Bioinformatica samenvatting (alles stap voor stap doen!)
45 views 1 purchase
Course
Bioinformatica (TLSCBID3V17)
Institution
Hogeschool Utrecht (HU)
Book
Canvas omgevingsmanagement
In de samenvatting vind je uitleg over de theorie, de benodigde websites+ de stappen die je moet volgen, maar ook een vragen die mogelijk in de tentamen komen.
De meeste stof komt gewoon uit canvas en is meer duidelijker en beknopt gemaakt.
,Inhoudsopgave
Les 1 de onbekende bacterie................................................................................................................................ 2
Les 2 de bekende bacterie.................................................................................................................................... 2
Les 3 het eukaryote genoom Leerdoelen:............................................................................................................. 4
les 4 de grote vriendelijke server.......................................................................................................................... 6
Deel 2 terminal en filezilla...........................................................................................................................................7
Les 5 knippen en plakken met DNA...................................................................................................................... 9
Les 6 De eiwit code............................................................................................................................................ 12
Les 7 Mutatie analyse......................................................................................................................................... 14
Les 8 Moleculaire Pathways............................................................................................................................... 16
Les 9 De histone code......................................................................................................................................... 19
Les 10 Eiwit-DNA interacties............................................................................................................................... 24
,Les 1 de onbekende bacterie
Leerdoelen:
- Q-value: Elke nucleotide in een chromatogram heeft een betrouwbaarheidsscore. Dit is
de “Q-value” en wordt uitgerekend door de sequencing software.
- De Q-value is gedefinieerd als Q= -10 x log (P) waarin P de kans is dat een nucleotide niet
goed bepaald is. Bijvoorbeeld als de software uitrekent dat er een 10% kans is (of fractie
van 0,1) dat de nucleotide bepaling niet juist is, dan is de Q value van deze nucleotide
10:
Q = -10 x log (0,1) = -10 x -1 = 10
Les 2 de bekende bacterie
Leerdoelen:
1. Uitvoeren van een BLAST analyse
2. Annoteren van DNA-sequenties: Het proces waarbij extra informatie wordt
opgezocht en toegevoegd aan bestaande informatie heet annotatie.
3. Ontwerpen van primers voor kloneren
Wat codeert ons genoom? genen
Hoeveel genen zijn er en waar liggen ze op het chromosoom? Er zijn 20.000 genen en
liggen op chromosomen.
Wanneer zijn deze genen actief en in welke cellen? De omgeving van cellen bepaalt
wanneer genen actief moeten zijn. Dat hangt af van hoe de chromatine gevouwd zijn en
ook van de functie van de cel. Er wordt mRNA afgeschreven en vertaald in eiwit.
Welk deel van een gen wordt vertaald in mRNA? exonen
Welke spliced varianten zijn er van een mRNA? intronsplicing
Welke eiwitten zijn aanwezig in een cel? Enzymen, transcriptiefactoren,
membraaneiwitten, receptoren, hormonen, groeifactoren, cytokinen en chemokinen.
Welke eiwitten vormen functionele complexen? Bv. Cytoskelet; dat bestaat uit
microfilamenten, microtubuli en intermediaire filamenten en MAC uit c5b,6,7,8,9
Wat zijn de post-translational modification (PMTs) van eiwitten? Is verder behandeld.
NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Nucleotide BLAST (onbekende bacteriën), (nucleotide → nucleotide) dit wordt gebruikt om voor
welk gen de onbekende DNA sequentie codeert te weten, DNA sequentie kopieren en plakken
→ de afkorting van het gen wordt tussen haakjes genoteerd (de eerste regel van description).
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
- De "Graphic Summary"geeft de mate van gelijkenis aan met een sequentie in de
nucleotide databank
- De "Descriptions" geeft informatie over de gevonden sequentie.
2
, - De "Alignments" vertoont de gelijkenis op nucleotide niveau, geeft de vergelijking van
de onbekende bacterie sequentie (query) met een sequentie uit de databank (subject)
Voor reverse complement deze website naderen met je sequentie:
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
DNA sequentie kopieren en plakken zonder de fasta regel.
Een accession nummer of een sequence ID, of sequence identifier is een unieke code voor een
DNA sequentie die geannoteerd en aanwezig is in de NCBI nucleotide databank.
Als je op ID klikt krijg je veel inf o.a. aantal bp, aanwezige genen, CDS (coding sequence = is
coördinaten bv. 191-712), region (hier staat de superfamily name)
Bij CDS moet je coördinaten van elkaar aftrekken om het aantal te weten
Primers NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
- Contig2 (forward primer van 5 naar 3) en Contig1-RC (reverse primer van 3 naar 5) achter
elkaar om primers te ontwerpen. (allebei zonder de fasta lijn)
- plus/minus: de richting van de streng (3-5 query -) en (5-3 subject +)
- plus/plus: de richting van de streng (5-3 query en subject), er is een reverse complement
toegevoegd.
operon: Meerdere genen onder de controle van 1 promoter
Voorbeeld berekenen van de forward en reverse primers:
totale lengte van de contigs is contig2 + contig1 = 958+447 = 1405
De grens tussen beide contigs is dus 958. Je wilt minimaal 50 bp overlap met contig2 en
contig1.
Dit levert dus op voor contig2: 958-50 = 908. Je wilt 200 bp range om je primer in te
ontwerpen. Deze range is "upstream" van de 50 bp overlap is 908 - 200 = 708. De range voor
contig2 = 708-908
Dit levert dus op voor contig1: 959+50 = 1009. Je wilt 200 bp range om je primer in te
ontwerpen. Deze range is "downstream" van de 50 bp overlap is 1009 + 200 = 1209. De range
voor contig1 = 1009-1209
Voorbeeld berekenen van de min/max PCR-lengte:
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller ayaalfares1. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.95. You're not tied to anything after your purchase.
