Dit is een samenvatting over de belangrijkste aspecten van het onderdeel Biochemie. Ik maakte deze samenvatting aan de hand van de studiedoelstellingen in het boek en online. Door deze samenvatting te leren voor het examen haalde ik een voldoende in juni.
1. Non-polaire aminozuren met alifa3sche R-groepen
o Glycine (Gly, G)
§ Niet-asymmetrisch
§ Grotere conforma3onele flexibiliteit, want bezit geen zijketen (enkel een H) (grote R-groepen zullen door
sterische hinder bepaalde rota3es binnen een pep3deketen niet toelaten)
§ Draagt weinig bij tot hydrofobe interac3es (door kleine zijketen)
o Alanine (Ala, A), Valine (Val, V), Leucine (Leu, L), Isoleucine (Ile, I), Methionine (Met, M)
§ Inerte en alifa3sche zijketen
§ Non-polair en hydrofoob
§ Geen func3onele groepen
§ Zijketens clusteren samen in eiwiMen -> stabiliseert eiwitstructuur door hydrofobe interac3es
§ Zijketens steken naar buiten -> vormen bindingspockets
§ Alanine: in vitro mutagenesis
-> Heel frequent gebruikte techniek om iets te weten te komen over bepaalde plaatsen op AZ
-> Codon in cDNA van eiwit met func3e van interesse vervangen door codon van alanine
2. Aminozuren met aroma3sche R-groepen
-> Absorberen UV-licht
-> Bepaling van concentra3e van eiwiMen via spectrofotometrie
-> Naarmate meer eiwiMen aanwezig zijn, wordt er meer licht geabsorbeerd
o Fenylalanine (Phe, F)
§ Zijring lijkt op benzeenring
§ Zeer hydrofoob + weinig reac3ef
§ Apolair
o Tyrosine (Tyr, Y, pKr = 10)
§ Intermediair polair door OH-groep in R-keten
§ OH kan deelnemen aan watersto_rugvorming
§ OH = belangrijk voor katalyse
§ OH kan gefosforyleerd worden (post-transla3onele modifica3e) door tyrokinasen
-> Signaaltransduc3e
§ Nega3eve lading induceren -> verschillende conforma3es -> vormverandering geassocieerd met
func3everandering (eiwit meer/minder ac3ef)
o Tryptofaan (Trp, W)
§ Intermediair polair door N in indolring
§ Grootste zijketen
§ Zeldzaam
3. Aminozuren met polaire, ongeladen R-groepen
o Cysteïne (Cys, C, pKr = 8)
§ Sulgydryl (SH) zorgt voor polariteit (kan proton afgeven)
§ Oxida3e -> disulfide = cys3ne -> disulfidebrug => stabilisering
§ Sterk nucleofiele zwavelgroep (na ionisa3e) is zeer reac3ef
-> Cysteïne = belangrijk AZ in kataly3sch centrum van enzymen (bv. Papaïne,
glyceraldehydefosfaatdehydrogenase, meeste enzymen die acyl-CoA-derivaten gebruiken)
1
, o Serine (Ser, S) en Threonine (Thr, T)
§ OH-groep => polair
§ OH-groep: H-donor en H-acceptor => watersto_ruggen
§ Fosforyla3e (belangrijk voor cellulaire signaaltransduc3e)
o Asparagine (Asn, N) en Glutamine (Gln, Q)
§ = amiden van asparaginezuur en glutaminezuur
§ Polair
§ Watersto_rugvorming
o Proline (Pro, P)
§ Cyclische structuur + gema3gd polair
§ Amino (imino)-groep in rigide conforma3e gehouden
-> Reduceert structurele flexibiliteit van pep3deketens
-> Geen amidegroep die kan deelnemen aan watersto_rugvorming
§ Bevordert knik in pep3deketen (cisconforma3e)
4. Aminozuren met posi3ef geladen R-groepen
o Arginine (Arg, R, pKr = 12) en lysine (Lys, K, pKr = 10)
§ Lysine: tweede primaire aminogroep op epsilon-posi3e van alifa3sche zijketen
§ Arginine: posi3ef geladen guanidinogroep
§ Sterk posi3ef geladen
-> Ladingsinterac3es
o His3dine (His, H, pKr = 6)
§ Imidazol R-groep
§ Fysiologische pH: +/- evenveel in geladen als ongeladen vorm
-> Niet-geladen: N = elektrofiel => donor H-binding; N (zonder H): nucleofiel => acceptor H-binding
§ Nucleofiele N = zeer effec3eve nucleofiele katalysator (kataly3sch centrum enzymen)
§ Niet-geladen: gedeprotoneerd => mogelijke protonacceptor
§ Geladen: 2e N geprotoneerd => mogelijke protondonor
-> Protonering hem nucleofiliciteit van dit N-atoom op
ð Elektrofiel, nucleofiel, H-donor, H-acceptor bij pH 7
5. Aminozuren met nega3ef geladen R-groepen
o Asparaginezuur (Asp, D, pKr = 3) en glutaminezuur (Glu, E, pKr = 4)
§ Volledig geïoniseerd bij pH 7 => zeer polair
§ Metalen en ka3onen cheleren door sterk nega3eve lading
2
,Suikers
1. Monosachariden en disachariden
o Fysiologisch belangrijke
§ Monosachariden
- D-glucose
-> Verdeeld door het bloed
-> Belangrijkste suiker die gebruikt wordt door weefsels
- D-fructose
-> Omgezet tot glucose in lever
- D-galactose
-> Omgezet tot glucose in lever
-> Aangemaakt in borstklier om lactose in melk te maken
-> Bestanddeel van glycolipiden en glycoproteïnen
- D-ribose
