Contents
7. Data-analyse en Databanken..............................................................................................................2
7.1. Literatuur.....................................................................................................................................2
7.1.2. Data repositoria....................................................................................................................2
7.1.3. Data platformen....................................................................................................................2
7.2. Data-analyse................................................................................................................................3
7.2.1. Annotatie van genlijsten.......................................................................................................3
7.2.2. Interactienetwerken (3.4.4.2.)..............................................................................................4
7.2.3. Structuuranalyse van biomoleculen (3.4.4.3.)......................................................................4
, 7. Data-analyse en Databanken
Vroeger bottle neck om data te generenen Nu bottle neck om date te verwerken.
7.1. Literatuur
Pubmed & web of science: Peer reviewed artikels (onderzoek artikels en literatuuroverzichten
(reviews))
Sci-hub: Gratis toegang tot gepubliceerde artikels normaal betalend in tijdscrhiften.
erg controversieel!
Google scholar: peer reviewed artikels & zeer recente artikels
Preprint servers: Artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben kwaliteit zeer
variabel! Meest recente onderzoeksresultaten gratis delen.
JoVE (Journal of Visualized Experiments): Peer reviewed video’s van methoden en protocollen,
slechts beperkt gratis.
Patenten (= octrooien):
- Een exclusief recht op het commercieel exploiteren van een uitvinding
- Omvat ook een publicatie van de uitvinding
- Te bekijken in specifieke databanken (bv. Espacenet, The lens, etc.)
7.1.2. Data repositoria
- Data portalen van waarop ‘ruwe’ (= nog niet geanalyseerde) data kunnen worden
gedownload
- Zoeken via ‘accesion number’ uit publicatie of via zoektermen
- Laat toe om dure -omics datasets te hergebruiken voor nieuwe onderzoeksvragen
PRIDE database: Maasa spectrometrie proteomics datasets
PDB (Protein Data Bank): 3D structuurinformatie van eiwitten
7.1.3. Data platformen
- Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, vaak op een visueel
attractieve manier
- Laat toe om zaken gemakkelijker op te zoeken
7.1.3.1. DNA
Genome browsers:
- Ensembl, UCSC
- Genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten, etc. van een gen opzoeken
- Data ENCODE (ENcyClopedia Of DNA Elements) raadplegen
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met links naar meer gerichte data platformen
Ziektegenen:
- OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man):
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller lukanys11. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $3.23. You're not tied to anything after your purchase.
