Summary
Samenvatting ANTWOORDEN EXAMENVRAGEN (Charles Van der Henst)
- Course
- Institution
Antwoorden op alle examenvragen (8 hoofdstukken)
[Show more]
2 reviews
By: pieterplattiau • 2 year ago
By: ledouxlinde • 3 year ago
Seller
Follow
sarahvanvolsem
Reviews received
Content preview
Sarah VanvolsemVragenlijst voor het examen gentechnologie
Les 1: Prokaryoten: chromosoom en plasmiden. Genetische
manipulaties
1) Wat is de gem grootte v eukaryote cellen, prokaryote cellen en virussen?
a. Eukaryote cellen: (10-100 µm)
b. Prokaryote cellen: (1-3µm)
c. Virussen: (50-100nm)
2) Teken de algemene organisatie vd wand v gram positieve en gram negatieve bacteriën met de
namen vd versch componenten.
a. Gram positieve bacteriën: plasmamembraan + dikke peptidoglycaan laag
b. Gram negatieve bacteriën: plasmamembraan + dunne peptidoglycaan + buitenmembraan
(bevat LPS)
3) Wrm werd de bacterie E.coli veel gebruikt voor genetische manipulatie?
a. Ze zijn zeer goed gekend op zowel biochemisch, fenotypisch als genotypisch vlak.
b. Goede annotatie
c. Ze groeien zeer snel (1 deling ~ 20 min)
d. Niet pathogeen (behalve specifieke stammen)
e. Heel het genoom is gesequeneerd
4) Wat is peptidoglycaan, wat zijn zijn subeenheden en waar is het in de bacteriële celwand?
a. Peptidoglycaan: Wat? Het is een structurele component, zorgt voor stijfheid en de vorm
van de celwand.
Subeenheden? is een polysaccharide bestaande uit afwisselende N-acetylglucosamine en
N-acetylmuraminezuur moleculen (b1,4). Deze polysaccharideketens zijn gekoppeld aan
peptiden (DAZ) deze peptiden zijn aan elkaar verbonden mbv peptidebruggen. Deze
peptide brug kan geknipt worden door bepaalde enzymen die de celwand vernietigen.
Waar? Op plasmamemembraan.
1
,Sarah Vanvolsem
5) Wat is lipopolysaccharide, wat zijn zijn subeenheden en waar is het in de bacteriële celwand?
a. Wat en waar? Het is een groot onderdeel vd buitenmembraan, het vervangt de
fosfolipiden aan de buitenste helft vh buitenmembraan.
b. Subeenheden?
i. O antigen: Het IS v individuen kunnen het O antigen makkelijk herkennen, want
dit is de eerste structuur die herkend w door het menselijk lichaam. Verlies v O
antigen in bacterie kan ervoor zorgen dat de bacterie kan ontsnappen aan IS.
ii. Outer core
iii. Inner core
iv. Lipide A: Negatief geladen en is een endotoxine, nl een toxische component v LPS.
Het bevat 2 glucosamines, acylketens en een fosfaat per glucosamine.
Je hebt dus overal negatieve ladingen door lipide A, dit is een zeer onstabiele
omgeving voor de bacterie, vandaar dat LPS gestabiliseerd w door kationen Mg2+
en Ca2+). Gebruik v EDTA zal LPS destabiliseren zonder bacterie te doden, dit
omdat het een kationische chelaatvormer is.
6) Wat is, met betrekking tt lipopolysaccharide, het mogelijke nadeel vh gebruik v bacteriën voor
de productie v proteïnen v medisch belang?
a. LPS bevat toxines die pro-inflammatoire kunnen werken indien deze w vrijgelaten.
7) Noem 2 ! verschillen tussen bact chromosoom en bact plasmide
a. Chromosoom bevat essentiële genen en plasmide niet (= genen nodig voor de overleving
v bacterie).
b. Plasmiden bevatten een origin of replication, aldus kunnen ze autonoom repliceren,
chromosomaal DNA repliceert met het genoom mee.
8) Kan een bacteriecel een paar plasmide bevatten?
a. Ja
9) Geef de definitie v/een bacterieel chromosoom
a. Bacterieel chromosoom is circulair DNA die naast gwne genen ook essentiële genen bevat.
De grootte hangt af vd levensstijl. Sommige bacteriën maken gebruik van
replicatiemachinerie en enzymen vd gastheer, aldus zullen ze een kleiner chromosoom
hebben. Extracellulaire bacteriën hebben grotere chromosomen aangezien ze hun
voedingsstoffen moeten kunnen synthetiseren.
