ZEER uitgebreide cursus die ik zelf heb opgesteld omdat ik nood had aan een ordelijke en uitgebreide cursus om methoden 3 te kunnen studeren.
In dit document staat de informatie vanop de slides gecombineerd met de mondelinge uitleg die werd gegeven tijdens de hoorcolleges.
1. Databanken
1.1. Literatuur
Pubmed of Web of Science: Peer reviewed artikels
Sci-hub: Gratis toegang tot miljoenen artikels (erg controversieel)
Google Scholar
o Peer reviewed artikelen
o Bevat ook zeer recente publicaties
Preprint servers
o Artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben variabele kwaliteit !
o Meest recente onderzoeksresultaten gratis delen
o Vele opties: bioRxiv, medRxiv, Zenodo, …
JoVE = journal of visualized experiments
o Peer reviewed video’s van methoden en protocollen
o Slechts beperkt deel gratis toegankelijk
Patenten = octrooien
o Een exclusief recht op het commercieel uitbuiten van een uitvinding
o Omvat ook een publicatie van de uitvinding
o Te bekijken in specifieke databanken (bv Espacenet, The lens, …)
1.2. Data repositoria (grote datasets downloaden om zelf analyse op te doen)
Data portalen van waarop “ruwe” (nog niet geanalyseerde) data kunnen worden gedownload
Zoeken via accesion number uit publicatie of via zoektermen
Laat toe om dure -omics datasets te hergebruiken voor nieuwe onderzoeksvragen
o GEO = gene expression omnibus: RNA expressie datasets
o PRIDE database = proteomics identifications database: Massaspectrometrie proteomics
datasets
o PDB = protein database: 3D structuurinformatie van eiwitten
1.3. Data platformen
Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, vaak op een visueel attractieve manier.
Zaken makkelijker kunnen opzoeken
1.3.1. DNA
Genome browsers:
o Ensembl, UCSC
o Genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten, … van een gen opzoeken
o Data ENCODE raadplegen (ENcyClopedia Of DNA Elements)
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met verwijzing naar meer gerichte data platformen
Ziektegenen:
o OMIM = online Mendelian inheritance in man
Erfelijke ziekten gelinkt aan genmutaties
Kloneringsgeschiedenis van genen
o Kanker:
COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer; Europees): verworven mutaties in
kankers gaan opzoeken, ook in cellijnen. Je kan ook kijken in welke types van kankers
mutaties vaak voorkomen
TCGA = the cancer genome atlas: Amerikaanse variant
71
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur leenhaegemans. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €0,00. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
