In deze samenvatting worden de verschillende databanken beschreven over waarvoor je deze kan gebruiken en via welke online tools je data analyse kan doen
METHODEN: DATA-ANALYSE EN DATABANKEN
Enorm belang van bioinformatica in het biomedisch onderzoek. Rijkdom aan bioinformatische tools,
sommige zeer toegakelijk (websites), anderen vereisen kennis van een programmeertaal (R, Python,
Bash…) en/of zijn betalend. 2 aspecten die vaak aan mekaar gekoppeld zijn:
- Data opzoeken in databanken
- Data-analyse
Literatuur
Pubmed en Web of science: Peer reviewed artikels (onderzoeksartikels en literatuuroverzichten
(reviews)). Deze zijn toegankelijk door in te loggen via de bibliotheek van KUL. Ondanks dat KUL een
abonnement heeft moet je toch soms betalen voor sommige artikels.
Sci-hub: dit is gratis met >85 miljoen gepubliceerde artikels, ook artikels waarvoor via officiële
kanalen je voor moet betalen. Erg controversieel.
Google scholar: peer reviewed artikelen. Bevatten ook zeer recente publicaties.
Preprint servers: artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben → kwaliteit is zeer
variabel. Meer recente onderzoeksresultaten worden hier gratis gedeeld. Hier zijn veel opties van
servers (biorxiv, medrvis, zenodo…)
JoVE (journal of bisualized Experiments): peer reviewed video’s van metgoden en protocollen.
Slechts beperkt deel gratis toegankelijk.
Patenten (=octrooien): een exclusief recht op het commercieel exploiteren van een uitvinding.
Omvat ook een publicatie van de uitvinding. Te bekijken in specifieke databanken.
Data repositoria
Data portalen van waarop ‘ruwe’ (=nog niet geanalyseerde) data kunnen worden gedownload.
Zoeken via ‘accession number’ uit publicatie of via zoektermen. Laat toe om dure -omics datasets te
herbruiken voor nieuwe onderzoeksvragen.
GEO (gene expression Omnibus): RNA expressive datasets
PRIDE database: massa spectrometrie proteomics datasets
PDB (protein DataBase): 3D structuurinformatie van eiwitten
Data platformen
Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, bvaak op een visueel attractieve
manier. Laat toe om zaken makkelijk op te zoeken.
DNA
genome browsers: deze zijn vooral bedoelt om dingen in te kunnen zoeken in de dataplatformen.
Men kan genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten… van een gen gaan opzoeken.
Bv. Ensembl, UCSC kunnen hiervoor gebruikt worden. men kan ook data ENCODE raadplegen.
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met links naar meer gerichte data platformen.
1
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur saravanhecke23. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €2,99. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
