Garantie de satisfaction à 100% Disponible immédiatement après paiement En ligne et en PDF Tu n'es attaché à rien
logo-home
Recherché précédemment par vous
Recherché précédemment par vous
logo
Samenvatting Hoofdstuk 8: Modulatie van genexpressie. Studenten cursus €8,49
Ajouter au panier
Accédez rapidement à
Aperçu
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen
  6.  
  7. Methoden In Het Biomedisch Onderzoek 3 (E0F95A)

Resume

Samenvatting Hoofdstuk 8: Modulatie van genexpressie. Studenten cursus

1 vérifier
 2 fois vendu

ZEER uitgebreide cursus die ik zelf heb opgesteld omdat ik nood had aan een ordelijke en uitgebreide cursus om methoden 3 te kunnen studeren. In dit document staat de informatie vanop de slides gecombineerd met de mondelinge uitleg die werd gegeven tijdens de hoorcolleges.

Aperçu 3 sur 28  pages

Infos sur le Document

  • 7 septembre 2022
  • 28
  • 2022/2023
  • Resume

Sujets

École, étude et sujet

Tous les documents sur ce sujet (36)

1  vérifier

review-writer-avatar

Par: alxine • 2 année de cela

Vendeur

avatar-seller
leenhaegemans

Avis reçus

Aperçu du contenu

Hoofdstuk 8: Modulatie van genexpressie


Genexpressie moduleren op verschillende niveaus (DNA wijzigen, inwerken op RNA of rechtstreeks
inwerken op het eiwit om deze af te breken)  doel:
 Functie en rol van eiwitten in fysiologie en pathologie bestuderen (bv in een ziektebeeld)
 Doelwitten (eiwitten of genen) identificeren voor ontwikkelen van medicijnen die functie van
genproducten moduleren
Overzicht:




1. Onderdrukking van genexpressie via antisense technologie
Principe:
 Gebaseerd op Watson-Crick base paring met mRNA sequentie (hybridisatie met DNA/RNA) 
zuiver en specifiek
 Twee verschillende methodologiën:
o ASO: AntiSense Oligonucleotiden  single strand oligo
o RNAi: RNA interferentie

1.1. Antisense oligonucleotiden (ASO) (ssDNA)
 Kort (8-50nt) enkelstrengig DNA (ssDNA)
 Gericht tegen mRNA van gen waarvan men expressie wil down moduleren (inhiberen)
 Basis: Vorming van stabiel RNA/DNA duplex
 Resultaat: Onderdrukking/modulering van genexpressie via 3 complementaire mechanismen:
o Dus 3 mechanismen en 2 methoden
o Approach 1:
 Pre-mRNA = mRNA in de nucleus  sequentie richten naar het poly-A-signaal van het
specifieke gen of tegen splicing acceptor sites
 Poly-A: pre-mRNA heft geen poly-A  degradatie
 Splicing: exonen overslaan (om ziektebeeld bv op te lossen)  degradatie
 Vb van therapie: eteplirsen: gericht tegen DMD gen dat codeert voor dystrofine
o Approach 2 : op niveau van mature mRNA:
 (a) RNase-H-afhankelijke target mRNA degradatie (vb fomivirsen – CMV retinitis)
(afbraak tot gevolgd) (DUS: oligo tegen mRNA  hybride  afbraak door RNase H)

74

,  (b) blockage van ribosome binding site, 5’ cap site, translatie initiatie site (geen
translatie tot gevolg) (DUS: Oligo richten tegen functionele domeinen bv 5’ cap  ook
geen vertaling naar eiwit


Barrières voor toepassing van de oligo’s:
 Opname in de cel en
weefseldistributie (wordt niet
gemakkelijk opgenomen)
o  betere opname door:
o Chemische modificaties bv
cholesterol aanhangen om
opname te verhogen of
fusioneren met een cell-
penetrating peptide
o Inkapselen in nanopartikels
 Stabiliteit: afbraak door nucleases
(kunnen gemakkelijk hun activiteit
verliezen)
o Chemische modificaties: in
fosfaatgroep, suiker, base 
stabieler maken
 Toxiciteit
Dus 3 nadelen: zorgen dat ze in de cel
geraken, snelle afbraak in de cel, toxisch
1.2. RNAi = RNA interface
 RNA interferentie is het proces waarbij de expressie van een doelwitgen onderdrukt wordt door de
selectieve inactivatie van het mRNA door dsRNA
 dsRNA wordt geprocessed tot ssRNA dat dan kan base-paren met het doelwit mRNA (ssRNA is dan
complementair met het doelwit)
 Gebruik maken van proces dat reeds natuurlijk voorkomt in cellen (zie ook miRNA)
 2 methoden voor RNAi technologie:




