Volledige samenvatting bio-informatica gebaseerd op de slides en notities van tijdens de les. Ook de oefeningen worden stap voor stap uitgelegd. Heel handig voor mee te nemen naar het open boek examen. Samenvatting bevat ook de oefeningen uit de werkzittingen) Door enkel de samenvatting te leren ha...
Inleiding
- Bio-informatica = problemen oplossen
└ Alles is op zeer vele manieren oplosbaar
Entrez gene
→ Opzoeken via: NCBI → ‘gene’
Wat je kan vinden:
- Genstructuur annotaties: 3’ en 5’ UTRs, exonen, intronen, alternatieve splice vormen, isovormen, …
- Functionele annotaties volgens de Gene Ontology vocabulaire (zie verder)
- Genexpressie
- Interacties met andere proteïnen
- Mutante fenotypes
- Homologie
Wat hebben we opgezocht in de les:
- ‘summary’ = korte samenvatting over het gen
- Isovormen van mRNA: zelf tellen
- Bibliografie: bevat artikels gelinkt aan het gen
- Pathways waarbij het eiwit (afkomstig van het gen) betrokken is
Transcripten
Elk lijntje is een transcript isovorm: ontstaan door alternatieve splicing of alternatieve promotors
Refseq
= gecureerde secundaire database die als doel heeft een volledige, geïntegreerde, niet-redundante reeks
sequenties te bieden
- 1 entry voor elk chromosoom
- 1 entry per molecule
- Niet-redundant: 1 entry per RNA
- Bestaat uit: 2 letters + 6 nummers → bv. NM_000546.5 (laatste = versie nummer)
,Unieke identifiers:
- Voor mRNAs = NM_...
- Voor proteïnen = NP_...
- Voor mRNAs en proteïnen waarvan ze vermoeden dat ze bestaan, maar nog niet experimenteel is
aangetoond = XP_...
Genbank format: .GB
= genbank formatted file
- Vorm: xxx.GB
- Flatfile bestaat uit 3 delen
1. Header
2. Features
3. Sequence
Fasta format: .FASTA
- Vorm: xxx.fasta
- Flatfile bestaat uit
└ > met erachter de sequence identifier
└ Sequentie
- Zowel voor proteïnen als nucleotiden
Hoe opslaan?
1) “send to”
2) Complete record aanklikken
3) Format: FASTA kiezen
4) Notepad++ openen en de file erin zetten
EMBL/EBI
= Europese databank → opzoeken via EBI
,DBFETCH
= links die je kan gebruiken in de browser waardoor je rechtstreeks een sequentie kan downloaden
, GFF format
Bestaat uit 9 kolommen gescheiden door een tab
1. Seqname = naam van de sequentie
2. Bron
3. Features
4. Start en einde
5. Score
6. Strand
7. Frame
Eventueel:
- Attributes
- Comments
3D structures
NCBI → “structure”
Oefening 1: Entrez
Zoek volgende paper in Pubmed: The DCC gene has a role in cellular differentiation and colorectal
tumorigenesis (Hedrick et al. 1994)
1) Open entrez → Pubmed
2) Vul in: Hedrick 1994 genes dev
Geef de pubmedID
1) ID is te vinden onder de titel van het artikel
2) Oplossing: 7926722
Wat zijn de residus die de signal sequence bepalen volgens de uniprot entry?
1) Ga bij het artikel naar related information → klik op ‘gene’
2) Zoek de link naar uniprot
3) Zoek naar signal peptide
4) Positie 1-25
5) Via BLAST kan je de sequentie vinden: MENSLRCVWPKLAFVLFGASLFSA
Oefening 2: Entrez
Hoeveel mRNAs zijn er van het SOX9 gen?
1) Ga naar entrez gene
2) Geef SOX9 in
3) Tel de transcripten = 5 mRNAs
Wat is de functie van dit gen?
1) Klik op de uniprot link
2) Hierop kan je de functie lezen
Geef de FASTA sequentie van 1 mRNA → klik op NM_
Geef de FASTA sequentie van 1 proteïne isovorm → klik op NP_
Is de structuur beschikbaar?
1) Ga naar entrez ‘structure’
Zijn er geannoteerde domeinen in Swissprot
1) Doe ctrl F in swissprot
2) GO annotations
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller ankevanwesenbeeck. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $8.52. You're not tied to anything after your purchase.
