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Samenvatting Hoorcolleges deel 2 Genoom
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In dit document zijn de drie grote hoorcolleges van het tweede deel van de Cursus Genoom samengevat. Dit deel van de cursus gaat over analyse technieken.
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Genoom deel 2Inhoudsopgave
Hoorcollege 1.......................................................................................................................................................2
Hoorcollege 2.......................................................................................................................................................6
Hoorcollege 3.......................................................................................................................................................9
, Hoorcollege 1
Je hebt verschillende niveaus van analyse voor de technieken. Aan een techniek zitten
bepaalde beperkingen. Deze moet je goed scherp houden.
Termen
In vivo = in de cel
In vitro = in de reageerbuis
Tot (over)expresie brengen = extra DNA in de cel brengen.
DNA
1. PCR (aanwezigheid)
2. Restrictie-enzymen (aanwezigheid)
3. DNA-gelelectroforese (aanwezigheid)
4. Sanger sequencing (dideoxy-sequencing) (sequentie)
5. Next Generation sequencing
RNA
1. (In-situ) hybridisatie (aanwezigheid / locatie)
2. cDNA maken (aanwezigheid / sequentie)
3. Kwantitatieve RT-PCR (hoeveelheid)
4. RNA sequencing
Heel veel DNA en RNA technieken zijn gebaseerd op hybridisatie (het reageren van DNA aan
ander DNA of RNA.
Primer = probe = oligo, enkelstrengs ongeveer 20 nt lang.
DNA-analyse technieken
1. PCR: Polymerase Chain Reaction
De doelen zijn: een bepaald stuk selecteren en amplificeren
De voorwaarden zijn:
- Je moet beide uiteinden van een stuk kennen
- Het stuk dat je wilt vermeerderen kan max. enkele duizende bp groot zijn
Je voegt 2 stukjes (aan het begin en het einde, ieder aan de andere streng van het DNA aan
de 3’ kant) primer toe. Daarnaast voeg je taq polymerase en basen toe.
Na de eerste cyclus heb je 2 stukken dubbelstrengs DNA. Deze worden vervolgens weer uit
elkaar gehaald, door een hoge temperatuur. Er worden weer primers en taq polymerase toe
gevoegd.
Na de tweede cyclus smelt het DNA weer uit elkaar en worden er weer primers en
polymerase toegevoegd. Aan het einde van de derde cyclus zijn er 2 stukjes van je target
DNA ontstaan.
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