10) Teken de algemene organisatie v een plasmide en noem de versch componenten
a. Antibiotica resistentiegenen
b. Promoter ( moeten overgeschreven kunnen w)
c. Selectiemerker/tegenselectiemerker, of beide
d. Replication of origin (sinon kan plasmide niet repliceren)
e. Restrictie enzyme sites
2
,Sarah Vanvolsem
11) Noem 3 gevolgen vh hebben v een specifieke oorsprong v replicatie, ttz 3 ! punten betreffende
origin of replication
a. Replicatie-origins definiëren de incompatibiliteitsgroepen
i. Incompatibiliteit? 2 plasmiden zijn incompatibel indien ze dezelfde replication
origin hebben.
ii. Compatibiliteit? 2 plasmiden zijn compatibel indien ze ≠ replication origins
hebben.
b. Ze bepalen het hostbereik
i. Ttz bepaalde plasmiden kunnen repliceren in bepaalde bacteriën, ttz plasmide
met ori v E.coli zal niet repliceren in A.tumefaciens
c. Ze bepalen de copy number per cel
i. Copy number bepaalt hoeveel keer plasmide zal repliceren, ttz hoge copy number
® vele exemplaren per cel; lage copy number ® weinig exemplaren per cel.
12) Leg uit why sommige plasmiden incompatibel zijn
a. 2 plasmiden zijn incompatibel indien ze dezelfde origin of replication bevatten. Indien je
zo een 2 plasmiden hebt in een cel, dan zal de keuze welke plasmide eerst gerepliceerd w
compleet random zijn. Na de eerste replicatie v bv plasmide A, is de kans ook groter dat
plasmide A opnieuw gerepliceerd w enzovoort. Als je dus 2 ≠ plasmiden wil introduceren
in een cel, moet je zien dat ze een versch ori hebben, maw dat ze compatibel zijn.
13) Leg uit wrm plasmiden met dezelfde oorsprong v replicatie incompatibel zijn.
a. Same als 12
14) Is het mogelijk om de aanwezigheid v versch plasmiden op een stabiele manier in dezelfde
bacterie te hebben? Wat is de voorwaarde?
a. Ja! De versch plasmiden moeten verschillende origin of replications hebben, maw ze
moeten compatibel zijn.
Side note: men kan wel selecteren voor incompatibele plasmiden door selectiedruk aan
te leggen
15) Hoe kunnen we de aanwezigheid van een plasmide selecteren na bacteriële transformatie?
Noem 2 versch manieren om dit te bereiken
a. Selectie merkers
i. Merker aanwezig? Bacterie zal groeien in het medium (antibioticum
resistentiegenen bv). Ttz het selecteert voor de aanwezigheid van een DNA-
construct.
b. Auxotrofe merkers
i. Auxotrofe stammen zijn stammen die het onvermogen hebben om een bepaald
molecule aan te maken die nodig is voor zijn ontwikkeling. Men kan dus gebruik
maken van auxotrofe merkers. Indien aanwezig op plasmide zal de bacterie
kunnen groeien op een minimaal medium. Indien niet aanwezig op plasmide zal
de bacteriecel niet kunnen groeien op minimaal medium.
3
,Sarah Vanvolsem
16) Bespreek de concepten v bacteriostatische, bacteriedodende en bacteriolytische activiteiten
a. Bacteriostatische antibiotica = dit zal de groei remmen zonder lyse te veroorzaken. De
populatie is nog steeds te zien op plaatje, maar ze zijn gestopt met groeien. Bv tetracyline
b. Bacteriedodende antibiotica = dit doodt de bacterie, zonder lyse. Bv door penciline
c. Bacteriolytische antibiotica = dit doodt de bacterie, met lyse
17) Noem 3 algemene doelen v antibiotica
a. Inhibitie van celwand synthese
b. Inhibitie v proteïne synthese
c. Inhibitie v nucleïnezuursynthese
18) Geef een voorbeeld van een selectiemarker en een voorbeeld van een tegenselectiemarker +
leg uit.
a. Selectiemarker
i. Antibiotica resistentiegenen: kanamycine gen aanwezig? Dan zal plasmide
overleven op een medium die kanamycine bevat.
b. Tegenselectiemarker
i. ccdB gen: indien uitgedrukt verkrijgt men een toxine die de bacterie zal doden.
Indien ccdA gen uitgedrukt w verkijgt men een anti-toxine, deze voorkomt de
celdood, indien ze bindt op ccdB.
