100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached
logo-home
Previously searched by you
Previously searched by you
logo
Samenvatting moleculaire biologie (t.e.m. H8) $3.26   Add to cart
Quickly navigate to
Preview
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biochemie
  6.  
  7. Moleculaire biologie

Summary

Samenvatting moleculaire biologie (t.e.m. H8)
 24 views  0 purchase
  • Course
  • Moleculaire biologie
  • Institution
  • Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  • Book
  • Molecular Biology

Zie jij door de bomen het bos niet meer? Wat moet je kennen en wat niet? Ik begrijp de powerpoint niet? Klinkt herkenbaar? Hier is u oplossing. Een volledige samenvatting tot en met hoofdstuk 7 met figuren om alles nog extra duidelijker te maken.

Last document update: 1 year ago

Preview 7 out of 25  pages

Document information

  • No
  • Hoofdstuk 1 t.e.m. 8
  • December 28, 2022
  • January 27, 2023
  • 25
  • 2022/2023
  • Summary

Subjects

  • biochemie
  • bacteriën
  • translatie
  • transcriptie
  • operons
  • wetenschappen
  • lac operon
  • ara operon
  • trp operon
  • genexpressie

Connected book

book image

Book Title:

Author(s):

  • Edition:
  • ISBN:
  • Edition:

More summaries for

  • Chapter 7 Operon and Chapter 8: Major Shift in Transcription
  • General Transcription Factors:
  • RNA Processing II: Capping and Polyadenylation
All for this textbook (6)

Written for

  • Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  • Biochemie
  • Moleculaire biologie
All documents for this subject (4)

Seller

avatar-seller
caramestdag

Reviews received

Content preview

Moleculaire
biologie
Inleidende les: Hoofdstuk 1-5
Hoofdstuk 6
Hoofdstuk 7
Hoofdstuk 8




Cara Mestdag
2022-2023

, 1



Inhoud
Inleiding..................................................................................................................................................3
The Nature of Genetic Material..........................................................................................................3
Transformation in Bacteria.............................................................................................................3
The Chemical Nature of Polynucleotides........................................................................................4
DNA Structure: The Double Helix........................................................................................................4
Physical Chemistry of Nucleic Acids....................................................................................................4
A Variety of DNA Structures...........................................................................................................4
Technieken om DNA te bestuderen................................................................................................5
Storing Information............................................................................................................................5
Hoofdstuk 6: Het mechanisme van transcriptie bij bacteriën.................................................................6
RNA Polymerase Structure.................................................................................................................6
Binding of RNA Polymerase to Promoters......................................................................................6
Promoter Structure.........................................................................................................................6
Transcription Initiation.......................................................................................................................6
The Stochastic σ-Cycle Model.........................................................................................................7
The Role of the α-Subunit in UP Element Recognition....................................................................7
Elongation...........................................................................................................................................7
Termination of Transcription..............................................................................................................7
Rho-Independent Termination.......................................................................................................8
Rho-Dependent Termination..........................................................................................................8
Hoofdstuk 7: Control op fijne schaal v bacteriële transcriptie: Operons................................................8
The lac Operon...................................................................................................................................9
Negative Control of the lac Operon................................................................................................9
The Mechanism of Repression........................................................................................................9
Positive Control of the lac Operon................................................................................................10
The Mechanism of CAP Action......................................................................................................10
The ara Operon.................................................................................................................................10
The ara Operon Repression Loop.................................................................................................11
The trp Operon.................................................................................................................................11
Tryptophan’s Role in Negative Control of the trp Operon............................................................11
Control of the trp Operon by Attenuation....................................................................................12
Defeating Attenuation..................................................................................................................12
Riboswitches.....................................................................................................................................13
Hoofdstuk 8: major shifts in bacteriële transcriptie..............................................................................13