Mechanisme van RNA Interferentie
A. Endogene miRNA silencing pathway (doel: genexpressie gericht moduleren)
a. In cytoplasma wordt het pre-miRNA herkend door het nuclease dicercomplex  knipt het pre-
miRNA in een dsRNA van ongeveer 20-22 nucleotiden
b. Dit dsRNA wordt herkend door het RISC-complex en AGO2 (RNA Induced Silencing Complex en
AGO2 = arganaut is een soort RNase)
c. 1 van de 2 strands wordt afgebroken (= passenger strand), daarna vormt zich een complex van
ssRNA (guide strand) met het RISC- en AGO2 complex
d. Dit ssRNA gaat complementair zijn met stukken van het mRNA en hiermee hybridiseren 
eiwitcomplex zit nu op het mRNA
e.  translatie van het mRNA wordt hierdoor geblokkeerd
f. Note: de 1ste 8 nt zijn belangrijk voor de hybridisatie, niet alle 20-22  hierdoor kan 1 miRNA
verschillende mRNA’s van verschillende genen gaan downreguleren


75

, B. 20 nucleotides van dsRNA gericht tegen een gen in de cel brengen
a. Zelfde proces als bij het miRNA
b. Optie 1: siRNA van 20 nt  Dicer moet niet meer knippen
c. Optie 2: siRNA lander dan 20 nt  Dicer knipt wel
d. Verschil met endogene pathway (miRNA): door specifieke design zorg je ervoor dat de 20
nucleotiden perfect matchen met het mRNA dat je wilt down reguleren
e.  AGO2 gaat hierdoor het mRNA in 2 knippen <-> miRNA: translatie blokkeert  degradatie
in P-bodies

A



B




siRNA:
 Commercieel verkrijgbaar: custom of pre-
designed, al dan niet gevalideerd
(alternatief: in vitro transcriptie)
 Accumuleren voornamelijk in cytoplasma
 Knock-down van het RNA is transiënt
(gaat dus terug weg, daarna weer eiwitexpressie)
 Delivery: verschillende methoden
 Nadelen:
o Off-target effecten door interactie met natuurlijke miRNA pathways  als de seed region (8 nt)
overeen komt met een andere mRNA  miRNA effect kan dus ook andere mRNA’s / genen
downreguleren
o Immuunstimulatie = 2de off-target effect: patroon recognition receptoren in het aangeboren
immuunsysteem bv TLR  gaan verschillende patronen herkennen  TLR7 is hier van belang,
herkent dsRNA: voorkomen door minder G en U’s in de sequentie te steken
o Stabiliteit: onderhevig aan afbraak door nucleases
 Oplossingen  verminderen van de off-target effecten:
o Chemische modificaties van siRNA om ze stabieler te maken (in fosfaatgroep, ribose of base)
 Single streng overhangs zijn gevoelig voor degradatie  fosfothiodaat backbone
gebruiken
 Methoxy op de 2’ vd base  zorgt voor zowel minder immuunstimulatie als minder
off-target effecten
76

Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:

Qualité garantie par les avis des clients

Qualité garantie par les avis des clients

Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.

L’achat facile et rapide

L’achat facile et rapide

Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.

Focus sur l’essentiel

Focus sur l’essentiel

Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.

Foire aux questions

Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?

Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.

Garantie de remboursement : comment ça marche ?

Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.

Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?

Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur leenhaegemans. Stuvia facilite les paiements au vendeur.

Est-ce que j'aurai un abonnement?

Non, vous n'achetez ce résumé que pour €8,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.

Peut-on faire confiance à Stuvia ?

4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)

68175 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours

Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 15 ans

Commencez à vendre!
€8,49  2x  vendu
  • (1)
Ajouter au panier
Ajouté