-> Structureel element van nucleïnezuren en co-enzymen (ATP, NAD, NADP, flavoproteïnen)
-> Ribosefosfaten = intermediairen in pentosefosfaatpathway
§ Disachariden
- Maltose
-> Intermediair in spijsvertering van zetmeel
- Lactose
-> Belangrijke voedingsbron in moeder- en koemelk
- Sucrose
-> Belangrkijke voedingsbron in groenten en fruit
o Reac3es van monosachariden
§ Hexosederivaten
- Suikerzuren
-> Suikers geoxideerd tot overeenkoms3ge zuren
-> Bv. glucose wordt na oxida3e op C1 gluconzuur en na oxida3e op C6 glucuronzuur
- Suikeralcoholen
-> Ontstaan door reduc3e van carbonylgroepen van aldosen en ketosen
-> Alditols = lineaire moleculen die niet kunnen cycliseren zoals aldosen
-> Sorbitol: hoge glucoseconcentra3es ac3veren aldosereductasepathway, waardoor glycose
omgezet wordt tot sorbitol à breekt traag af à stapelt op in cel à water aangetrokken door
osmose à cataract
-> Glycerol = component van membraanlipiden + triglyceriden
-> Ribitol = component van flavenico-enzymen
- Deoxysuikers
-> Suikers waarbij 1 of meer hydroxylgroepen vervangen werden door waterstofatoom
-> 2-deoxy-D-ribose = component van DNA
-> Komen ook frequent voor in glycoproteïnen en polysachariden
- Suikeresters
-> Fosfaatesters van glucose + fructose = belangrijke metabole intermediairen
- Aminosuikers
-> BevaMen aminogroep op C2 (ipv hydroxylgroep)
-> In veel oligo- en polysachariden
-> D-glucosamine + D-galactosamine
-> Aminogroep geacetyleerd op aminogroep à N-acetylglucosamine + N-acetylgalactosamine
-> Muraminezuur: hydroxylgroep van lactaat via etherbinding gebonden aan C3 van glucosamine
-> N-acetylneuraminezuur: C-C-binding tussen C1 van N-acetylmannosamine en C3 van pyruvaat
3
, 2. Polysachariden (= polymeer van suikers)
o Onderlinge verschillen
-> Verschillen qua monomere bestanddelen, type glycosidische binding, ketenlengte, graad van vertakking
§ Homopolysachariden
-> 1 soort monomeer (= suikereenheid)
-> Al dan niet vertakt
§ Heteropolysachariden
-> 2 of meer soorten monomeren
-> Al dan niet vertakt
o Fysiologisch belangrijke
§ Opslag
à Opslag van metabole energie in vorm van glucose -> afgebroken uit polymeren -> aanmaak ATP
- Zetmeel (glycogeenkorrels in cel) in planten
-> Amylose: lange onvertakte ketens van glucosemoleculen die verbonden zijn door (𝛼1 → 4)-
bindingen
-> Amylopec3ne: dezelfde ketens, maar elke 24-30 residu’s vertakt door (𝛼1 → 6)-binding
- Glycogeen (glycogeengranules, zeer elektronendens) in dieren
-> Meer vertakt
-> Degraderende enzymen (glycogeenfosforylase) werken in op vele uiteinden à grote versnelling
voor beschikbaar stellen van glucose
§ Structuur
- Chi3ne
-> Zelfde als cellulose, maar aminosuiker (glucosamine) met acetylgroep op N-groep
- Cellulose
-> Vezelach3ge, sterke, wateronoplosbare substan3e in celwand van planten
-> Glucose-eenheden gebonden door (𝛽1 → 4)-glycosidische binding (vrije rota3e mogelijk)
-> Veel ketens zij aan zij à H-brugvorming binnen ketens + tussen ketens onderling
-> Hoofdcomponent van harde exoskeleMen van insecten, kreem en krabben
-> Onverteerbaar
- Pep3doglycans
-> Rigide component van bacteriële celwand
-> Heteropolymeer van alternerende (𝛽1 → 4)-gebonden N-acetylglucosamine en N-
acetylmuraminezuur
-> Lineaire polymeren zij aan zij in celwand + met elkaar verbonden door korte pep3den
-> Lysosyme doodt bacteriën door hydrolyse van (𝛽1 → 4)-binding
-> Penicilline + andere an3bio3ca doden bacteriën door remmen van synthese van crosslinks à
bacteriën te zwak om osmo3sche lysis te weerstaan
§ Zeer uiteenlopende func3es
- Glycosaminoglycans (HA, CS, KS, Hep, DS)
-> Familie van polymeren opgebouwd uit herhalende disacharidesubunits
-> Vaak uitgerust met nega3ef geladen zure groepen, aminosuikers die geacetyleerd zijn (soms zelfs
sulfaat)
-> Extracellulaire matrix = netwerk van GAG’s + fibreuze eiwiMen
-> Kunnen ook covalent binden met extracellulaire proteïnen en membraanproteïnen à vorming
proteoglycans
-> Hyaluronzuur: heldere en zeer viskeuze oplossing, werkt als glijmiddel in gewrichten,
hyalorunodase = enzym geproduceerd door bep bacteriën dat de glycosidische bindingen van
hyaluronzuur kan splitsen, wat bijdraagt tot verder doordringen van bacteriën in weefsels
4
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller bmwstudentt. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $6.37. You're not tied to anything after your purchase.