, 2


Sigma Factor Switching.....................................................................................................................13
Phage Infection & sporulation......................................................................................................13
Genes with Multiple Promoters....................................................................................................13
Other σ Switches..........................................................................................................................13
Anti-σ-Factors...............................................................................................................................14
The RNA Polymerase Encoded in Phage T7......................................................................................14
Infection of E. coli by Phage λ...........................................................................................................14
Lytic Reproduction of Phage λ......................................................................................................15
Establishing Lysogeny...................................................................................................................19
Autoregulation of the cI Gene During Lysogeny...........................................................................20
Determining the Fate of a λ Infection: Lysis or Lysogeny..............................................................21
Lysogen Induction.........................................................................................................................23

, 3



Inleiding
The Nature of Genetic Material
Eind 19de werden nucleïnezuren afgezonderd van het proteïnen

In 1910-1920 vond Levene dat DNA en RNA bestond uit fosfaten,
(deoxy)ribosesuikers en 4 verschillende basen. MAAR: hij aanschouwde het
proteïne als genetisch materiaal & belang sequence werd niet ontdekt

 TETRANUCLEOTIDE HYPOTHESE

Transformation in Bacteria
(door F. Griffitih in 1928)

(a) S: smooth (virulent
(b) R: rough (nonvirulent)
(c) Heat killed S: smooth (nonvirulent)
(d) R: rough + heat killid S (virulent)  R transformeert de dode bacteriecellen zodat ze als
levend werken




Wat is nu de genetische drager? Verder onderzoek nodig.

Avery, MacLeod & McCarty vonden dat DNA het transforming materiaal is a.d.h.v. ultracentrifugatie
(grootte bepalen), elektroforese (zien hoe snel beweegt doorheen elektrisch veld  hoge
ladings/massabalans kwam overeen met DNA), UV absorptie (golflengte van absorberende stof
kwam overeen met die van DNA) en elementaire analyse (gemiddelde van 1.67 stikstof-fosfor ratio)

Bevestigd voor een bacteriofaag door Hersey & Chase (1952)

, 4


The Chemical Nature of Polynucleotides
In 1940 ontdekte men

 DNA bestaat uit desoxyribose, fosfaatgroepen, adenine (A),
cytosine (C), guamine (G) en thymine (T)
 RNA bestaat uit ribose, fosfaatgroepen, adenine (A),
cytosine (C), guamine (G) en uracil (U).
 Adenine & guamine = purines
 Cytosine, thymine en uracil = pyrimidines
 Basen en suikers in RNA en DNA = nulceosiden
 Fosfaatgroep, suiker en base = nucleotiden




DNA Structure: The Double Helix
Uit X-ray data van Franklin volgde dat DNA een spiraalachtige vorm heeft,
DNA heeft een herhalende structuur en gaf informatie over de grootte van
het DNA.

Watson en Circk stelde DNA voor als een dubbele helix met een suikerfosfaat
als ruggengroot aan de buitenkant en basen gelinieerd aan de binnenkant. Er
werd ook zichtbaar dat er grotere en kleinere groeven zijn door de manier
waarop de basen zijn ingeplant op de suikers.

 DNA is dubbele helix
 Suikerfosfaatbackbone
 A met T en G met C
 Replicatie van DNA is semi-conservatief: elke streng dient als template voor het bouwen van
een complementaire partner

Physical Chemistry of Nucleic Acids
A Variety of DNA Structures
A) Deze helix is wat breder en meer ontwonden. Hij heft meer
helling en een binding is mogelijk tussen DNA en RNA. Komt
vooral voor bij hybriden tussen RNA en DNA bij de DNA
transcriptie. Baseparen staan weg van de horizontale.
B) De meeste voorkomende vorm (voorgesteld door Watson &
Crick). Base-paren staan horizontaal.
Z) Uitgerokken helix. Bij het volgen van de fosfaatgroepen zie je een
zigzagstructuur. Dit is een linksdraaiende helix en is rijk aan G-C
verbindingen.