Gebruik als tegenselectiemerker? Indien er geen kolonies vormen op het medium
wil dat zeggen dat het DNA-construct afwezig is omdat ccdB de replicatie hindert.
Indien er kolonies aanwezig zijn, wil dat zeggen dat het DNA-construct
geïnserteerd is tussen het ccdB gen => klonering was een succes.
19) Wat is het nut vh combineren v een selectiemerker met een tegenselectiemerker?
a. Dit laat toe om de integratie EN excisie van een DNA-construct te selecteren. Bijvoorbeeld
bij het genereren van een deletiestam! De insertie w geselecteerd door selectiemerker,
terwijl de excisie geselecteerd w door tegenselectiemerker.
20) Hoe kunnen we 3 fragmenten aan elkaar koppelen om een enkel lang fragment te verkrijgen
zonder het ligase enzym te gebruiken? + teken
Eerst 2 verschillende PCR reacties uitvoeren + PCR ligatie
21) Hoe selecteer je de integratie v een DNA-fragment in het genoom v/een bacterie en vervolgens
de excisie ervan?
a. De integratie selecteer je dmv selectiemerker
b. De excisie selecteer je dmv tegenselectiemerker
4
, Sarah Vanvolsem
22) Noem en verklaar 3 tegenselectiemerkers
a. sacB
i. SacB is een gen die codeert voor levansucrose (gen is sucrose gevoelig).
ii. E.coli sterft als sacB tt uiting komt op sucrose medium want levansucrose gaat
sucrose polymeriseren in cytoplasma => giftig.
b. CcdB
i. Uitdrukking v ccdB => toxine => celdood
ii. Uitdrukking v ccdA => anti-toxine
Dus ccdB zal DNA gyrase (heeft een topoisomerase activiteit) ‘gevangen’ houden
waardoor de cel niet kan repliceren. Indien ccdA aanwezig is, kan deze binden op
ccdB => conformatieverandering waardoor DNA gyrase niet meer gevangen is =>
laat DNA replicatie toe.
c. 5FOA
KAN ZOWEL GEBRUIKT W ALS EEN SELECTIE -ALS TEGENSELECTIEMERKER
Je hebt versch genen (URA…) deze transformeren producten tt uiteindelijke
pyrimidine. Wij focussen ons op de stage met URA 3 gene en UMP.
i. Tegenselectiemerker:
5FOA mimeert orotaat dat gebruikt w id synthese, deze w dus opgenomen in de
synthese v UMP. Gefluoreerde UMP is giftig. Dus toevoeging v 5FOA zorgt voor
de aanmaak v een toxische component => bacterie sterft. Als URA 3 niet aanwezig
is, dan kan 5FOA niet geïncorporeerd w, aldus zal de bacterie overleven. MAW
5FOA aanwezig? Bacterie sterft. We selecteren dus voor de afwezigheid v URA3.
ii. Selectiemerker:
Stel mutaties in URA 3 gen => dan zal opnieuw 5FOA niet geïncorporeerd kunnen
w, ttz stam is ongevoelig tegen 5FOA. Je kan dus selecteren voor deze mutanten
op 5FOA medium. Deze ongevoelige stammen kunnen enkel overleven in de
aanwezigheid v uracil.
23) Verklaar selectie met het gebruik v een auxotrofe merker
a. Organisme kan een bepaalde molecule niet aanmaken, en zal niet kunnen groeien op een
minimaal medium zonder de aanwezigheid van de molecule (aanwezig op plasmide of
chromosoom). Bijvoorbeeld 5FOA resistente stammen zijn auxotrofe stammen voor
uracil, dwz dat ze enkel in de aanwezigheid van uracil zullen groeien. Indien ze een URA 3
merker (auxotrofe merker) bevatten op zowel chromosoom of plasmide, dan zullen ze
kunnen groeien op een minimal medium (afwezigheid v uracil).
b. Of Bijvoorbeeld auxotrofe stammen voor proline, zullen niet kunnen groeien zonder de
aanwezigheid van proline in het medium, maw zullen niet groeien op een minimal
medium. Indien er een plasmide w binnengebracht met een auxotrofe merker (bv proAB
= kan proline synthetiseren), kan de stam wel groeien op een minimaal medium.
24) Verklaar tegenselectie met het gebruik v toxische ccdB gen
a. Zie vraag 22
25) Verklaar tegenselectie met het gebruik v toxische sacB-gen
a. Zie vraag 22
26) Verklaar tegenselectie met het gebruik v toxische rpsL-gen
5
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller sarahvanvolsem. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $7.48. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
75632 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now