Samenvatting hoorcolleges GP (genoom tot populatie) Diergeneeskunde
118 views 4 purchases
Course
Van Genoom Tot Populatie
Institution
Universiteit Utrecht (UU)
Zeer uitgebreide samenvatting waarin ALLES van de hoorcolleges is samengevat. Inclusief voorbeelden en plaatjes! Door deze samenvatting te leren en de zelfstudies/werkcolleges te maken heb ik een 8 gehaald!
Hoorcollege 1: DNA als drager van erfelijk materiaal
De structuur van DNA
- Ontdekt door Watson en Crick
- DNA is een polymeer bestaande uit nucleotiden
- De nucleotiden zijn verbonden via fosfodiester bindingen
- De streng is zo georiënteerd dat de buitenkant bestaat uit de fosfaten en suikers
- Nucleotiden bestaan uit 3 onderdelen
- Een base die kan verschillen
- Een suiker (deoxyribose)
- Deze heeft op de 2’ een -H groep
- RNA heeft op de 2’ een -OH groep (ribose)
- Een fosfaat
- De nucleotiden hebben 3 bindingssites
- De suiker- en fosfaatgroep vormen een covalente binding (3’ en 5’)
- De base vormt een niet-covalente binding
Baseparing van de verschillende nucleotiden
- De basen zijn als volgt in te delen:
- Purines → Adenine en Guanine: dubbele ringen
- Pyrmidines → Thymine en Cytosine: enkele ringen
- De baseparing gaat als volgt:
- Thymine + Adenine: ze hebben beide 2 bindingsplaatsen
- Guanine + Cytosine: ze hebben beide 3 bindingsplaatsen
- Er vindt alleen baseparing plaats als de DNA-strengen antiparallel lopen
,Oorzaken geschiktheid dubbelstrengs DNA als drager van genetische informatie:
- De informatie in DNA is dubbel opgeslagen
- Dit maakt het herstellen van fouten mogelijken
- Dit maakt het kopiëren makkelijk
- DNA is door de dubbele helix structuur stabiel en kan veel nucleotiden bevatten en dus veel informatie opslaan
- Door de stabiele structuur kan DNA van vele duizenden jaren oud nog gelezen worden
De informatie in DNA
- DNA is een instructie waarmee een organisme zichzelf kan namaken en in stand houden
- DNA bevat informatie over:
- De samenstelling van componenten van een cel
- DNA, RNA en eiwitten
- De volgorde van maken en hoeveelheid van componenten
- Een structurele/ruimtelijke organisatie
- De informatiedichtheid van DNA wordt lager voor hogere dieren
- Een worm heeft bv. evenveel genen als een zoogdier
- Het zoogdier bevat meer baseparen dan de worm
Algemene informatie DNA
- Het DNA van zoogdieren heeft ongeveer 3 miljard unieke basenparen
- Dit is ongeveer 1 meter lang
- Dieren hebben 20-50 paar chromosomen
- 300-3000 genen per chromosoom
- 104 – 106 baseparen per gen
DNA aflezen
- De 5’ kant = begin = links
Zonder notatie van 5’ en 3’ wordt dus ervan uitgegaan dat links 5’ is en rechts 3’
- De 3’ kant = eind = rechts
- Vaak wordt maar één van de strengen van dubbelstrengs DNA weergegeven
- Dit is de coding streng
- Voorbeeld: wat zit tegenover 5’-ATCCG-3’ ?
- 3’-TAGGC-5’
Definitie genen
- Een gen bevat de informatie voor de samenstelling en regulering van een eiwit of RNA
- Een gen bestaat uit:
- Coderend gedeelte = de samenstelling van eiwit
-Regulerend gedeelte = de hoeveelheid van een eiwit
Oprollen van DNA-strengen
- De DNA-strengen worden om histonen gerold
- Nucleosoom → 1 histoncomplex + DNA eromheen
- Chromatine → totale DNA keten met histonen
- Door de vouwing vormen de DNA strengen chromosomen
,Hoorcollege 2: DNA replicatie
DNA replicatie
- De replicatie vindt plaats tijdens de S-fase van de celcyclus
- Voor de DNA-replicatie zijn deoxynucleotidentrifosfaten nodig
- dATP, dCTP, dGTP en dTTP
- DNA polymerase is het enzym dat de fosfodiesterbinding maakt
- Hiervoor is energie nodig
- Deze energie zit in de pyrofosfaat van de deoxynucleotidentrifosfaten
- De pyrofosfaat valt af om de binding te maken
- DNA polymerase heeft een primer nodig
- De primer zorgt voor een beginstreng met een vrij 3’ (-OH)
- De primer bestaat uit RNA
- Voor het maken van de primer is het enzym primase nodig
- DNA polymerase zet een nucleotide aan de 3’ kant van de primer
- De nieuwe DNA streng wordt dus gemaakt van 5’ → 3’
- DNA polymerase heeft dus een matrijs / template nodig van 3’ → 5’
- De oorspronkelijke DNA streng dient als matrijs voor de nieuwe streng
- DNA polymerase wordt aan het DNA vastgemaakt door het eiwit sliding clamp
- Dit zorgt ervoor dat DNA polymerase gebonden blijft aan de DNA streng
, - De replicatie begint bij de replicatie origine
- DNA wordt hier uit elkaar getrokken
- Hierdoor vormen zich replicatievorken
- Dit wordt gedaan met behulp van initiator eiwitten en helicase
- Zoogdieren hebben meerdere replicatie originen: ze vloeien uiteindelijk samen
- Bacteriën hebben maar één replicatie origin
- De replicatievork is asymmetrisch met een leading en lagging streng
- Vanaf de replicatie origin loopt maar één streng van 3’ → 5’
- De andere streng loopt van 5’ → 3’
- De single-strand binding eiwitten beschermen de lagging streng voordat de replicatie begint
- Op de lagging streng moeten steeds nieuwe primers en stukjes DNA aangelegd worden
- Hierdoor ontstaan Okazaki fragmenten
- Vanaf de replicatie origin zijn 4 polymerases actief
- Twee bij de rechtervork en twee bij de linkervork
- Het koppelen van de Okazaki fragmenten
- Tussen de fragmenten liggen gaten/nicks
- DNA ligase repareert dit gat tussen de 5’-fosfaat en 3’ uiteinde
- Hiervoor wordt energie uit ATP gebruikt
- Het vervangen van de RNA primers
- Nuclease haalt de RNA primers weg
- DNA polymerase maakt op deze plek DNA
- Op het eind ontstaat een gat: DNA polymerase een 5’ fosfaat groep
- De 5’ bevat geen pyrofosfaat meer en dus geen energie
- DNA ligase zorgt ook hier voor een covalente binding
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller dgk2020. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.32. You're not tied to anything after your purchase.