, 5


Uit proeven waarbij de temperatuur werd gewijzigd blijkt dat de GC content van DNA verschilt tussen
25% en 75%. Dit heeft effect op de densiteit en dus de temperatuur. Hoe meer GC hoe meer
compartimentering van AT  SUPERCOILING

 DNA absorbeert UV licht: absorptie afhankelijk van
staat DNA (dubbelstrengig of gedenautureert)
 Absorbantie volgen bij een
temperatuursverandering
 Bij hyperchromatische-shift (= moment dat
absorptie sterk verandert)  DNA denautureert.
 Andere technieken: organische solventen, hoge H,
chaotropic reagens (ureum), lage zout concentratie
(dubbelstrengig blijven is moeilijk want lading
wordt geneutraliseerd door zout)

Technieken om DNA te bestuderen
Ionenuitwisselingschromatografie = vloeistofschromatografie
Chromatografie = een mengsel scheiden in componenten door deze te laten vloeien over een vaste
fase (glazen bolletjes) of een hars met een bepaalde lading. Het elueren van de componenten
gebeurt via een zoutgradiënt te creëren.

Een anionenuitwisselingschromatografie maakt gebruik van positief geladen pareltjes.

Een kationenuitwisselingschromatografie maakt gebruik van negatief geladen pareltjes.

SDS-PAGE
= gelelektroforese

Voor het uitzoeken hoeveel eiwitten er in het mengsel zit en om
te hun moleculaire massa te bepalen.

Scheiding gebeurt op basis van de lengte. De Sodium Dodecyl
Sulfaat (=SDS) is een anionisch detergent dat ervoor zorgt dat
deeltje dezelfde negatieve lading hebben. Zo kan er niet
gescheiden worden op basis van lading. SDS zorgt ervoor dat de
deeltje denatureren en DNA kan vervolgens op basis van grootte
gescheiden worden.

Storing Information
(benamingen kennen voor later)

, 6


Hoofdstuk 6: Het mechanisme van transcriptie bij
bacteriën
RNA Polymerase Structure
RNA polymerase zit in dieren, planten en bacteriën. Het bestaat uit twee
grote subeenheden: β en β’, maar ook drie kleinere subeenheden: α, α en
σ. (werd in de jaren 60 ontdekt via SDS-PAGE)

We noemen α2ββ’σ het holoenzym met α2ββ’ het core en σ de sigma.

De core bevat de basis transcriptie machinerie, maar de sigma-factor
zorgt ervoor dat de core specifieke genen gaat transcriberen.

Promoters
= plaats waar RNA polymerase gaat binden

Binding of RNA Polymerase to Promoters
De sigmafactor zorgt voor de initiatie van transcriptie door het
holoenzym te laten binden aan een promotor.

(a) Eerst gaan het holoenzym binden en lichtjes ontbinden
op het DNA op zoek naar de promotor
(b) Wanneer het de promotor heeft gevonden en daaraan
bindt wordt een gesloten promotorcomplex gevormd.
(c) Door zo sterk gebonden te zijn zal het DNA waaraan het
gebonden is smelten en een oen pormotor complex
wordt gevormd.

Promoter Structure
We maken gebruik van DNase footprinting om te weten waar het enzym bindt aan DNA. Daaruit
bleek dat de promotors van bacteriën op een vaste regio liggen. Dit worden boxen genoemd.

 -10 box = TATAAT-box (een korte sequentie die 10 bp stroomopwaarts ligt op het DNA)
 -35 box = TTGACA-box (een korte sequentie die 35bp stroomopwaarts ligt op het DNA)

Hoe meer een sequentie overeenkomt met bovenstaande baseparenopeenvolging hoe sterker de
promotor.

 Promotor down mutations = mutaties die de promotorbinding zwakker maken doordat ze
meer verschillen van het consensus DNA (= DNA let -10 en -35 box)
 Promotor up mutations = mutaties die de promotorbindingen versterken doordat ze minder
verschillen van het consensus DNA

Sommige heel sterke promotors bevatten een extra element, het UP element. Dit element zorgt
ervoor dat de promotor nog aantrekkelijker is voor RNA polymerase. 
UP element verhoogt hierdoor de transcriptie (met een factor 30)



Transcription Initiation
= proces waarbij de eerste twee nucleotiden aan elkaar worden gezet. Na
het blijven herhalen van dit proces krijgen we een RNA-molecule

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

Quick and easy check-out

You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying these notes from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller caramestdag. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy these notes for $3.26. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

75323 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy study notes for 14 years now

Start selling
$3.26
  • (0)
  Add to cart