H2. MATERIAAL EN METHODE VOOR DE ANALYSE VAN HET
EPIGENOOM
1. Histon modificaties
De complexiteit van histonmodificaties
• Histonstaarten kunnen gemodificeerd worden
o Methylatie, Acetylatie, Fosforylatie
o Op lysine, arginine (serine, threonine, …)
o nieuwe: propionylatie, butyrylatie, crotonylatie, formylatie, …
• Niet alleen de histonstaarten, maar ook de binnenkant (globulaire deel) kan soms
gemodificeerd zijn (MAAR verhouding 99% staart vs 1% binnenkant)
• enorme complexiteit van verschillende modificaties → elk jaar nieuwe ontdekkingen
• Er zijn meer dan 1 miljoen mogelijke
combinaties van post-translationele
modificaties op histon H3 bijvoorbeeld
• Elk histon heeft zijn unieke print van
modificaties
1. Western/ELISA
• Bedrijven maken anti-lichamen tegen histonmodificaties
• Western blot
o Histonen worden geïsoleerd uit cellen
o Uitplaten op een western gel
o Via de klassieke western blot analyse doen
o Figuur
▪ Voorbeelden van antilichamen tegen 1x gemethyleerd, 2x gemethyleerd, 4x
geacetyleerd,…
▪ Heel moeilijk om een onderscheid te maken tussen bv mono- en dimethyl
want zijn beiden niet geladen
• Peptide ELISA
o Plaat coaten met de anti-lichamen
o Lysaat toevoegen
o Secundaire AL met fluorofoor toevoegen
o klassieke ELISA
, nadeel
• door op voorhand AL uit te kiezen, verlies je informatie (want je maakt een selectie)
• modificaties zijn zo complex, dat er complexere methodes nodig zijn
2. Proteomics
Door de complexiteit van modificaties, zijn meer complexe methoden vereist
• Het is niet eenvoudig om te weten welke histonvorm aanwezig is in de cel
Klassieke proteomics
• Eiwitpreparaat maken om eiwitten te isoleren→ trypsine digest zodat eiwitten geïsoleerd
geraken → identificatie van peptiden in het proteomic experiment → je kan korte en lange
peptiden bekomen, je wilt zo kort mogelijke peptiden → de massa van deze peptiden ga je
vergelijken met peptiden in databases → identificatie van de peptiden/eiwitten
• De PC geeft de mogelijke modificaties weer en herkent patronen die veel voorkomen
• Je krijgt een exponentiële toename in de complexiteit van de histoncode
Histon proteomics: 2 identificaties uitvoeren
1. identificatie van het peptide
2. identificatie van de modificatie
a. Door te kijken naar de massaverschuiving die overeen komt met bv methylatie,
acetylatie, …
b. Het systeem moet hiervoor getraind worden
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur student2018BMW. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €4,99. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
