Exam (elaborations)
oefentoets + antwoorden
- Course
- Institution
Afgerond met een 7.3
[Show more]
Seller
Follow
vascocr
Reviews received
Content preview
Vraag 1 eukaryootJe krijgt de opdracht om een zebravis te maken die knock-out is voor het gen activating transcription
factor 3 (atf3). Dit doe je door met behulp van CRISPR-Cas9 een dubbelstrengs DNA breuk aan te
brengen in het atf3-gen. Hieronder staat het deel van het atf3-gen aangegeven waarin je de
dubbelstrengs breuk gaat aanbrengen:
5’CTCTC GCTTCATCCC AGGTAGTTCG GTGGGTCTCT CAGTGTTCAT GCAGGCTCTG
TCAGTGGTCA GGGTGCTCAT GCCGTTGGAC ATGCGTTTGT TCTGGATGGC GTAGCGCAGC
TCCTCTTTCA CTAATGGAGT GAAGTTTGTG AAGTCGTCCA GCGTGAGGGA ACCGGGCGGA
GAGAGACAGG GAACCAAAGC TGACGCACTG ATCTCTGACG GACCCAAACC AGGGTGCTGA
AGCATCATGC
a) Ontwerp op basis van bovenstaande sequentie het target-specifieke deel van het sgRNA dat je
gaat gebruiken om de dubbelstrengs breuk aan te brengen (5 punten).
Aan de volgende voorwaarden moet daarbij worden voldaan:
*Ga ervan uit dat dit target-specifieke deel van het sgRNA 20 nucleotiden lang moet zijn
*Ga ervan uit dat het sgRNA verderop in de procedure d.m.v. in vitro transcriptie gesynthetiseerd zal
worden vanaf een T7-promoter
*Geef de nucleotiden-sequentie van dit target-specifieke deel van het sgRNA van 5’ naar 3’ weer
*Onderstreep in bovenstaande sequentie van het Atf3 gen de locatie van het door jouw ontwikkelde
target-specifieke deel van het sgRNA
In vraag 1a) heb je het target-specifieke deel van het sgRNA ontworpen. Het volledige sgRNA bevat
naast dit target-specifieke deel ook nog een algemeen deel. De sequentie van dit algemene deel is als
volgt:
5’GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGG
CACCGAGUCGGUGCGGAUC
Het volledige sgRNA zal vervolgens gemaakt gaan worden door, met behulp van PCR, dubbelstrengs
DNA te maken waarin het sgRNA aan een T7-promoter gekoppeld is. Vervolgens wordt dit
dubbelstrengs DNA gebruikt om een in vitro transcriptie vanaf de T7-promoter uit te voeren waardoor
er sgRNA gesynthetiseerd wordt.
De sequentie en afleesoriëntatie voor de T7-promoter zijn als volgt:
5’GCGTAATACGACTCACTATA
b) Aan welke kant van het door jou ontworpen gen-specifieke deel van het sgRNA moet het algemene
deel van de sgRNA komen?
c) Aan welke kant van het sgRNA moet de T7 promoter komen?
Om de dubbelstrengs DNA breuk te maken in het Atf3-gen in de zebravis is naast het sgRNA ook het
Cas9 eiwit nodig. Hiervoor wordt Cas9 mRNA afgeschreven van het pCS2-nCas9n-plasmide waarop
het gen voor Cas9 ligt. Vervolgens wordt dit Cas9 mRNA samen met het sgRNA geïnjecteerd in
zebravis embryo’s.
Het Cas9-gen dat op het pCS2-nCas9n-plasmide ligt is codon-geoptimaliseerd voor zebravis.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller vascocr. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.25. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
62890 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now