Resume
Samenvatting CEL 4: partim Genetica
- Établissement
- Universiteit Gent (UGent)
Volledige samenvatting van partim Genetica, onderdeel van het vak Cel IV. Zowel de inhoud van de lessen als informatie uit het boek. Zeer volledig
[Montrer plus]
Aperçu du contenu
Cel IV: GeneticaLes 1 en 2: Moleculaire basis van monogenische aandoeningen
H1: inleiding
Mendel
o Genen
o Dom/recessief
o Onafh overerving
Humaan genoom = 46 chromosomen => domein vd cytogenetica
o 3 miljard bp
o 98% niet coderend DNA
o Repeats: >50%
o Genetische variatie
- 99,8% identiek
- Single nucleotide varianten (SNVs)
- Structurele varianten (SVs) incl
kopijveranderingen (CNVs)
Structuur genomen
o Cis en trans, vnl niet-coderend
Chromosomen dragen DNA
o DNA bestaat uit 4 nucleotiden (G,A,T,C) rond histonen
o Groep histonen = nucleosoom
H4: Moleculaire basis van monogenische aandoeningen
4.1 Moleculaire pathologie: basisbegrippen
4.1.1 Basisbegrippen
Germinale / constitutionele mutatie
o Kan op volgende generatie
Somatische mutatie: niet doorgegeven
o Bij kanker!
Polymorfisme (=benigne variant)
o Niet geassocieerd met fenotype, onopgemerkt
Pathogene variant
o Geassocieerd met ziekte, wel fenotype
, Genlocus: locatie gen op chromosoom
Genotype: geheel van allelen aanwezig op bepaalde locus
Homozygoot: zelfde allelen voor 2 kopijen bep genlocus
Hemizygoot: mannen hebben slechts 1 X chromosoom
Heterozygoot: 2 verschillende allelen
o Variant type
o Wild type
Samengesteld heterozygoot (compound heterozygoot)
o 2 verschillende allelen voor bep genlocus
Chromosomale afwijkingen
o Klinische cytogenetica (bv interstitiële deletie, translocatie)
o Microscopisch zichtbaar
Genomische herschikkingen
o Moleculaire cytogenomica (bv deletie, duplicatie)
o Submicroscopisch
Sequentievariaties
o Moleculaire genetica
o Vroeger: puntmutaties
De novo variant: niet in ouders individu aanwezig – opzoeken met trio-analyse
4.1.2 Classificatie mutaties
4.1.2.1 Basenpaarsubstituties
Puntmutaties
Transitie
o Purine (Pu) > Pu
o Pyrimidine (Py) > Py
o Frequenter dan transversie
Transversie
o Purine naar Pyrimidine of omgekeerd
Hoge frequentie C>T: spontane deaminatie gemethyleerde cytosines (CpG hotspots)
Silent: geen AZ verandering (synoniem)
Missense (niet synoniem)
o Verandering 1 AZ
o Stopcodon!
, Nonsense
o Coderend codon -> stopcodon (=prematuur stopcodon = PTC)
Nonsense-mediated decay zorgt voor degradatie
- Enkel als het te ver van echt stopcodon gelegen is
Splice-site mutaties
o Mutatie in splice donor of splice acceptor site => aberrant RNA-splicing
o Mature mRNA = enkel exons
o Splice donor = 5’ splice site met vooral GT
o Splice acceptor = 3’ splice site met vooral AG
o Kan door substituties in intron/exonranden
4.1.2.2 Deleties/inserties
1 of meer nucleotiden in of uit
Duplicatie: DNA fragment verdubbeld
In frame
o Veelvoud van 3 nucleotiden
o Leesraam niet verstoord
o Niet perse pathogeen
Frameshift
o Geen veelvoud van 3
o Meestal pathogeen
o Meestal PTC
Totale gendeletie en totale genduplicaties
o Niet-allelische homologische recombinatie (NAHR) tss twee low copy repeats (LCRs)
- Mispairing LCRs => abnormale recombinatie
Structurele varianten (SVs) - gebalanceerd
o Grote verandering
o Deletie, insertie, inversie of translocatie mogelijk
Kopijveranderingen (CNVs) – ongebalanceerd
PM22 – door NAHR => Charcot-Marie-Tooth –- ev door consanguiniteit
o Verminderde dosage: loss of function – deletie => HNPP (hereditaire druk
neuropathie)
o Activerende mutatie: gain of function
o Inactiverende mutatie: loss of function
4.1.2.3 (Triplet) repeat-expansies – exx!
Herhalingen 3 nucleotiden: (GAA)n of (CGG)n,...
Variabele lengte
, 3 categorieën betrokken bij ziekte
o 5’UTR/promotor – niet coderend
- CGG: Fragile X Syndroom
o Coderend
- CAG: Huntington
- Allemaal neurodegeneratief
o 3’UTR – niet coderend
- CTG: myotone dystrophy = ziekte v Steinert
Dynamische mutaties
o Instabiel tijdens meiose
o Kan leiden tot patho
Stabiele mutaties
Anticipatie
o Age of onset (=aanvangsleeftijd ziekte) daalt en ernst stijgt
o Oorzaak: toename repeat expansie tijdens meiose
4.1.3 Nomenclatuur voor mutaties
Nucleotidenniveau (cDNA)
o Start met C
o Nadien A van startcodon ATG (gezien als +1)
- Voorgegane base is -1 (geen 0)
Proteïneniveau (HGVS-nomenclatuur)
4.1.4 Richtlijnen voor evalueren significantie
mutaties
Significantie variant nagaan
o Aard variant evalueren
- Totale gendeletie, nonsense en frameshift => bijna altijd patho
- Splice-mutatie => verstoring genfunctie
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur Bix01. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €14,99. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
56326 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans