeer eiwitten: flagellin.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller Chantalhetjes. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.69. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
56326 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now