Samenvatting Biochemie, hoofdstuk 3 (J. Van Lint) + oefenvragen BMW en THK
26 views 1 purchase
Course
Biochemie En Moleculaire Biologie
Institution
Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
Samenvatting op basis van mijn notities, de slides en het boek. Achteraan zijn er een aantal oefenvragen terug te vinden die al dan niet op Sofia staan. Voor de richtingen Biomedische Wetenschappen en Tandheelkunde, deze behandelen dezelfde leerstof. :))
- Bepaalt functie, bv. Porine heeft gaten, vormt poriën van membraan
- Kan verstoord worden bij mutaties ⇒ basis voor ziekten
- Peptide= kort polymeer van aminozuren
● Binding carboxylgroep + aminogroep (gebonden aan H2O) =
polypetpideruggengraad
○ Hebben allerlei uitsteeksels door zijketens ⇒ bepalen eigenschappen eiwit
● Van vele eiwitten weet men functie nog niet
○ Voorspelling proberen te maken door primaire structuur te vergelijken met de
sequentie van alle andere eiwitten in de proteïnedatabase
■ Men kan hier hypothetisch een functie op plakken ⇒ moet
experimenteel nagegaan worden
● Structuren evolueren mee met organisme
○ Levensnoodzakelijke structuren muteren niet
○ Mutatie kan voordelig en nadelig zijn
○ Wordt nagegaan met cytochroom c
■ Men kan hiermee zien welke kleine variaties er zijn opgetreden ⇒
nieuwe stambomen opstellen op een manier die vroeger niet mogelijk
was
1
,Secundaire structuur
● Lokale conformatie van een deel vh eiwit
● Peptidebinding = vlakke structuur
○ Elektronen worden verdeeld over C-O en C-N
■ Ontstaan van partieel planaire binding
■ Vorm binding bevindt zich tussen 2 vormen door resonantie tussen 2
structuren de even stabiel zijn, partieel dubbelbindingskarakter
■ Geen rotatie mogelijk om C-N (op afbeelding aangeduid met *)
● Torsiehoeken
○ Bindingshoeken van Calpha , aangeduid in roze op structuur
○ Hier is wel rotatie mogelijk
○ Meest uitgerokken conformaties is phi = 180° en psi = 180°, zijn
oorspronkelijke hoeken
○ Niet alle verschillende combinaties van torsiehoeken zijn mogelijk:
■ Van der Waals-krachten
■ R-groepen
2
, ● ‘Welke torsiehoekencombinatie is mogelijk met R-groepen in gedachte?’
○ Prof. Ramachandran maakte diagram
■ Afstanden tussen alle atomen van een tripeptide te berekenen bij elke
waarde van phi en psi
■ Alles wat blauw is kan
● Donkerblauw ⇒ geen sterische hinder
● Middenblauw ⇒ uiterste limiet wat er toegelaten is
● Lichtblauw ⇒ enkel toegelaten wanneer flexibiliteit is in
bindingshoeken
■ Alles wat grijs is kan niet ⇒ hier overlappen de VdW-radii
Dit laat toe om structuren die gevonden zijn met de computer te toetsen
- Men kan zo juiste structuren vinden + ruimtelijk te zien krijgen
Alfa-helix
● Eenvoudigste structuur die polypeptideketen kan aannemen
○ Polypeptideruggengraat helicoïdaal naar rechts gewonden rondom
denkbeeldige as
○ R-groepen AZ steken naar buiten
○ Psi van -45° tot -50°
○ Phi van -60°
● Optimaal gebruik van interne H-bruggen
○ Stabilisatie door H-brug tussen positieve N van een peptidebinding en een
negatieve O van een ander peptidebinding 4 AZ verder richting de N-terminus
⇒ dit doen alle peptidebindingen, behalve de uiteinden
3
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller EmilieBMW. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $4.36. You're not tied to anything after your purchase.
